第二天，文龍和兩子三女以及母、妻等一家人被押至福州元將董文炳軍中，董令左右百般淩挫，陳文龍以手指腹正色道：“此皆節義文章也，可相逼邪？”周圍的人無不為他寧死不屈的氣節所感動。董文炳還不死心，對陳文龍說：“國家興亡有成敗，汝是書生，何不識天時？”陳文龍回答：“國亡我當速死?”元將唆都企圖以“母老子幼”來動搖他，陳文龍慷慨而答：“我家世受國恩，萬萬無降理。母老且死，先皇三子岐分南北，我子何足關念。”（事見《弘治興化府誌·陳文龍傳》）?其忠肝義膽的《複元將唆都書》也千古傳頌，迄今仍為大學課文。
元軍見勸降無望，就把陳文龍押往杭州。他從離開莆田即開始絕食，行至合沙時，賦詩一首給他的仲子訣別，表達了視死如歸、盡忠報國的強烈心聲。（《陳忠肅公墓錄》）
《元兵俘至合沙，詩寄仲子》
鬥壘孤危力不支，書生守誌誓難移。自經溝瀆非吾事，臣死封疆是此時。
須信累囚堪釁鼓，未聞烈士豎降旗。一門百指淪胥盡，惟有丹衷天地知。
陳文龍到杭州後，被囚禁在太學裏。景炎二年（1277年）4月25日，他要求拜謁嶽飛廟。當他以孱弱之軀蹣跚進入嶽廟時，不禁失聲痛哭，哀慟悲絕，當晚死於廟中，年僅46歲，後被葬在西湖智果寺的翠竹園裏。陳母被拘禁在福州一座尼庵中，身患沉屙，而不願看病服藥。她對監守說：“吾與吾兒同死，又何恨哉？”周圍的人無不為之黯然淚下，感歎：“有斯母，宜有是兒。”至此，陳文龍一家，包括其季弟陳用虎（弟媳朱氏在陳文龍被俘後就自縊）、其叔陳瓚，都忠貞不屈，為國捐軀。
精靈接前賢英風總肅然
明初，朝廷下令訪求民間應祀神祇，“凡有功國家及惠愛在民者，著於祀典，令有司歲時致祭。”在上報的名單中，朱元璋特別重視南宋隆名並峙的兩狀元文天祥和陳文龍。於是，在福建境內建有“曆代奉旨祀典”陳廟十餘座，我市中山公園北門原有的陳文龍祠就是其中之一。
在祭祀陳文龍的寺廟中，以福州陽岐的尚書祖廟時間最早。相傳當年陽岐村民在烏龍江邊拾到陳文龍遺落的官袍，便自發集資在興化古道邊建廟。明天啟七年（1627年），當地村民及部分莆仙籍商賈，出於對陳文龍的敬仰，將原廟宇移至陽岐村鳳鳴山下。廟建成後，曆經滄桑，幾度重修。廟前空坪上至今保存了幾方古代殘碑，分別記載了清乾隆四十六年（1782年）、嘉慶九年（1804年）、道光二十年（1840年）、鹹豐九年（1859年）和光緒十年（1884年）五次重修的情況。其中乾隆碑刻載：“祖殿水部尚書三次敕封，加封鎮海王”。所以福州百姓都稱陳文龍廟為“尚書廟”，陳文龍為“尚書公”。福州市區的其他4座廟均由此分香，陽岐尚書廟也被稱作“尚書祖廟”。1919年，陽岐人、大思想家嚴複發起又一次重修。他親自撰寫《重建尚書祖廟募緣啟事》，福建督軍李厚基、省長薩鎮冰、前清福州知府葉大莊等都有善捐。嚴複為祖廟題寫鐫刻了3副石柱聯，其中大殿正門的草書聯為“十萬家飯美魚香，惟神之助；百餘鄉風清魔伏，為民所依。”他還賦詩“天水亡來六百年，精靈猶得接前賢。而今廟貌重新了，帳裏英風總肅然。”表達了對陳文龍民族氣節和愛國精神的景仰之情。
曆代史傳、詩文、戲曲等都對陳文龍備加褒揚。明永樂六年（1409年），朝廷封陳文龍為“水部尚書”，能保佑航運、漁民，加封“水部尚書、鎮海王”；清乾隆四十六年（1782年）皇帝加封陳文龍為鎮海王。明清時期，每三年科舉後，曆朝皇帝都委派新科狀元率冊封團赴琉球（今衝繩）、台灣冊封當地官員。冊封團在海上行船為祈求平安，將陳文龍立於船中祭拜。由此，就有了“官船拜陳文龍、民船拜媽祖”之說。閩台及東南亞等地，都將陳文龍比作“海上保護神”。，福州人稱文龍為“尚書公”。僅在台灣和馬祖，保存完好的陳文龍廟就有16座之多。