10月，經院辦公會研究決定投資50萬元，展開“軍衛一號”二期工程建設。根據總體部署，年底完成工程的第一階段，即完成二期工程網絡布線，增加105個網點；檢查、化驗、手術管理子係統全麵投入運行，核磁檢查報告上網，擁有計算機接口的檢驗設備連接人網，實現其報告自動采集。
積極開展軍民共建活動，先後與懷柔縣光榮院、北京市清河休養所、延慶縣婦幼保健院等單位簽訂了精神文明共建協議，主要體現醫療服務、支持地方政府建設，全年共派出16批醫療隊赴共建單位巡診服務，送醫送藥，技術幫帶，無償支援，受到地方政府的高度讚揚，醫院被評為北京市共建先進單位。
三〇七醫院
醫療工作全年完成門、急診16.3萬人次，收容4719人次，較上年增加244人次。在收容病種上體現了醫院專科優勢，收治各類腫瘤病人1700餘例、血液病病人600餘例、各類中毒病人140餘例、戒毒病人530餘例、局部嚴重放射損傷病人34例、甲亢病人590例，搶救群體中毒5起。其餘各項醫療指標也明顯提高，如床位周轉次數和床位使用率等都較上年明顯增加。為實行持續、跨越式發展，醫院對已有優勢學科，如防原、防化和腫瘤學科，加大了投入力度。組建了造血幹細胞移植科，該科同時被批準為軍事醫學科學院造血幹細胞移植中心，全年完成移植病人88例，移植數量比上年翻了一番，居國內第一位。在國內率先開展了0034十細胞的分選富集和移植，已完成30餘例。
相關學科得到發展。功能檢查科開展介入診斷治療1200餘例，新引進的超聲聚焦刀也投入使用，已做病人16例。核醫學科201投入使用，具備了影像、放免、功能檢查和核素治療四位一體的功能，已診治病人1200餘例。眼科與外單位合作引進國內最先進的準分子激光治療係統，已做手術20例次。建立高壓氧科，已治療病人140餘例。胸外專業正式開展，開展手術70餘台次，成功的進行了縱膈巨大腫瘤切除、肺葉狀切除等高難度手術。
有償技術服務總收人7000餘萬元，創曆史最高水平。全院共27個核算單位，其中21個單位創收超過上年同期數額。有償技術服務收人較上年完成數額增加較快的有造血幹細胞移植科、血液科、腫瘤臨床各科、免疫室、麻醉科、輸血科、核醫學科和外二科等。有償技術服務收入明顯增長的原因是大力開展新業務、新技術和高度重視技術創收。
科研工作製定了附屬醫院高等級科研課題獎勵辦法、科研經費使用管理辦法和自選課題管理辦法，加強了課題及課題經費使用的管理。醫院在研課題55項，其中國家自然科學基金重點題、國家“973”重大項目分題和國家“九五”攻關等國家課題10項，軍隊課題10項。
進一步加強了軍事醫學臨床及相關重點學科的建設。防原學科加強對極重度放射病的臨床救治研究，造血幹細胞移植科累計完成外周血幹細胞移植90餘例，居國內領先水平，獲批國家“973”重大基礎研究項目分題和醫科院科技創新啟動基金課題各1項。防化學科建立了具有多種毒物檢測和相關應用研究能力的實驗室，與預防醫學科學院合作，成為國家中毒控製中心臨床醫院。成功救治了5起集體化學毒物中毒及其它各類中毒病人140餘例，使學科的整體實力得到提高。腫瘤學科主病種收容明顯增加，擴大安裝了層流罩，積極開展造血幹細胞移植，年內完成實體瘤幹細胞移植22例。
研究室建設富有成效，不論在研究課題、人才培養、學術文章、設備更新等方麵發展速度都很快，成為醫院科研工作實體，三個重點實驗室建設都達到曆史最好時期。在麵向臨床研究和服務上也有很大提高。免疫室的基礎研究與臨床應用研究相結合，為臨床服務與科技創收相結合，研究與教學相結合的模式得到很好發展，並與深圳市合作籌建了血庫。臨床藥理實驗室組建了化學合成室，開展了抗癌新藥的研究，完成3個國家一類新藥的藥代動力學研究和德國拜耳藥廠委托的尼莫地平生物等效性研究。腫瘤分子生物學實驗室承擔國家自然科學基金重點課題和國家“973”重大項目分題各1項，均按計劃完成。
教學工作注重學術交流，加強成果管理。醫院成功舉辦了有來自10個國家16人參加的亞太地區乳腺癌標誌培訓班。出國培訓和參加學術會議18人次，選送9名住院醫師參加在職研究生學習，國內學術會議129人次，交流論文130篇，組織院內學術活動34次。製定了《醫院論文獎勵辦法》，鼓勵發表高等級論文，在國內外期刊發表論文135篇，一級雜誌86篇，論文質量明顯提高。獲軍隊醫療成果二等獎1項，國家測試學會二等獎和中國中青年腫瘤學會“天衡杯”三等獎各1項。
提高人才素質。以在崗在位培養結合高學曆人才引進提高醫院人才素質，臨床科室和研究室按計劃積極組織各種病例討論和讀書報告會，有些科室開展了英語查房；引進博士、碩士研究生12人，博、碩士占主係列的比例已由1996年的11%上升到38%。
其他工作堅持姓軍為兵。認真落實為部隊服務有關規定，保證軍隊病人合理醫療需求，全年接診軍人10.5萬人次，為軍人門診和住院補貼600餘萬元；接管幹休所衛生所和豐台院門診部，組建預防保健科，購置了搶救器材20餘台（件充實了預防保健的需要。完成駐京部隊放射人員查體任務。
重視醫德醫風建設，發放調查問卷5000餘份，針對存在的問題，召開全院動員教育大會，開展醫德醫風專項整頓。完善了《附屬醫院醫德醫風獎懲暫行規定》等8項製度規定，編輯《醫院醫德醫風建設法規彙編》發至全院人手一冊，提高了全院“病人至上，全程優質”的服務意識和遵守醫德醫風規定的自覺性。
“軍衛一號”工程正式運行。投資130萬元，完成了計算機網絡工程施工任務，布點319個，更換了服務器、交換機和計算機終端等設備，完成了“軍衛一號”軟件40餘個子係統的數據初始化工作，目前大多數臨床和醫技科室已上網運行。
醫療儀器設備發展較快。醫院新引進超聲診斷儀、1聚焦超聲治療係統、麻醉機、呼吸機、肺功能儀、基因芯片儀、微生物鑒定係統等先進設備，並與公司合作引進了治療係統和高壓氧治療係統。
投資1100餘萬元，用於新建和改建病房和其他醫療用房、電力增容。基建工程量和經費投入是近幾年最多的一年。
三〇九醫院
醫療工作首次成功進行了3例肝髒和1例心髒移植，同一供體心、肝、腎、角膜等5個髒器同時為5名患者移植獲得成功。全年醫療毛收人達7500多萬元，較1998年增加150多萬元，較1996年翻了1番半，創曆史最好水平。
認真落實《為兵服務公約》和《為兵服務十項措施》，擴大幹部門診用藥範圍，將醫德好、經驗豐富的離退休老主任聘請到軍人門診。做到軍人候診有專座，接診有專家，治療有專室。幹部門診開診時間提前到8點，口腔科專設兩套牙椅為兵服務。投資300萬元改善了幹部病房和結核科病房的住院條件，增設了結核科幹部病房，單獨成立結核科軍人病區。堅持走出去為兵服務，由院領導帶隊，2次派出專家和醫護人員深入體係部隊、幹休所聽取意見，進行健康谘詢。派出醫療小分隊123批次深入體係部隊防病治病，普查43098人次，為新兵查體9810人次，接種卡介苗5002人次。2次召開體係部隊座談會，及時聽取意見和改進工作。全年共接收進修實習119人，是曆年來最多的。全年為兵服務補貼近千萬元。
進一步加大了質量控製力度，確保了醫療護理質量。修訂完善控製方案，加大質量效益在獎金核算中的份量。每季度下發質量效益通報，通報各科室醫療質量效益指標完成情況、醫療文書書寫情況和一些需引起大家注意的問題。召開了全院醫療工作質量分析會，分析了各科室在醫療工作中存在的問題和應采取的措施。8個病區結合病種特點，開展了整體護理，取得了成效。其中，五病區設立健康欄，二病區編寫健康手冊等，效果明顯。加強了監督檢查，院領導堅持不定期查房，機關每周兩次下科室交班和夜間巡視病房。一年來，特護和一級護理質量合格率、病區管理合格率、急救藥品及護理器材準備合格率、五種護理文書書寫合格率、常規物品消毒滅菌合格率均達90%以上。