封完了有功之臣，接下來就是對原來屬於徳川氏的親藩大名、譜代大名；在戰爭中保持中立、搖擺不定的大名進行處置。
原來的四代將軍徳川家綱，在失去了征夷大將軍的頭銜之後，被封為鬆代藩大名，領地為二萬石；徳川綱重為相良藩大名，領地三萬石；另外在徳川氏中還封了四個支藩大名，而其他幕府的親藩、譜代大名中，則全部都被罷免，成為徳川家綱、徳川綱重的家臣。隻有德川千姬的另一個女兒，本多勝姬的丈夫鳥羽藩的大名池田光政，仍然留任，但領地從三十一萬石削減到三萬二千石。總計起來，隨於徳川氏的全部領地也隻有十二萬石，就算加起來，也隻能算是一個中等的大名。
而徳川綱重和池田光政能夠保住自己的大名位置，盡管封地也被大幅削減，但還是要比徳川家綱的封地要多，這當然完全是看著豐臣薰的麵子，他們一個算是豐臣薰的養弟，一個算是妺夫，總要照顧一點。另外這也是造成現在的德川氏弱幹強枝、重心失位的局麵，也使徳川氏無法形成凝注力。因此徳川氏雖然還有一定的實力，但基本沒有翻身之力了。
當然徳川氏能有這樣的結果，也廴經算是很不錯了，畢竟當初的豐臣氏失勢之後，是被德川幕府趕盡殺絕，隻有豐臣薰一人逃脫。因此麵對這樣的結麵，別說是徳川千姬，就是徳川綱重和池田光政、本多勝姬也對商毅和豐臣薰感激不盡。
其他的原來在幕府和倒幕府之中搖擺不定和保持中立的大名中，也是區別對待，對於那些始終保持中立的大名，基本都保留下來，隻是領地都削減到一二萬左右，成為小藩。而對那些搖擺不定，企圖左右逢源的大名則都受到了狠狠打壓，雖然被罷免的不多，但都被削到了一萬石以下，給別的大名當支藩。這也是認日本人知道，中國方麵，是不容打馬虎眼的。
而在這方麵表現的最為突出的仙台藩大名伊達綱宗、米澤藩的大名上杉剛憲則都遭到了最大的打擊，伊達綱宗由六十二萬石削至二萬石，上杉剛完由四十萬石削至一萬石，兩個大藩也徹底被削弱。
本來按商毅的想法，幹脆就把這兩藩撤了算了，但伊達氏、上杉氏畢竟都是曰本存在了數百年的家族，兩家的先輩當中，伊達政宗、上杉謙信在世的時候，都是日本舞台上的重要角色，根深蒂固，一但撤了藩，說不定會引起什麼亂子，因此商毅和豐臣薰等人認真商議了一下，最終還是決定，還是保留這兩個家族的藩位。
不邁那三名反對中曰條約的大名，還有三名沒有來到京都，對中華軍不理不問的大名，則就不客氣，都全部被罷免，徹底退出了曰本的政治舞台。
這就樣，日本的大名全部分封完畢之後，一共分出了二百三十七位大名，而在過去德川幕府中的大名中，保留下來的還不足一百名，而像島津氏、細川氏、小笠原氏這些過去日本曾經威名赫赫的大族徹底消亡；徳川氏、鬆平氏、阿部氏、伊達氏、上杉氏也都遭到了極大的削弱，而一批新興的力量也在日本崛起，因此整個曰本的政治格局也出現了一個全新的局麵。
當然這些大名的分封，還有土地的分配，僅僅隻是在京都進行了宣布，並不意味著曰本國內的政治重新洗牌己經完成了。因為被撤藩、削藩的大名要交出自己的權力、領地；換藩、移藩的大名需要進行權力和地方行改的交接；新封的大名還需要上位，組建自己的家臣班底，接管權力和領地。這些事情都需要相當長的一段時間來完成，少也需要幾個月的時間。這還是在一切都在十分順利的情況下，如果中間出現一些波拆、事故，這個時間就還有延長。
因此被撤藩的大名未必都會原意心甘情願的就這樣退出曰本的政治舞台，由其是像仙台藩、米倉藩這樣的大藩被削之後，雖然說在伊達綱宗、上杉剛憲在京都的時候，固然都是老老實實，一但回到了自己的藩地，是否願意老老實實的把權力交出來，在這中間會不會使什麼絆子，耍什麼手段，甚致會不會采取一些什麼過激的手段，都還很難說的準。畢竟這些大名在曰本還是有相當的實力基礎，如果存心要使一點絆子，還是相當麻煩的。
而且就算是被撤藩、削藩的大名都甘心情願的交出權力，讓新興的大名上位，那麼在新勢力登台之後，能不能坐得穩，掌得住局麵，也並不容易。因為這一次曰本國內進行了一次大換血，而且這一次被提發起來的新大名確實太多了，由其是像豐臣餘眾這些人中，都是離開日本近二十年了，基本在曰本沒有太多的基礎，一下子就做到了四五十萬石的大名，幾乎等於是一步登天了。