當尼米茲即將離去時，參謀長聯席會議要求兩人共同製定一個抄近路快速向呂宋——台灣——中國大陸三角地帶推進的補充作戰計劃。麥克阿瑟大為惱火，說他不能拋下菲律賓不管，他對菲律賓人民負有神聖的義務，並譏諷說：“呆在華盛頓的先生們不了解情況，從來沒有聽過槍聲，卻在那裏炮製太平洋戰爭的戰略。”
尼米茲插話說：“我理解你的心情，但我不同意你的看法。參謀長聯席會議的成員們同你我一樣，都在努力工作，並且想把工作做得更好。從內心講，他們是值得欽佩的。”
盡管存在意見分歧，但尼米茲對這次會晤還是感到滿意的。他在寫給金的報告中說：“我和我的下屬們在整個訪問期間，受到麥克阿瑟真誠而周到的熱情款待。接待是沒有什麼可挑剔的。會議自始至終都開得很好，很順利。”
尼米茲承認麥克阿瑟是一位傑出的人才，不過這個人喜怒無常，有時突然會表現出與以往迥然不同的氣質。那些見過麥克阿瑟的人，有的既讚揚他，又對他有某種說不出的反感。他既才華橫溢，又狂妄自大，兩者之間常常無法找到折衷、調和的餘地。就個人而言，麥克阿瑟並無多少可以使尼米茲把他當作摯友的吸引力，但是尼米茲尊重這位軍事領袖的才幹。
7打進日本本土
正當太平洋艦隊積極籌劃和演練馬裏亞納作戰計劃的時候，日本聯合艦隊統帥人物古賀峰一在美第58特混艦隊進攻帕勞群島時，與其隨員以及參謀長一行分乘2架大型水上飛機由帕勞島起飛，欲飛往菲律賓的達沃，途中遭到暴風雨衝擊，參謀長福留繁的座機拚力掙紮，終於在菲律賓的宿務島附近海麵迫降，幸免一死，而古賀的座機卻杳無音訊，附近駐防的日機、艦艇全力搜索，結果一無所獲。
古賀的參謀長被菲律賓抗日遊擊隊俘獲，其隨身攜帶的一箱絕密文件被送交美軍。在繳獲的文件中，有一份稱為“Z行動”的提綱，顯然是日本海軍的作戰計劃。該計劃最終被送往珍珠港太平洋艦隊總部，萊頓和他的日文專家們連夜把文件翻譯出來。日本海軍把這個作戰計劃看作是對敵軍具有決定性意義的行動，計劃作戰的地區一直延伸到馬裏亞納群島-加羅林群島-新幾內亞一線。
1944年5月5日，日本廣播電台宣布豐田貞次郎大將為聯合艦隊司令長官。為挽救危局，大本營向豐田大將發布了“阿號作戰”命令，企圖集中大部分兵力，再次決戰，一舉殲滅美艦隊。此時，珍珠港方麵已獲悉，“阿號作戰”計劃隻不過是“Z行動”的具體翻版。尼米茲看了“Z行動”的譯文後，便下令把文件發給集結在馬裏亞納群島附件的所有艦長。
美軍一直期望同日軍航空母艦艦隊交戰，並將其徹底殲滅。現在，這一時刻終於要來臨了。尼米茲得知日軍艦隊中有偷襲珍珠港的“翔鶴”號和“瑞鶴”號航空母艦時，心中頓感振奮。他對史密斯將軍說：“有朝一日，當我在辦公桌上看到擊沉日軍這兩艘航空母艦的電報時，那就是我一生中最高興的一天。”
1944年6月，美軍向馬裏亞納群島發起了進攻。美軍盡管存在不利條件，但尼米茲以及太平洋艦隊的領導人對即將來臨的決戰還是充滿了必勝的信心。有新聞記者問：“日本廣播電台宣稱，‘一場大海戰即將開始’，你對此有何看法？”尼米茲回答：“我希望他們講的是真話。我真不知道怎樣才能把他們引出來打一場大仗。”
18日黃昏，美艦隊在西南355海裏處發現了日本艦隊。米切爾建議連夜把艦隊開到西麵靠近日軍艦隊的地方，以便在19日淩晨與日艦交戰。然而，斯普魯恩斯在與參謀們討論了1個小時之後，決定不去迎擊日艦隊。他向部隊下達的命令隻提出“攻占並守住塞班島、提尼安島和關島”，而沒有提到連續進攻敵軍的艦隊。
米切爾和他的飛行員為此大失所望，認為斯普魯恩斯使他們坐失良機，米切爾痛苦地抱怨道：“敵人跑了，它曾一度處於我攻擊範圍內。”飛行員普遍埋怨“這是非飛行員指揮飛行員帶來的結果”。
直到第二次世界大戰結束，才證明斯普魯恩斯的戰術是完全正確的。從繳獲的日軍檔案來看，6月19日那天，斯普魯恩斯憑他的運氣或直覺把第58特混艦隊部署在最理想的位置上。
馬裏亞納海戰不失為一場意義重大、戰果輝煌的戰役，經此一戰，美海軍掌握了馬裏亞納的製海權和製空權，為美軍最終戰勝日軍奠定了良好的基礎。