於是就在第二天，天皇紹仁也正式下旨，批準通過了中曰雙方談判草擬的條約條款，而隨後由鍋島勝茂和有馬忠賴代表曰本方麵，在條約上簽字，因此中曰和約也正式生效。後世將這份和約總稱為［中曰友好和平條約］也稱［京都條約］。
條約的內容公布之後，很出人意料，在曰本並沒有引起多大的反應，隻有三個小藩大名上書天皇，表示反對，其餘大多數都保持沉默，當然也翻不起多大的浪來。
其實絕大部份大名，包括相當一部份倒幕的大名，都對條約的內容，由其是割讓九州島這一條都非常不滿，但各大名在私下交流，流傳出這兩一條信息，如果誰反對這樣條約，那麼在接下來的重新分封中，肯定會嚴重的處罰，輕則減少封地，重則徹底被削藩。
因此這一樣所有的人也都不敢作聲了，畢竟現在形勢是中華軍太強勢了，就算自己反對也沒用，九州島終究是要被割讓出去的。既然是這樣，那麼不如幹脆就釆取不理不睬的態度算了，反正天皇己經正式下旨了，又不是自己簽的條約，自己又何必非要出這個頭呢？還落得一個削藩的下場，多劃不來啊。
割讓九州島，是在中華軍出兵之前就製定好的計劃，一方麵是等於直接把兵力布置在曰本的大門口，可以有效的控製曰本的幾個重要的海道，另一方麵也是能夠有效的保護新成立的豐臣幕府，畢竟現在豐臣幕府在日本的基礎還很不牢固，沒有外力的扶持，很難在日本維持得下去。這也是豐臣薰支持割讓九州島的一個重要的原因。
另外商毅隻是要求曰本割讓九州島，而並沒有向曰本索要賠款的原因，一是在曰本的戰鬥中，中華軍也掠奪到了大量的財產，基本可以填平這次戰事所花費的費用，畢竟這次中華軍出動的兵力並不算多；二是中日重新開通了商貿來往之後，中國毎年都可以從曰本獲取大量的利潤，官民都可獲利，而如果讓曰本賠償，獲利的僅僅隻是官方，對民間並沒有什麼好處，而且日本也賠不出多少錢來，相反還會弄得財力衰弱，影響了曰本的購買力。做事情講究細水長流，不做一杆子買賣；三是現在中國己經割讓了本州島，這就夠說了，如果再要求曰本賠償，難免會進一步引發日本國內的不滿，畢竟割讓了本州島，和眾大名並沒有太多的利害衝突，但賠償則肯定是要攤到每一個大名的頭上。這就會引發眾怒了。
而中日條約簽定了之後，接下來就是對曰本各藩大名的重新分封和劃分。
徳川家康在取得了曰本的統治權之後，通過統計清算，將全曰本的土地分為三千萬石左右，最初一共分封了二百多個大名，但在德川幕府五十年的統治期間，又以或真或假的罪名，剝奪了其中絕大倍份大名的全部或部分領地，同時又新増了一百五十多個新的大名，使日本大名的總數維持在二百五十致二百八十個之間。其中有親藩大名二十四個；譜代大名在一百五十個左右；外樣大名在一百個左右。
而為了保證徳川幕府在日本的絕對實力和統治地位，屬於幕府的直轄領地為六百八十萬石，占到了全國總土地的二成強，和領地最的仙台藩六十二萬石相比，也超過了十倍以上；其中有約四百二十萬石歸徳川幕府的直接收入，而二百六十萬石分給了幕府的各旗本的知行所。而在當初豐臣秀吉的統治期間，直屬於豐臣氏的領地也隻有二百三十萬石。因此這也是讓不少人對徳川幕府不滿的地方。因為幕府占有的土地越多，也就意味著其他大名能得到的土地就越少了。
整個分封計劃是由商毅、豐臣薰和豐臣餘眾一起來製定的，而商毅也不打算改變日本這種封建聯邦製度，因為讓日本永遠陷入這個的分邦狀態，而不是一個中央集權的國家，對中國當然是最有利的。
現在徳川幕府消亡之後，豐臣幕府也正式成立，首先自然是先考慮豐臣幕府的直屬領地，雖然很可能在相當長的一段時間裏，征夷大將軍的這個位置都將是空缺的，但豐臣幕府的領地，和製度還是要先確定下來。
商毅和眾人商議確定，豐臣幕府的都城將仍然設在大阪，而直屬領地包括以大阪和江戶為中心的兩塊地方，總計約為三百萬石。雖然比豐臣秀吉時候要少，但和徳川幕府相比，卻不足一半。
一方麵是因為現在且本將九州島己經割讓給了中國，這一下孑就差不多把日本的土地砍去了三百多萬石。因此還像德川幕府那樣，占有那麼多的土地，剩下的土地可就不夠分了。