各路人馬分頭出發之後，周少桓也開始著手對占領地區的統治秩序，盡管現在是軍管時期，但也同樣要建立起一套有效的管理係統。而中華軍在這方麵，也有十分充足的經驗，因為在這幾年來，帝國的疆土也在不斷的擴大著，一直都按照攻占－軍管－政管的順序進行。
而且這一次中華軍絕不會再對盛京進行破壞，而是把這裏做為對遼東地區進行統治管理的重要核心地區，還有未來的沈陽軍區的地點。因此也首先要在這裏建立起帝國的統治秩序。
不過這一次和以前收複長江六省，甚致收複河南、福建、廣東、廣西等地區都有些不同。因為河南、福建、廣東、廣西等地，一直以來都是中原漢族王朝的固有土地，在風俗、文化、民族認同感等方麵，都沒有什麼問題，對於老百姓來說，無論是明朝還是中國統製都沒關糸，隻要自己的日子能過下來，換誰當皇帝都行，管他姓朱還是姓商。加上中華軍的軍紀嚴明、秋毫無犯，而帝國對新占區又有減稅減賦的惠民政策，因此也就能很快穩定住局麵，安撫人心。
那怕是河南省當時己經是清廷的地盤了，但清廷在河南省的統治時間並不長，基礎不深，而且在施政方麵也有不少失誤, 民心不付，中華軍還可以在這一地區大打民族牌, 加上其他施政得當，因此也能夠很快穩住局麵。
但遼東地區卻有本質的不同，盡管現在遼東地區也是明朝的土地，本地的居民仍然是以漢族為主體，但遼東的漢族僅僅隻是指在血統或是籍慣方麵。因為清廷己經在這裏統製了三十餘年，而在吉林、長春一帶，統治的時間更長。清廷推行的是尊滿抑漢政策，但並不是尊滿排漢，相反，設立漢軍八旗，對於滿漢民族的融合，還確實有一定的促進作用。而且入了漢八旗的漢族人在實際的思想意識上，己經把自己視為滿族的一部份，當然滿族也在一步一步的被漢族同化。
因此這裏的漢族百姓基本也認同了清廷的統治，雖然生活並非很好，但也算過得過，也就並不希望這種局麵發生變化。在這種情況下，在遼東地區的漢族百姓雖然不會誓死維護清廷的統製，但也絕不會因為同是漢族的原因，立馬倒向中華軍這一方來，在這裏打民族牌，不能說是完全沒有作用，但作用也極為有限，因此不能把希望寄於民族意識上。
當然對於中華軍來說，這也是一個全新的課題，就是如何有效的統治真正屬於敵軍的地區，徹底並入自己的版圖來。不過對這方麵，中華軍也並不是全無經驗，在台灣、在呂宋地區，有可以借鑒。總體來說就是不能一味懷柔示好，或以民族大義為重，必須剛柔並濟、恩威兼施，才能穩定帝國的統治。當然如果這次在遼東處理得好，那麼對於中華軍以後收複蒙古、新疆、西藏、青海等地，包括占領海外的殖民地，也都可以提供十分寶貴的經驗。
中華軍進入盛京之後，己經解除留守清軍的武裝，而周少桓首先下令，將盛京改名為沈陽府，這一點是首先要做的，表示讓盛京徹底斷絕和清廷的關糸。
其次是全城戒嚴，實行軍管，並且向全城的百姓宣告，無論滿漢，隻要是服從中華軍的統治，安份守紀，不惹事生非，就不必擔心自己的安全。同時取消滿人的所有特權，所有法令對漢滿一率平等，滿人固然不能再欺付漢人，但漢人也不能無故的欺壓滿人。
而最後，是對滿蒙漢八旗貴族，以及清廷的官員們進行壓製。
盡管現在清廷的大勢已去，但滿蒙漢八旗的貴族層是清廷統治的即得利益者，也是對最不希望遼東歸屬於帝國統治的一批人，而且其中也不乏對清廷死忠的份子，說不定還會在暗中搗亂，甚致是公然以武力反抗帝國的統製,因為他們畢竟曾經是遼東地區的統製階層，都是能夠呼風喚風的人，在這一帶地區的影響力也不是能在短期內消除，因此對帝國來說，他們是最危險的因素，必須進行嚴厲打壓，才能保證帝國在遼東的有效統製。
當然中華軍不會對滿族進行大滅絕一類的極端行動，但也一定會對滿蒙漢八旗貴族進行一係列的打擊行為，要大幅削弱滿漢八旗對遼東地區的影響力，扶植正式漢族的勢力，確立在遼東地區建立以親帝國的漢族為主導的社會構成，這樣才能夠確保帝國對遼東的穩定統治。因此無論滿族貴族是否接受帝國的統治，都必須受到一定壓製。而清廷的官員成為第一批的打壓對像。
因此周少桓下令，除了少數同動投降的清廷官員之外，其他官員，以及家屬全部抓獲收監看押，進行審查，根據其在清廷的行為、官職等方麵，評估其對帝國的危險程度，然後決定釋放或是勞改，甚致是監禁。但即使是釋放的官員，官職肯定是沒有了，特權自然也取消，家財田產隻保留少部份，其餘全部沒收，而他包衣、跟役全部都解除依附關係，獲得自甴，並且分給田產，使他們成為自由農民，可以自由耕種。對於沒有官職的滿蒙漢八旗貴族，也是同樣處置。