肅順擅坐禦位，於進內廷當差時，出入自由，目無法紀，擅用行宮內禦用器物；於傳取應用物件，抗違不遵，並自請分見兩宮皇太後；於召對時，辭氣之間，互相抑揚，意在構釁，此又肅順之罪狀也。一切罪狀均經母後皇太後、聖母皇太後麵諭，議政王軍機大臣逐條開列，傳知會議王大臣等知悉。茲據該王大臣等按律擬罪，將載垣等淩遲處死。當即召見議政王奕、軍機大臣戶部左侍郎文祥、右侍郎寶、鴻臚寺少卿曹毓瑛、惠親王奕訁宗、醇郡王奕訁惠、鍾郡王奕訁合、孚郡王奕、睿親王仁壽、大學士賈楨、周祖培、刑部尚書綿森麵詢以載垣等罪名有無一線可原，茲據該大臣等僉稱載垣、端華、肅順跋扈不臣，均屬罪大惡極，國法無可寬宥，並無異辭。朕念載垣等均屬宗支，以身罹重罪，應悉棄市，能無淚下。惟載垣等前後一切專權跋扈情形，謀危社稷，是皆列祖列宗之罪人，非獨欺陵朕躬為有罪也。在載垣等未嚐不自恃為顧命大臣，縱使作惡多端，定邀寬典，豈知讚襄政務，皇考實無此諭，若不重治其罪，何以仰副皇考付托之重？亦何以飭法紀而示萬世？即照該王大臣等所擬，均即淩遲處死，實屬情罪相當。惟國家本有'議親、議貴'之條，尚可量從，姑於萬無可寬貸之中，免其肆市，載垣、端華均著加恩賜，令自盡，即派肅親王華封、刑部尚書綿森迅即前往宗人府空室，傳旨令其自盡。此為國體起見，非朕之有私於載垣、端華也。至肅順之悖逆狂謬，較載垣等尤甚，亟應淩遲處死以伸國法而快人心，惟朕心究有所未忍，著加恩改為斬立決，即派睿親王仁壽、刑部右侍郎載齡前往監視行刑，以為大逆不道者戒。至景壽身為國戚，緘默不言，穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛於載垣等竊奪政柄，不能力爭，均屬辜恩溺職，穆蔭、匡源、杜翰、焦佑瀛革職發往新疆效力，均屬罪有應得。惟以載垣等凶焰方張，受其箝製，實有難與爭衡之勢，其不能振作尚有可原。禦前大臣景壽，即革職，仍留公爵，並額駙品級，免其發遣。兵部尚書穆蔭，即革職，改為發往軍台效力贖罪。吏部左侍郎匡源、署禮部右侍郎杜翰、太仆寺少卿焦佑瀛均著即行革職，加恩免其發遣。欽此，”是日，載垣、端華自縊。肅順以科場、鈔票兩案無辜受害者尤多，都人士聞其將殺肅順，交口稱快，其怨家皆駕車載酒馳赴西市觀之。肅順身肥麵白，以大喪故白袍、布靴，反接置牛車上。
過騾馬市大街，兒童歡呼曰：“肅順亦有今日乎？"或拾瓦礫泥土擲之，頃之，麵目遂模糊不可辨雲。將行刑，肅順肆口大罵，其悖逆之聲皆為人臣子者所不忍聞。又不肯跪，劊子手以大鐵柄敲之，乃跪下，蓋兩脛已折矣，遂斬之。少詹事許彭壽疏請治奸黨，詔曰：“前因許彭壽於拿問載垣、端華、肅順時，請查辦黨援，當令指出黨援諸人實跡。嗣據明白回奏形跡最著者，莫如吏部尚書陳孚恩，最密者莫如侍郎劉琨、黃宗漢等，平日保舉之人，如侍郎成琦、德克津太、候補京堂富績，外間嘖有煩言。陳孚恩於上年七月大行皇帝發下朱諭：“巡幸熱河是否可行？'陳孚恩即有'竊負而逃，遵海濱而處'之語，意在迎合載垣等。當時會議諸臣無不共見共聞，大行皇帝龍馭上賓，滿漢大臣中，惟令陳孚恩一人免赴行在，是該尚書為載垣等之心腹，即此可見。黃宗漢於本年春間前赴熱河，皇考召見時，即以危辭力阻回鑾，迨聞皇考梓宮有回京之信，該侍郎又以京城情形可慮遍告於人，希冀阻止，其為迎合載垣等眾所共知。以上二人均屬一二品大員，聲名如此狼藉，品行如此卑汙，若任其濫廁卿貳，何以表率僚屬？陳孚恩、黃宗漢均著革職，永不敘用，以為大僚諂媚者戒。至侍郎劉琨、成琦、太仆寺少卿德克津太、候補京堂富績，與載垣等雖無交通實據，而或與往來較密，或由伊等保舉，或拜認師生，眾人耳目，共見共聞，何能置之不議？劉琨、成琦、德克津太、富績均著即行革職。許彭壽糾參各節，朕早有所聞，用特懲一儆百，期於力振頹靡。載垣、端華、肅順三人事權所屬，諸臣等何能與之絕無幹涉，此後惟有以寬大為念，不咎既往，爾諸臣亦毋須再以查辦奸黨等事紛紛陳請，致啟奸告誣陷之風。惟當各勤厥職，爭自濯磨，守正不阿，毋蹈陳孚恩等惡習，朕實有厚望焉，”未幾，查抄肅順家，得陳孚恩手書，有不臣語，乃複逮戍伊犁。先是載垣等擬進年號曰"祺祥",已頒憲矣，有言其意義重複者，遂置不用。初九日甲子昧爽，穆宗毅皇帝禦正殿，即位，禮成，大赦，以明年為同治元年，上母後皇太後尊號曰"慈安皇太後",聖母皇太後尊號曰"慈禧皇太後",垂簾聽政。先是欽天監奏，八月朔旦，日月合璧，五星聯珠。登極之日，久陰忽霽，八表鏡清，於是權奸既去，新政如旭日初升，群賢並進，內外協力，宏濟艱難，遂啟中興之治。