雖然商毅最初的想法，是弄成一場新舊思想正麵碰撞、交流、溝通的辯論，但這一次辯論最終持續的時間之長、影響的範圍之深遠，參與的人員之多，在中國思想發展曆史上的地位，對中國傳統思想造成的決突之大，都遠遠超出了商毅的預期目標。
按照內閣的計劃，這一場辯論是在四月十日，定在南京師範大學進行。辯論的題目就是請願的第一條：施行古製，以仁義禮信治國；雙方各出五名代表出場辯論，而傍聽的人員約有八百餘人，除了請願人員全部出席之外，其餘的都是南京師範大學的學生，和南京學術屇的人員。
內閣方麵對第一場辯論是做了充份的準備，在辯論的一開始，就緊緊抓住“施行古製”這一點中的“古製”兩個字，到是那一段時間才算“古代”，是不是隻要以前的朝代都算古代，還是以傳說中的“上三代”才算古代。
而請願代表隻能回答是上三代的製度才算古製，但內閣一方馬上就抓住了這個口實，質我鷯醫爬愣犭願代表，上三代到是推行的什麼製度，中央機構是怎麼設製，地方行政又是怎樣安排，權力怎樣分配，怎樣監督，怎樣製定的稅賦製度，結果問得請願代表啞口無言，根本就答不上來。
言必稱上三代，是中國古代學術文章的一個特點，因為按中國傳統思想的觀念，上三代就是中囯的黃金時代，大同社會，反正就是上三代什麼都好。
但隻要不是書呆子，其實誰都知道，所謂“上三代”到底是怎麼一回事，一千個人有一千種說法。一是時代久遠，二是史料缺乏。但也正因為如此，在為了證明自己的觀點正確，因此就全部推到“上三代”上麵去，“上三代”就是這樣做的。就連黃宗羲的［明夷待訪錄］裏，也是假借托上三代。說白了就是把上三代當做任人打扮的小姑娘，根據自己的需要，想怎麼說都行。
而請願者將“施行古製”列為第一條，也是沒有辦法的事情，因為帝國是剛剛建立的新朝，百廢待新，沒法用祖製來壓服新朝的製度，隻好推到古製上麵，但卻又被內閣的代表緊緊抓住，結果弄得十分難甚，最後沒有辦法，隻好避開了這個話題，把目標集中在後一句“以仁義禮信治國” 上。說上三代的精神就是以仁義禮信治國。
但對這一點，內閣一方同樣也作好了準備，立刻列舉出種種例子，證明帝國確實是在推行仁義禮信，並沒有疲棄上三代的精神。而這時請願者一方才算是緩過一口氣來，於是也引經居典，開始了辯論。
不過在辯論之前，內閣一方就做好了每一場辯論的基調，就是決不和請願者提出的這十二條要求搞對立，而是盡量證明帝國的政策當中己經包括了這十二條，隻不過除了這十二條之外，還有其他的政策。在這方麵，內閣顯然就有很大的優勢，可以找出多的實例證據來。而請願者一方則是絕對的對立，就是一付有你無我的架式，另外也隻能照讀經典，舉不出多少實例來，麵對麵的辯論，也沒法使用大扣帽子，強詞奪理之類的手段，這樣一來內閣一方自然就在辯論中大占上風。
結果雙方經過了兩個多小時的唇槍舌戰才結束，盡管最終並沒有宣布誰勝誰負，但在辯論時過程中，請願的一方多次被內閣問得答不上來，而內閣一方一直都振振有辭，有理有論，因此結果也自然分曉。請願方垂頭喪氣的離開了辯論會場。但關於這次辯論話題的議論，卻一直在隨後的幾天時間裏，成為南京學術屆議論的焦點話題。
隨後在四月份裏，南京師範大學又繼續舉行了兩場辯論，由於有第一場打底，而且各家報紙也都大加宣傳，因此傍聽的人員也大大增加，在第三場辯論的時候，傍聽的人數達到了二千三百餘人，有一半都在會場以外傍聽。其他學校，包括在南京周邊地區的許多學者也都趕來傍聽，而且每一場辯論之後整理出來的文字稿，都會被搶購一空，一時也是萬人空巷，洛陽紙貴。
不過由於請願一方在大道理上確實是占不住腳，而且辯論的經驗和技巧也都不如內閣一方，結果這三場辯論中，盡管請願的一方每一次都更換了參與辯論的人員，但都明顯處於下風，因此請願的一方也有些著急了，於是也向內閣提出要求，停一段時間，好讓自己一方有足夠的時間來準備，收集足夠的資料。而內閣一方也表示了理解，給了他們足夠的時間。