而這時有一些傾向於請願一方的國會議員也來拜訪請願者，教了他們一些辯論的技巧，並且製定了辯論的基調，首先就要盡量放棄那種絕對對立的態度，盡可能模糊自己的觀點，尋找對方的弱點。同時也有支持請願方的學者也紛紛為他們出謀劃策。
第四場辯論在五月五日舉行，而應各方的要求，這一場辯論設在南京工程大學舉行，並且隨後的辯論，將輪流在南京、杭州的大學中循環舉行。而每一場辯論的謗聽人數不能超過八百人，而請願一方隻能出席二百人。但在每次辨論之後，將在第一時間將辯論內容張貼出來。
因為做足了充份的準備，因此請願一方的表現就好多了，至少己經可以和內閣一方有來有往，爭上幾個回合，不致於全無還手之力。但在無形中，請願一方的所持的觀點已經緩和了許多，至少不和朝廷針鋒相對，同時在辯論的話題上，也更多的偏向於學術思想方麵，而減少了許多政治方麵的味道。
而這次辯論的影響力也越來越廣泛，由南京一直影響到周邊地區，由其是那些請願者來自的地方，對這次辯論猶為關注，因為這關係到這一次請願行動的成敗。另外不僅僅是在南京，在許多地方，也針對這一次辯論的內容，展開了討論，並也進行了不少的辯論，盡管在規模和影響力方麵，不能與南京辮論相比，但對於擴大這次新舊思想的影響力，起到了不少的推動作用。而且還有眾多的學者也在報紙上發表文章、著書表達自己的觀點，因此一場新舊思想的大爭論，也在中國展開。
在南京的辯論一直到十一月十日才結束，其中一共進行了二十三場辯論，有七場在杭州的大學裏舉行，並且還有兩場應商毅的邀請，在皇宮裏舉行。
但最終的結果還是以請願者的全麵失敗而告終，畢竟現在中國的社會經濟結構己經開始發生了明顯的變化，盡管還沒有達到質變的地步，但己對中國的傳統社會經濟造成了相當的衝擊，而經濟的發展，也就需要新的思想基礎，傳統思想的主導地位己經發生了動搖，因此新思想的發展也是不可阻擋。而且商毅需要沒有利用政治權力強行推進新思想，但卻進行了十分積極的引導。更為重要的是，新思想並不是要徹底放棄舊思想，隻是拋棄舊思想中一些保守、落後、迂腐的東西，加入一些開放、積極、先進的觀念。因此這場辯論的成敗，其實是早就注定下來的。
而在辯論的同時，［中華時報］也不忘利用這次辯論，為商毅造勢，稱讚商毅的胸襟開闊，能廣開言路，察納善言，並不獨斷專行等等，因為有事實為證，因此對商毅的聲望，也確實是一個很大的提高，對於安撫地方的反對情緒，也起了不少作用。
最終請願者雖然還有所不甘心，但還是隻能老老實實的各自返回地方，畢竟辯不過內閣，留在南京也沒多大的意思。而內閣也好說好散，還給每人返回的路費，一切也都做到仁至義盡，也讓這些請願者沒話說。
但等請願者各自回到地方之後，才發現今年的省試早己經結束了。但這一次，民間的情緒也明顯平穩了許多，畢竟誰都知道了這個大勢己經不可改變，因此也有不少學子終於開始認真的學習自然科學，以便在下一輪科舉中有所表現。畢竟十年寒窗苦溪，不就為了一朝蟒袍玉帶，出人頭地嗎？既然科舉要考自然科學，那麼就好好的學習吧。
而請願者雖然離開了南京，但這次新舊思想的辯論卻並沒有結來，而是從南京一直發展到了各地方，新舊思想的碰撞，也一直就沒有停止過，有時激化、有時緩和，其中也幾經起伏反複，前前後後一共進行了七十餘年，一直到中華帝國的第四任皇帝繼位期間，新舊思想的爭論才基本結束，新的思想體係才基本形成，從而中國也正式進入到近代國家時期。
在後世研究中國曆史的專家們都一致認為，將這一段時期確定為中國的近代思想啟蒙運動，而這一次南京的辯論，也被認為是中國的近代思想啟蒙運動的開始。
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