“這麼龐大的一個帝國，絕不是三年那九十個人可以治理的了的。這就涉及到諸位手中的機構設置的這個要點上了，今後朝廷各部除了安保和勤雜外，一律不允許用科舉士子以外人員，咱們大明壞就壞在這個吏治腐敗上。不僅僅是朝廷，各省巡撫和布政司、按察使衙門都是如此。府這一級咱們就不要設了，布政司下麵的參政直接管道，用道這個巡視單位把縣管起來。縣的權力要細分一下，免得縣令一手遮天，也免得孤軍奮戰。。。”
張振嶽的擔心實際上被證明是多餘的人，因為所有的人都不在乎這個機構怎麼設置，官員怎麼定品級。他們真正關心的隻有兩件事情，除了前麵的科舉，就是朝廷最高決策機構怎麼設置，也就是過去說得內閣，可是當他們接著往下看的時候都呆住了。
“國公爺，六部也不要了！”雖然從太子監國的設置來看，大家對六部可能會出現變化早有心理準備，但是真的等到這個變化的時候，大家還是吃了一驚。
方以智的這個方案嚴格來說是張振嶽本人親自敲定的，在張振嶽看來傳統意義的六部已經不足以控製如此龐大的一個帝國了。甚至不僅僅是六部，過去把行政權、立法權、司法權混為一體的做法也給帝國的政治帶來了太多的隱患。所以張振嶽要改革，在這個方案中，新增了不少機構。
首先是三院，即都察院、考試院和立法院。都察院這個好說，這個機構一直都存在；而考試院按照這個方案來看，是合並了禮部、翰林院、鴻臚寺和國子監的一部分功能，這是一個教育管理和官員考試選拔機構。立法院就很稀奇了，據說這個機構的權力很大，所有的法律條文今後皇帝陛下說了不算了，都得從這個機構走，而且帝國的常規開支也必須經過這個部門審批。而這個部門的人員也不由士子官員擔任，而是由貴族、勳臣以及地方名望共同組成，各省、縣都會設立這樣一個機構，不過地方上叫諮議局，這簡直是亂了綱常了。。。
相比這個立法院，接下來的六部改革就沒那麼難以接受了。張振嶽設立了一個政務總理衙門，下設外務部、財務部、陸軍部、海軍部、吏務部、法務部、工務部、內務部、商務部、交通部、農務部、學務部、醫務部十三個部。
一部之長為尚書、一般配置為尚書一名、左右侍郎各一名。部下設司，司下設室，分級管理。
總理衙門實行五相製，即在尚書之上，設立五相，首相又稱總理，由立法院和前任總理共同提名、皇帝陛下任命（這裏保留了部分皇權，皇帝如果不同意任命，則衙門總理采取五相遞補）。而五相除了首相外，還包括監管外務的外務相、和專管法務、內務、吏務、學務、醫務五部的內務相，還有專管財務、工務、農務、商務四部的財務相，此外就是陸相和海相，分管陸軍和海軍，看著有點後世日本軍國主義的意思。
總理衙門實際上是個名義機構，類似於現在的上書房大臣。