第三十三條 主管稅務機關應對享受增值稅減免退稅優惠政策的企業每年度進行一次納稅輔導，對於納稅人同時從事減免退稅產品(項目)和非減免退稅產品(項目)的，要求企業分別核算應稅銷售額、銷項稅額、進項稅額和減免退稅銷售額，並單獨計算減免退稅產品(項目)的稅額。對於雖已分別核算但核算不清的，由主管稅務機關按減免退稅產品的成本利潤率的方法核定其減免退稅銷售額，並按期進行應稅和減免退稅申報。除嵌入(組合)軟件產品外，其核定方法為：
減免退稅產品銷售額=減免退稅產品的生產成本×(1+成本利潤率)
成本利潤率為10%
第三十四條 享受增值稅優惠政策的納稅人在開具銷貨發票時，必須做到發票開具內容真實、合法、完整、有效。免稅企業銷售貨物(除糧油企業外)不得開具增值稅專用發票，享受增值稅優惠政策的企業外購原材料必須取得合法稅務發票，資源綜合利用企業購入的主要原材料，不得以白條或運輸發票作為外購材料的記賬憑證，在計算企業的利廢比例時，必須以合法稅務發票為依據。享受退稅的企業購入原材料，必須按規定取得增值稅專用發票，對於廢料大部分來自於產廢企業以外的企業，稅負率明顯偏高且又無正當理由的，主管稅務機關必須經納稅評估或移送稅務稽查後才能辦理退稅。
第三十五條 主管稅務機關應設立納稅人減免退稅管理台賬，詳細登記納稅人減免退稅的批準時間、產品(項目)、年限、金額等，加強對減免退稅企業的稅收管理。要充分利用稅收征管輔助係統，實時監管享受優惠政策企業的銷售額及增值稅額的變動情況，尤其是對減免退稅額較大的企業，應及時進行同行業相關數據的比較分析，重點監控企業的生產經營規模與實際納稅能力的一致性情況，以及產品的稅負率與實際相符情況。
第七章 減免退稅的督查管理
第三十六條 主管稅務機關每年度應對減免退稅額較大的企業，采取事前、事中或事後等各種形式的實地核查，審核企業生產經營情況與減免退稅情況，對符合條件的可繼續享受增值稅減免退稅優惠政策。對於實地核查中發現賬證不健全，征免退稅產品(項目)不能分別核算等不符合減免退稅條件且已享受優惠政策的，應按規定程序追繳已減免退的稅款。對於經核查不予退稅的應向納稅人說明情況，對於免稅企業不再給予免征當年增值稅的優惠，並按第三十條規定操作。
第三十七條 主管稅務機關對納稅人享受資源綜合利用優惠政策，實地核查時的主要內容包括：
(一)享受增值稅優惠政策的資源綜合利用產品，應取得相關部門的認定，納稅人不能擴大免退稅範圍，對於不符合規定的外購、外加工、出口的產品不能納入免退稅的範圍；對於已享受的免退稅應按規定辦理免退稅申報。
(二)水泥及商品混凝土等特定建材產品銷售時開具的發票，其貨物名稱必須與《資源綜合利用認定證書》上貨物名稱必須一致。《資源綜合利用認定證書》上沒有產品名稱及具體強(硬)度指標的，不能享受資源綜合利用減免退稅優惠政策。
(三)對於生產水泥及商品混凝土等特定建材產品的企業，計算摻兌比例必須在30%以上，按財務報表計算的與流量表計算的應基本一致。其原料中摻兌的廢渣範圍，應按《享受增值稅優惠政策的廢渣目錄》執行。核查企業廢渣的來源，若廢料大部分來自於產廢企業以外的企業，必須核對廢料供應商與產廢企業簽訂的購銷合同的數量與單價，若廢料的實際購入數量或金額大於合同的數量或金額，應作進一步的核查或進行納稅評估。
(四)對於享受新型牆體材料即征即退50%的政策的企業，應按《享受增值稅優惠政策的新型牆體材料目錄》執行。新型牆體材料銷售時開具的發票，其貨物名稱必須與《享受增值稅優惠政策的新型牆體材料目錄》及牆改辦等工作機構出具的認定證書上的貨物名稱必須一致。
第三十八條 主管稅務機關對納稅人享受超稅負退稅優惠政策，實地核查時的主要內容包括：
(一)軟件企業自行開發的軟件產品與已取得《軟件產品登記證書》的產品必須一致，銷售軟件(包括嵌入組合式和係統集成軟件)時，開具的銷售發票其貨物名稱必須與《軟件產品登記證書》上的名稱一致，也可用括號注明退稅產品名稱。對於嵌入組合式軟件，軟硬件不能分別開票，一隻產品開具一張發票(特殊情況可除外)，企業未按規定開具銷售發票的，不予退還增值稅。
(二)企業銷售嵌入組合式軟件、係統集成應分別核算軟件與硬件的銷售額，主管稅務機關在核查企業的銷售收入明細帳時，可通過相應的明細數據及損益表上的數據按規定核實硬件的銷售額，企業實際成本利潤率低於10%的，按公式計算退稅銷售額時調整為10%；企業實際成本利潤率高於10%的，應按實計算。
(三)軟件企業申請的退稅額按規定上解入庫。主管稅務機關在核查企業的超稅負退稅額時，退稅額必須小於等於本期《增值稅納稅申報表》第24欄應納稅額合計的即征即退貨物及勞務部分。對於同一類型的軟件產品，部分繳營業稅，部分繳增值稅的，不能享受增值稅超稅負退稅優惠政策。
(四)軟件產品增值稅超稅負退稅不包括外購軟件。軟件企業除銷售自行開發生產的軟件產品外，還銷售其他外購軟件產品的，尤其是係統集成等大型項目中的外購軟件，應分別核算銷售額，未分別核算的，不能享受增值稅超稅負退稅的優惠政策。
第三十九條 主管稅務機關對於享受福利企業限額退稅優惠政策，實地核查時的主要內容包括：
(一)福利企業應按規定為殘疾職工繳納基本養老保險、基本醫療保險、失業保險和工傷保險等社會保險，並能提供年末四險繳納的詳細清單。
(二)福利企業應提供殘疾職工工資通過銀行發放的詳細清單。銀行實發的工資單加上已扣除的殘疾人個人自負部分的保險費用、病假工資及其他自負費用應達到本地的最低工資水平。
(三)企業在職職工發生人員增減情況變化時，應提供民政部門的資格確認表。對於新增的殘疾人員必須在四險繳納的次月計算退稅限額。企業招收的臨時工、季節工、已領取養老保險金的離退休職工、下崗職工、待崗職工、股東等在企業參與生產經營、或應簽訂勞動合同(包括工資費用通過勞務中介發給在企業上班的職工)、領取錢物或報銷費用的，都應計算在企業職工總數內。對於新招收十六歲以下或退休年齡(繳納四險的除外)以上的殘疾人員以及省外殘疾人員(2007年7月1日以後)不能計算比例及退稅。
(四)福利企業的限額退稅不包括消費稅應稅貨物、直接銷售外購貨物(包括商品批發和零售)以及銷售委托外單位加工的貨物取得的收入，企業實際退稅額應小於或等於納稅申報表即征即退貨物及勞務第24欄應納稅合計數的本年累計數。
第四十條 主管稅務機關對於享受其他減免稅優惠政策，實地核查的內容主要包括：
(一)納稅人享受減免稅優惠政策應符合相關的資格條件，是否存在納稅人未經主管稅務機關批準或備案確認而擅自享受減免稅、是否存在隱瞞有關情況或提供虛假材料等手段騙取減免稅的情況。
(二)納稅人的財務核算是否健全，是否按要求建立台賬；增值稅專用發票的使用和管理是否符合規定，是否有虛開代開增值稅專用發票的行為。
(三)納稅人享受減免稅的條件發生變化的，是否按規定重新向主管稅務機關辦理減免稅的有關手續；有規定免稅期限的，到期後是否恢複納稅。
(四)減免稅款有規定用途的，納稅人是否按規定用途使用減免稅款。
第四十一條 主管稅務機關應安排對退稅類企業進行納稅評估，尤其是對退稅數額較大或企業稅負率明顯高於同行業平均水平的，應結合日常管理和其他評估內容重點考慮。
第四十二條 主管稅務機關應結合日常稅源管理，對免稅企業進行不定期地巡查，及時了解和掌握企業的生產經營和變動情況，以加強對享受增值稅優惠政策企業的後繼管理。
第八章 法律責任
第四十三條 減免退稅的審批(備案)采取誰審批(備案)誰負責製度，各級稅務機關應將減免退稅審批(備案)納入崗位責任製考核體係中，建立稅收行政執法責任追究製度。
(一)建立審批(備案)跟蹤反饋製度。主管稅務機關應當定期對審批(備案)工作情況進行跟蹤與反饋，適時完善審批(備案)工作機製。
(二)建立層級監督製度。市局建立不定期督查製度，加強對主管稅務機關減免退稅審批(備案)工作的監督。
第四十四條 主管稅務機關應本著公正透明、廉潔高效和方便納稅人的原則，及時受理和審批(備案)納稅人申請的減免退稅事項。除客觀原因外，主管稅務機關未能及時受理或審批(備案)的，或未按規定程序審批(備案)的，應按稅收征管法和稅收執法責任製的有關規定追究責任。
第四十五條 納稅人實際經營情況不符合減免退稅規定條件的或采用欺騙手段獲取減免退稅的、享受減免稅條件發生變化未及時向主管稅務機關報告的，以及未按本辦法規定程序報批(備案)而自行減免稅的，主管稅務機關按照稅收征管法有關規定予以處理。
第四十六條 因稅務機關的責任導致審批或核實錯誤，造成納稅人未繳或少繳稅款，應按稅收征管法第五十二條規定執行。
第九章 附 則
第四十七條 各主管稅務機關應及時對上年度企業享受增值稅優惠政策的情況進行分析和總結，並在每年5月底前通過市局FTP將工作情況報告上傳市局流轉稅處。
第四十八條 各區縣(市)國家稅務局可結合本地實際情況製定具體的實施辦法及操作規程。
第四十九條 本辦法由杭州市國家稅務局負責解釋。
第五十條 本辦法自公布之日起試行。