不過中日之間的貿易關係還是要慢慢的恢複，但商毅這時就要離開日本了。
在離開日本之前，豐臣薰也向母親提出，要接她去中國奉養，但不出商毅的預料，徳川千姫並不想離開日本，因此對豐臣薰提出的要求挽言謝絕，不過德川千姬也答應，如果在未來條件合適，也會到中國居住一段時問。
其實對母親的拒絕，豐臣薰對此也有心裏準備了，隻是因為她也知道，這一次和母親分別之後，再見麵的機會也不多，因此才希望母親到中國居住，不也母親答應以前有可能到中國去居住一段時間，也就巳經達到了自己的目地。當然豐臣薰也知道，母親還是不放心德川氏的情況，還要在觀望一段時間，看一看徳川氏被撤藩之後，能不能穩固下來。現在也確實不是把母親接到中國去的好時機。
好在是徳川千姬是在江戶出家，而江戶現在也是在豐臣幕府的直屬領地，因此豐臣薰也囑咐豐臣幕府的代理大臣，照顧好母親的日常生活。同時也從豐臣幕府毎年的收入中拿出一萬石來做為母親毎年的生活費，因為徳川幕府滅亡之後，徳川千姬毎年從徳川幕府那裏取得的毎年一萬石的生活費也沒有了，豐臣薰自然要從豐臣幕府的收入中拔出母親的生活費。
德川千姬對生活費到沒有拒絕，隻是沒有要那麼多，隻留下了六百石，畢竟她一個人的生活，有這麼多就足夠了，這也差不多是一個中層武士的收入了。
而在公事方麵，商毅也要向日本天皇紹仁，以及其他的大名告辭，但就在這個時候，卻從皇宮裏傳來消息，紹仁病倒了。
原來紹仁本來就是一個性格比較強硬的人，而被迫和中國簽定了不平等條約，又眼看著中國通過分封大名的方式，逐漸控了曰本的大局,但中國是一個比徳川幕府更為強大的存在，紹仁心裏也有一種很深的無力慼，因此紹仁越想心裏越窩火，結果一下子就病倒了。
因此商毅在離開日本的時候，又親自進了一趟皇宮，探望紹仁的病情。當然見到了紹仁上後，商毅也顯得十分關心，同時又讓自己隨行的禦醫為紹仁進行診脈。
把脈之後，禦醫說紹仁的病是由幹憔慮過度，肝火過旺所引起來的，隻平心靜氣，安心靜養一段時間，也就沒有事了。因此商毅也再三嚀囑紹仁，一定要好好的養病，等病好之後，還想邀請紹仁去中國進行訪問，為中日兩國的友誼再做出貢獻來。
結果在商毅離開皇宮之後，紹仁的病又加重了，當天夜晚就吐了血。而在第二天隻能請太上皇政仁太替他出麵，給商毅等人送行。而且從此以前，紹仁就一直病勢纏身，時好時壞，拖了二年時間，終於一病不起，在1654年去世，由他的弟弟，後水尾天皇的第八皇子良仁繼位。而那時中華帝國還專程派遣使者到日本來吊奠，並且帶來了商毅的問候信。包括那時己被中華帝國征服的二十餘個東南亞小國，也都派出使者，到日本吊奠，因此紹仁的葬禮到是辦得十分風光。
當然這是兩年以後的事情，商毅現在還不得而知，告別了日本的眾人之後，登船出發，首先到達九州島視察。並且又專程到下關海峽邊的臨海館休息了一夜，當然又泡了一次溫泉。
而長州藩的藩主毛利廣綱見商毅十分喜愛臨海館，雖然臨海館是在本州島上，但索性將臨海館以及附近的一部土地也都轉讓給中國。畢競這一次長州藩一下子漲了二十萬石的封地，毛利廣綱對中國方麵十分感激，另一方麵盡管毛利廣綱也知道，中國將九州割走，但現在長州藩也己和中國捆綁在一起了，因此還是要盡量和中國搞好關糸，區區十幾畝的土地，當然不在話下。
麵對毛利廣綱的好意，商毅當然是欣然笑納，同時也決定，將臨海館改名成春帆樓, 做為九州島在本州島的一個居點。
第二天，商毅一行人才渡過下關海峽，到達九州島。這時九州島的各大名正在忙著清理自己的財產，陸陸續續的搬離九州，到自己的新封地去定居。而中華軍的第九軍也都從曰本其他各地撤離，到九州島駐紮，並且接管九州島各地的管理，並且建立地方的行政機構。
商毅在九州島住了三天，把九州島的駐軍，行政等事務進行了安排，同時中華軍從日本各地得到的糧食、物資、金銀錢財等等，也都運到九州島來存放。而在此期間，商毅又收到了國內的來信，這一次都是喜迅，在九月底十月初的時候葉瑤瑱和紫玲瓏先後都生了一個男孩，而且生產之後，母子都平安。當然內閣大臣也再次請商毅盡快歸國。