到了明末清初，國恩寺再次中興。其表現是：明、清兩朝五百年間，有十次較大的維修。到清末民國年間寺有田三千畝，征稅額銀二十七兩三錢七分九厘，傳說每年可收田租稻穀三千石，常住僧眾有百餘人。
民國初年，新興縣城商會贈送寺六祖殿的木板長楹聯是這樣寫的：
億萬劫佛國長春，任他局變滄桑，此地常留幹淨土；
五百年神燈不滅，可見界開金粟，大家同在化光下。
民國式微的情況亦有詳述：
民國十七年十二月（1929年）駐縣防軍葉肇為團長的第三十三團，執行民國政府內政命毀銷淫祠的禁令，擴大打擊麵，指揮部隊除保留國恩寺外，把全縣寺廟拆毀，焚燒神佛像，禁止佛事活動。民國十九年（1930年），縣長梁翰昭講國恩寺產稻田三千畝沒收歸公，由縣政府接管田租收益，每年撥毫洋一百元給國恩寺養僧眾外，其餘充作學校經費，不少僧人遂外出另謀生活。留守數十人靠拜佛信眾的香資錢度日。不少房舍倒塌。抗戰時期，學校搬入寺中上課。至1944年戰亂中六祖殿和大雄寶殿失修傾圮。寺住持自覺及縣佛教分會呼籲重修，由地方紳士葉采楠等發動全縣各鄉鎮長、中心學校校長列名為委員，組成了“籌款重修國恩寺暨建設龍山下院委員會”，於縣城四姓祠辦公，發出捐冊集資，於1945年春，由退休工程師黃耀勘測，先搶修上蓋要傾毀的六祖殿和大雄寶殿。一年完工，後又建藏經樓及修葺禪房等。
蘇增慰對於建國的中興時期記錄得更為翔實。
概括起來是：
建國初期農禪並舉，還有百餘村童入寺上學。
“文革”受衝擊，寺內佛像文物之類被“紅衛兵”毀掉，僧多離寺。
1980年後，鼎光和尚領眾僧到縣請求重修國恩寺並塑像。
1981年春，新興縣組成新興縣國恩寺修葺委員會，旅居港澳鄉親也成立了“新興縣港澳同胞捐資委員會”，得到海內外鄉親的大力讚助，學校使用寺的房舍及林場全部遷出退還。
1980年4月興工經一年半，國恩寺已恢複舊貌。
1983年4月春，雲峰法師帶領出席省佛協會常務會議的省內諸山長老到寺參觀，讚許修葺進度快捷。
國恩寺恢複開放後，各地寺廟長老和日本長老率團到國恩寺來訪問，一片鼎盛景象。1882—1987年間，先後接待六批日本佛教代表團到訪。港澳同胞捐資事跡動人，旅港新興同鄉會、縣城普門精舍和香港定通尼師集資最多。全寺各尊佛像貼金；增建了功德堂、觀音殿、海外廳、方丈室、禪房客房，和接待二三百香客宿夜的配套設施。
1984年，香港同胞梁仲偉在六祖父母墳之右建“思鄉亭”；香港同胞梁文蔚送回一套500卷之《大般若經》；港澳信眾送回各種懺本法器。
1987年2月，旅港新興同鄉會捐建兩層水泥結構香客堂於寺右；香港同胞歐煒資助在寺後種植香荔200株。
1987年5月22日，廣東省文史館之省內書法家、文學工作者秦萼生、陳佐梁、周正山等20餘人到寺參觀，他們即席提詩，作畫揮毫。
特別讓人們高興的是寺內之六祖報恩塔，原隻殘存元朝至正十七年修葺之第一層塔基，應信眾的要求，於1987年9月，組織“籌建新興縣國恩寺報恩塔委員會”發動捐資，於1989年4月21日在原址興工重建，曆時一年五個月部分工程竣工。
1989年11月3日在國恩寺舉行定然和尚榮升方丈升座典禮。
定然法師任住持後，繼承了鼎光法師的事業，於1990年—1995年間完成了六祖報恩塔建設工程。
一千三百年六祖創建的報恩塔得以重新屹立在新興的土地上。
報恩的話題由這座報恩塔向外輻射，為更多人傳頌。和諧之風，報恩之風輕輕低吹著，人們每到這塊聖潔的土地，都油然而生敬慕之情、敬畏之情、幸福之情。（完）
2013年7月12日