日軍大本營和“華中派遣軍”為鞏固對武漢的占領、確保長江中下遊航道，以第11軍（司令官岡村寧次）駐守武漢，在其序列的共有7個師團、2個獨立混成旅團，比其他各區、各軍具有更多的機動兵力，是對中國正麵戰場繼續實施打擊的主要力量。根據日軍大本營的規定，其作戰區域一般保持在以武漢為中心的安慶、信陽、嶽陽、南昌間地區及鄰近要點。南昌是江西省省會，是南潯鐵路和浙贛鐵路的交會點，是中國第九戰區和第三戰區後方聯絡線和補給線的樞紐，具有重要的戰略地位。中國空軍以南昌機場為基地，經常襲擊九江附近在長江中航行的日海軍艦艇，對九江及武漢日軍的後方補給交通線威脅甚大，故日軍要改善其在華中的態勢，必然要進攻南昌，並占領之。
1939年2月6日，日軍“華中派遣軍”向第11軍下達《對南昌作戰要領》，其中指示：“攻占南昌的目的，在於割斷浙贛鐵路、切斷江南的安徽省及浙江省方麵敵之主要聯絡線”；“第11軍應從現在的對峙狀態下，以急襲突破敵陣地，一舉沿南潯一線地區攻占南昌，分割和粉碎浙贛線沿線之敵。同時要以一部從鄱陽湖方麵前進，使之有利於主力作戰”；“攻占南昌附近後，應即確南昌會戰保該地以南要線”。“華中派遣軍”還和“中國方麵艦隊”商定了協同作戰計劃，並命令在湖北的第16師團和在杭州的第22師團在南昌作戰開始前，先在漢水方麵和錢塘江方麵采取若幹行動，以牽製和迷惑中國軍隊。南昌作戰時間定為3月上旬，開始攻擊時間由第11軍司令部確定。
2月9日，第11軍又和航空兵團和海軍第2聯合航空隊商定了協同作戰計劃。岡村寧次為了保證進攻成功，在準備期間數次派作戰主任參謀乘飛機偵察地形、守軍的防禦體係、工事狀況及兵力配置、重武器的位置等，據此選定渡河（修水）點和進軍路線、主要突擊方向。為提高進攻的力度和速度，岡村寧次改變了以往將野戰重炮兵和戰車配屬各師團分割使用的方法，在強渡修水時改由軍集中使用、統一指揮；同時改變了將戰車分布在步兵戰鬥隊形直前、掩護和引導步兵攻擊的傳統戰術，將戰車編為戰車集團，在第一線部隊前方2天行程的距離上，在航空兵支援下，進行遠程迂回，突破守軍防線，為部隊開路。炮兵由野戰重炮兵第6旅團長澄田崍四郎指揮，共有各種火炮300餘門。戰車由戰車第5大隊大隊長石井廣吉指揮，坦克及裝甲車共有135輛。
2月中旬，第101師團、第106師團和配屬炮兵開始向德安以南地區集結，戰車隊在德安以北集結。下旬，第6師團開始向箬溪、武寧方麵行動，井上支隊開始打通鄱陽湖水路，第16師團、第9師團在湖北安陸漢水左岸和粵漢路北段開始佯動。第11軍原定於3月10日“陸軍紀念日”發動攻擊，但自2月中旬起連續下了1個多月的雨，河水泛濫，道路難行，遲誤了準備時間。直到3月9日，第11軍才確定作戰開始之日為3月20日。
4月17日，蔣介石將自己的《攻略南昌計劃》電告桂林行營主任白崇禧，並征求意見。作戰方針是：“先以主力進攻南潯沿線之敵，確實斷敵聯絡，再以一部直取南昌。攻擊開始之時機，預定4月24日。”其兵力部署的主要內容是：令第1集團軍（總司令高蔭槐）、第19集團軍及第74軍（軍長俞濟時）分別經奉新、大城地區向修水至南昌間南潯鐵路挺進，徹底破壞交通，斷敵增援，並協力攻略南昌；令第19集團軍第49軍（軍長劉多荃）逐次推進至高安，為總預備隊；令第32集團軍（總司令上官雲相）以3個師的兵力由贛江以東進攻南昌，並組織1個團的部隊，以奇襲手段襲取南昌；令第30集團軍（總司令王陵基）進攻武寧。4月18日，白崇禧複電蔣介石，對兵力部署提出自己的建議，稍有變動，強調進行奇襲及“破壞、擾亂敵之交通及後方”，“切斷敵之聯絡線”，並認為“攻擊時間應提前，從速實施，至遲須在22日左右”。