五月十五日，錢謙益率諸大臣在滂沱大雨中開城向清軍統帥多鐸迎降。史敦《慟餘雜記》記載：“豫王（多鐸）南下江南，下令剃頭。南明民眾對此議論紛紛。（一日），錢謙益忽然說：‘頭皮癢得厲害"，突然出門而去。家人以為他去用篦子篦發。不一會兒，剪了頭發，留著辮子進來了。”時人有詩“錢公出處好胸襟，山鬥才名天下聞。國破從新朝北闕，官高依舊老東林。” 而當時與錢謙益交好的河南巡撫越其傑和河南參政兵備道袁樞俱誓不仕清相繼絕食而死。同年秋，清廷任其為禮部右侍郎,北上充修《明史》副總裁。柳如是留居南京。
清軍攻克南京後，多鐸命降將劉良佐帶清兵追擊弘光帝。五月二十二日，黃得功力戰身亡，總兵田雄、馬得功、丘鉞、張傑、黃名、陳獻策衝上禦舟，劫持弘光帝，將其獻給清軍。
事情發展到這裏，南京政權也就算是結束了，坐鎮江北的阿濟格很快就否決了自己弟弟多鐸繼續進攻湖廣消滅張振嶽的建議。
“大明太大了，八旗勞師遠征已經數月，這南方馬上又要進入雨熱季節，搞不好要發瘟，所以老規矩，撤回北京先”阿濟格並不是不知道張振嶽的危害，而是他更清楚大清的本錢就這麼多，不值得在南方冒險，所以不顧一切決定撤退。
實際上這個時候的滿清依然保持著他們在關外的習慣，他們並沒有統治整個華夏的信心，他們現在更像是強盜集團一般，能搶就搶，能撈就撈。順風順水自然是多搶多撈，玩意風向不對那自然是集體向關外開溜了。
不過對於好不容易打下來的江南，他們也沒真打算放棄，多鐸因為推行剃頭令引起整個江南地區反抗不斷之後，多爾袞立刻從北京發來了命令，調整了政策。
首先是投降滿清的前明劉良佐、田雄、馬得功、丘鉞、張傑、黃名、陳獻策、蔣雲台等人一律編入漢軍八旗，隨後又改派太子太保、兵部尚書兼都察院右都禦史洪承疇出鎮南京，總督江南一切軍政事務。
洪承疇雖然當了漢奸，但其才幹卻不容小覷，南明投降的二十萬軍隊立刻就被他進行了整頓，隨後七八月間，江南地區烽煙四起。這些已經編入清軍的漢人軍隊比八旗軍還狠，四處瘋狂鎮壓反抗滿清的義勇。同時洪承疇以高傑部下李成棟為先鋒，以降清的鄭芝龍部為輔佐，繼續進攻福建、江西等地。
由於弘光帝並沒有死，隻是被押送北京，所以馬士英等人逃出南京後又擁立了魯王監國，這架勢是打算死活不承認昆明的太子了。
沒關係，不等坐鎮武昌觀望的張振嶽說什麼，李成棟、鄭芝龍就毫不客氣的攻陷福建全境，魯王兵敗自殺。黃道周等東林複社中不願意降清的真正的愛國分子則逃到了江西，組織義軍繼續抵抗，而且隨著魯王的戰死，他手中已經沒有宗藩在手且地盤失盡的他們也充分意識到，這個時候，必須和西南聯合了。。。