全年收容病人10460人次，較上年增加119%，在本院收容病人史上首次超萬人。手術4580多人次，較上年增加139；床位使用率由上年的16%增加至95.2%；床位周轉次數由上年的18.94次增加至20.22次。收治大病統籌和公費醫療病人830多例，收人總計800多萬元，據統計是海澱區部隊醫院中收入最多的。
出色地完成了各項重大搶救任務：遊香山墜崖受傷兒童的搶救工作、永豐中學為保衛國家財產與歹徒英勇搏鬥受傷教師的搶救工作，以及防化學院30餘名學員車禍外傷、防化研究院專家新武器實驗爆炸傷等多起重大搶救工作。在這些搶救工作中，院領導親自組織，急診科、神經外科、胸心外科、麻醉科、骨科、五官科、第一幹部病房等多科室協作，醫護人員緊密配合，搶救工作及時，完成任務十分出色。
科研工作堅持以科研為先導，新業務、新技術有新的突破。泌尿外科、肝膽外科、胸心外科首次成功進行了3例肝髒移植和1例心髒移植，均獲得圓滿成功。目前第一例肝髒移植病人已存活8個多月，達到國內先進水平。
科研成果及轉讓取得進展。獲軍隊科技進步二等獎1項，三等獎6項。結研室莊玉輝、吳雪瓊等與外單位合作的“結核分枝杆菌耐藥性分子機製檢測技術的研究”，獲軍隊科技進步二等獎。結研室的“母牛分枝杆菌菌苗”科研成果，成功實現了轉讓，這是本院第一次技術成果轉讓，獲得轉讓費180萬元。
全院外投稿件412篇，較上年增加103篇；在正式期刊發表224篇，其中在中華類雜誌上發表44篇，參加會議交流138篇。
改革與管理狠抓了科室領導班子建設。采取自薦與組織推薦、個人述職、民主評議、黨委考核等方法，重新任命了37位科室主任、副主任。把思想品德好、業務技術精、管理能力強的幹部調整到科室領導崗位上來。舉辦了以“如何當好科主任”為主題的科主任崗前培訓班，院領導親自備課授課，老專家、老主任介紹經驗體會，學習有關政策規定和製度規範。院長、政委與科主任簽訂任期目標責任書，任期4年。
加大了基礎設施建設的投資力度，基礎醫療、基礎護理及住院條件大大改善。投資30萬元為兩個臨床專科建立了實驗室；投資100多萬元，更新護理基礎常規設備，改善了治療條件；投資300餘萬元改造維修病房大樓、改善住院條件；針對部隊訓練、運動傷多的特點，增設了康複病房。
教學工作狠抓繼續醫學教育。舉辦了高中級外語學習班，舉辦了17次學術活動。10人考取了博士、碩士或在職碩士學位課程班，10人獲得了碩士學位。蒲永東、王巍、蔡明被軍醫進修學院增列為碩士研究生導師。目前本院博士、碩士生導師已達8人。選送10人次出國學習考察。開展了第四個科技月活動，評選出紅兵、吳雪瓊、全昌斌等3名科技院星。許紅兵已連續3年被評為科技院星，榮立三等功。製定了護理人員規範化培訓和繼續教育計劃，下發了培訓手冊和學分手冊。舉辦了護士長培訓班，對全院護士逐人逐項進行了15項護理技術操作訓練考核，分片考核2417人次，合格率100%。全院約有110多名護理人員參加自學或函授護理大專、護理本科和夜大英語學習，有12人取得自考護理大專文憑。
北京軍醫學院
體製編製調整改革第14次全軍院校會議決定，解放軍北京醫學高等專科學校更名為解放軍北京軍醫學院。學院更名後，按照新的體製編製，機關設訓練部、政治部、院務部，學係仍為基礎部、臨床醫學係、藥學醫技係和醫學工程係，增設了學員旅。專業設置為1個本科、8個大專和1個中專。
慶祝學院創建59周年1999年是學院創建50周年，學院開展了慶祝活動。編印了《北京軍醫學院簡史》，製作了《前進中的北京軍醫學院》電視錄像片，建立了院榮譽室，組織了全院大閱兵，召開了“慶祝北京軍醫學院創建50周年暨表彰大會”，聘請了包括8名兩院院士在內的58名兼職教授，組織了一次畢業生質量調查。
教育訓練和教學改革共招收學員1048人，畢業學員463人。完成17個教學班次2萬餘學時的在校教學任務和5個專業3個年級1000餘名學員的函授教學任務，組織了8個專業700餘名學員的臨床實習。學院開展了現代教育思想的學習討論活動，促進了教育思想觀念轉變，為學院教育訓練工作跨世紀發展奠定了思想理論基礎。組織全院專家教授對藥學、醫學檢驗、放射技術3個大專專業80餘門課程的教學大綱進行了修訂，製訂了臨床醫學、醫學實驗技術、醫療儀器維修3個專業的技能訓練標準。
學科建設重點學科建設有新的發展，經中華護理學會和總後衛生部批準組建了中華護理學會北京培訓基地，加強了學院護理教育與研究的基礎。優秀課程建設在質量和改革深度上有深入發展，1996年以來學院分批立項建設12門課程，經過積極建設，現有7門課程已達到院級優秀課程標準。投入140萬元進行了實驗儀器設備的更新補充。
科研學術共獲軍隊科技進步獎8項，其中二等獎1項，三等獎7項。在全軍“九五”第二批醫學科學研究基金課題招標中有4項課題中標，獲得6萬元資助資金。新藥“碘絡醚”被總後衛生部列為全軍推廣項目。發表交流論文335篇，在國家統計源期刊發表論文數保持了同類院校的領先水平。舉辦各種學術活動100餘次。出國進修2人。4名教員參加了全國規劃教材的編寫工作，其中2人擔任主編、副主編。
二六一醫院
醫療工作全年門、急診80967人次，收治傷病員4549人次；床位使用率的.2%，床位周轉次數14次床；門診與出院診斷符合率27%，初診與確診符合率5.3%，治愈率85.69%，有效率98.47%搶救危重病人241人次，搶救成功率87.5%；醫療毛收人1541萬元。
認真貫徹落實總部開展醫院分級管理達標工作的要求，推行目標與經濟管理方案，加強質量管理與經濟效益的聯係，同時嚴格落實各項衛生法規，建立健全各項規章製度，加大醫療成本核算力度，加快醫療信息管理自動化建設。
加快醫院信息建設，初步落實“軍衛一號”工程。總結近兩年運行普及版的經驗，在運用微機對門診和住院病人進行經濟核算、收費管理的基礎上，按照軍區信息化建設標準，製定了醫院網絡設計規劃，經過反複調研、充分論證，醫院投資100萬元建成了有167個端點的“軍衛一號”高級版的主體網絡工程。首期52個站點11月份開通運行情況良好，為2000年1月1日正式啟動打下了良好基礎。
嚴格製度，進一步規範藥材管理。采取提前計劃、專人審批、定點采購等辦法，嚴格出人庫手續和申請、審核、報銷等製度，完善了藥品采購措施，80%以上的藥品做到了集中定點采購。醫療設備實行計算機分類管理。投資160萬元購置了全自動生化分析儀和呼吸循環監護儀等設備，設備總價值達1600萬元。
醫院始終把貫徹執行新版《常規》和《標準》作為醫院“科技興醫、質量建院”的一項重要內容來抓，在全麵學習新版《常規》、《標準》的基礎上，重點加強了對新增和修改部分內容的學習，組織開展了知識競賽和考試；在醫療行為中，落實規章製度，確保了醫療質量。急診手術362例，重大疑難手術168例，對20名疑難患者進行全院會診12次，請院外專家會診86人次，杜絕了醫療事故的發生。
醫學教育選拔中青年技術骨幹外出進修深造，通過組織學術活動，請院內外專家講課、辦學習班，鼓勵醫務人員參加軍隊院校函授及自學考試等多種渠道、多種形式對醫務人員進行醫學再教育、再培養。全年支出5萬餘元，派出進修生7人，外出參加各類短期學習班32期，參加各種學術活動28次，組織全院性學術活動32學時。有5人攻讀碩士學位，3人攻讀博士學位。馮方波主任獲國務院特殊津貼。2人獲國家衛生部頒發的大型儀器上崗證，105人加人中華醫學會、護理學會和藥學會，20人參加自考，29人參加函大或夜大學習，微機基礎知識和軍衛一號工程軟件操作培訓9期，共153人，晉職英語強化輔導班1期49人，有34人通過了晉職考試。