仰光戰俘集中營，關押著許多盟軍戰俘，其中有中、美、英、印、荷、緬等國的戰俘。齊學啟來後，經常利用空餘時間，用漢、英兩種語言，給他們宣講中外曆史上忠勇之士的故事，以及中國必勝，日本必敗的道理，鼓勵他們戰勝困難，堅定必勝的信念，盟軍戰俘們都深為齊學啟威武不能屈的精神所感動，同時也為他的聲望所敬服。
齊學啟被俘的消息，不久便傳到了南京汪偽政府。1944年5月，南京偽政府派陸軍部長葉蓬等一行12人，前往緬甸勸降，遭到齊學啟的怒斥，葉蓬等人卻並不善罷甘休。繼而又以大量名貴的物品來利誘齊學啟，同樣遭到他的嚴拒，這樣反複曆兩月之久，高官賄賂，全無作用。葉蓬等人智盡技窮，於是便挑動中國戰俘，來發泄對齊學啟堅定不降的冤恨。 葉蓬對中國戰俘說：“你們之所以不能前往南京享受高官厚祿，全都是因為齊副師長一人不肯與我們合作。”將矛頭直接引向齊學啟。在中國戰俘中，有少數幾個敗類，如蔡宗夫、章吉祥、王慶華等人，聽信了葉蓬等的謠言，以齊學啟一人英勇不屈，而影響他們達到喪節求榮的目的，因此，對齊學啟懷恨在心，處處與齊學啟作難，起初是不聽管教，以後則是公然反抗，並予侮辱。齊學啟則曉以大義，耐心地開導他們，不要輕信別人的謠言，對侮辱性的行為則一忍再忍，並將勞動得來的工錢分與蔡宗夫等人。然而，蔡宗夫等人不但不聽齊學啟的善言開導，反而更加變本加厲，唆使其他中國戰俘共同反對齊學啟。
1945年四4月，日寇在緬甸北部節節敗退，日本侵略者的統治開始動搖，蔡宗夫一夥知道盟軍即將解放緬甸全境，害怕其一夥過去的所作所為難逃法網。於是，又共同策劃了謀殺齊學啟的陰謀，開始他們企圖用毒藥暗害齊學啟，被察覺而未成功。之後，又起歹念，改為行刺，5月9日夜，在蔡的幫助下，章吉祥乘齊學啟上廁所的機會，手執尖刀，猛力將刀刺入齊學啟的腹部，齊應聲倒地。
齊學啟被刺後，同監的英國軍醫上校主動向集中營方麵請求，希望能給齊施行手術來挽救他的生命，但被日寇所拒絕，齊學啟的傷勢不斷惡化。整個集中營的戰俘們，都為齊學啟的被刺而感到悲痛，又無法給他治療，隻得每日晨起晚跪地為齊學啟的生命祈禱。5月13日晚10時30分，齊學啟將軍飲恨辭世，終年42歲。齊將軍去世後，全監的各國戰俘都流著熱淚為崛告，並索取他的遺物留作紀念。
抗戰勝利後，國民黨政府頒令褒揚他英勇不屈的事跡，並追贈為陸軍中將。
齊學啟將軍的忠骸由雲南沾益空運長沙，公葬於嶽麓山，而謀殺齊將軍的凶犯也受到了嚴厲的懲處。
馮玉祥將軍曾在詩中稱讚齊將軍“……師長齊學啟，寧死不屈世驚歎。……壯烈足稱中華魂，光輝史冊萬萬年。”