公元205年，諸葛瑾於治下大封群臣。諸葛瑾卻因拒絕接受劉協封王，其職位未動，封其帳下戲忠為吏部尚書，張昭、陳群、鍾繇為吏部侍郎；封田豐為戶部尚書，管寧、邴原、張紘為戶部侍郎；封蔡邕為禮部尚書，陳珪、何夔、顧雍為禮部侍郎；封沮授為刑部尚書，糜竺、魯肅、趙風為刑部侍郎；封劉嘩為工部尚書，鄭渾、馬鈞、棗祗、任峻為工部侍郎。而這其中最為重要的兵部，卻暫時為諸葛瑾所掌握，其餘人等，盡皆有著封賞。
另外，諸葛瑾參照後世抗戰期間的一些情況，設置了作戰參謀部，調賈詡、荀攸、程昱、李儒、陳宮五人進入，以五人為主體，其下陳登、呂範、呂岱、杜畿、薛綜、梁習等相繼被調入，至於武將，諸葛瑾卻是暫且按照原來的職位暫且沒動，等到情況明朗之後，再作打算。
諸葛瑾忙碌不停，其他人也沒有就此歇著，公元198年底，在長安城中的曹操設計引誘之下，相繼不少的漢室忠臣冒了出來，在被曹操斬殺了不少後，漢獻帝正是淪為了曹操的傀儡，朝堂之上，再無人敢言曹操不是，曹操的權勢，在其統屬之下，上漲到了極點。
其後，曹操一麵加強了各地關隘的駐守，一麵開始休養生息。曹操用荀彧之策，以滿寵為監政，賜曹操手令一枚，在其領地之中大肆開展起了“嚴律己，正軍紀”之事，滿寵一路之上，斬殺為惡之人無數，漸漸為曹操贏回了當地百姓的擁護。
另一方麵，荀彧提倡官製軍屯，一切在不損及世家大族利益的前提條件下，荀彧將曹操領地中無人土地集中到一處，又征集了一部分世家大族的土地，開始了為其五年的大規模的農桑計劃。之後，郭嘉提議，曹操仿諸葛瑾早年設立的招賢館，在雍、涼、益三地開始豎榜招賢，而曹操更是親自出麵相邀，將自劉璋投降後，便行歸隱不出的張任、黃權、王累、劉巴等人委以重任，相邀而出。
與此同時，荊州孫堅聽從周瑜建議，在長江沿江地帶布下重兵，其後，更是遣其長子孫策與周瑜一道，統兵前往鄱陽湖駐紮，與諸葛瑾部毗鄰相挨，每日操練水軍。
公元199年八月，孫堅上奏朝廷，奏請表自己為蜀王，曹操在三次假意推脫之後，便同意了孫堅奏請，公元200年，孫堅即位為蜀王，統領荊、益兩州，而後不久，交州士燮上表臣服。
而就在孫堅即位的同一時間，天子詔令，加封曹操為魏王，與此同時，依照曹操的意思，天子同時下詔，加封諸葛瑾為燕王。一個月後，曹操即位大點上，中京傳出消息，諸葛瑾拒絕接受封王詔令，同時，改其屬下領地年號為漢，尊靈帝之女劉玥為長公主。
接連的變化，讓得天下人為之側目，而諸葛瑾的一番做派，頓時激起了那些內心之中還尚存漢家臣子心思的一眾人才，投奔中原之地的人，一時間紛紛擾擾。
半年後，公元200年十月，曹操用郭嘉之計，暗自在劉協的飲食之中放下慢性毒藥，至此，漢獻帝劉協便一直處在病痛之中，因無子嗣，遂加封曹操攝政，公元206年三月，身子一直不曾見好的漢獻帝劉協，病亡在自己的宮殿之中，天下大慟。
漢獻帝無子，其死後，漢家天下頓時為天下人眼熱起來。秦暴而百姓揭竿而起，楚漢相爭，而後有四百年大漢江山，至如今，可謂已經是走到了盡頭，而此時，天下間有能力者，不過曹操、孫堅、袁紹、諸葛瑾四人而已，而如今，曹操、孫堅兩人已經是魏王、蜀王，無王爵稱謂者，隻有袁紹、諸葛瑾兩人，先天卻是失卻了優勢。
公元206年四月，漢獻帝劉協下葬，天下間的氣氛卻從開始的穩定之中，變得極為詭異起來。五月，曹操最先傳檄天下，言及長安乃是漢室正統皇城，今獻帝亡，劉氏無後，然則國不可一日無主，曹操便攜傳國玉璽，暫時接替，直至尋找到劉氏血脈之後，再將皇位轉讓過來。
而此時，北方袁紹、南方孫堅相繼扯出旗號，秦失其鹿，天下共逐之，漢失其鼎，自然是有德者居之，而在兩人發出呼聲之後，便迅速的行動了起來，平淡了八年之久的天下，因為漢獻帝劉協的亡故，再一次的陷入到了動蕩、硝煙之中……