而這時在前次戰役中抓到的紹武、永安兩個朝廷的皇帝朱聿鐭和朱以海，以及皇室成員，主要大臣一共有一百多號人，也都押送到了南京。
商毅下令，將朱聿鐭和朱以海，以及他們的家人都送到孝陵去給朱元璋守墳，實際就是把他們的活動限製在孝陵的範圍之內，等於的變向的監押。並且平時付責一些打掃衛生之類的工作。因為商毅並沒有禁止明朝的遺臣去參拜孝陵，但毎天隻開放一個時辰的時間。因比在這一個時辰內，朱聿鐭、朱以海和他們的家人都將限製行動，不許和外人接觸。
在中國曆史中，對新興王朝對前朝皇室的態度如果是大一統王朝，往往比較寬容，一般都會留著養起來，在有些王朝，還比較優待，而如果是分裂時期，則比較嚴厲，往往會斬盡殺絕。當然元清兩朝是例外，因為是異族入侵，由其是清朝，基本將明室的後裔全部都殺光。
商毅並不是一個嗜殺的人，除非是需要立威的時候，一般對俘虜都不會濫殺，頂多就是去做苦工。而且也分別對待，滿族、還有曰本、朝鮮、荷蘭這亗外籍俘虜都是去開礦，或是開山釆石；而漢族俘虜，還比較優待，一般是開墾荒地，或是修路，在幹了幾年苦工之後，還會釋放。
因此商毅也不打算對明朝的後裔下手，而且商毅也並不認為，朱聿鐭和朱以海這些人能夠翻得起多大的浪來，畢竟明朝己經是不得人心，注定無法再恢複了。殺了明朝的後裔，隻不過是對自己不自信的表現。隻不過現在還沒有實現全國的統一，才先暫時將他們監禁起來，等商毅統一了全國，統治穩定下來之後，早晚都會將他們釋放。而紹武、永安兩個朝廷的其他主要大臣，也是一樣。當然前提是他們都要老實的接受監禁。
等朱聿鐭、朱以海以及家人安定下來之後，朱媺娖、朱媺婕姐妹也聯名送來一些生活用品，向他們表示了慰問，並且也告戒他們，不要再有其他的妄想，老老實實的在孝陵裏為太祖皇帝守陵。
其實朱聿鐭、朱以海都不是胸有大誌的人，在路上也是提心吊膽，生怕自己到達南京，就會被商毅所殺，但到了南京之後，被安排到孝陵居住，雖然是被監禁，但至少也表示商毅沒有殺他們的意思。而且朱媺娖、朱媺婕姐妹也送來物品，更是讓他們安下心來。因為朱聿鐭、朱以海都知道，朱媺娖早己經嫁給了商毅，那麼這也就代表著商毅的意思。因此也就安心的在孝陵裏住下了。
雖然他們的活動被限製在孝陵內，但孝陵的占地麵積很大，不在南北京的紫禁城之下，因此並沒有拘束的感覺，而且毎天的飲食也都供應得比較充足，雖然比不上他們當皇帝的時候，但也不算差，毎一餐都有酒有肉，還有時令季節的蔬萊。而毎天打掃衛生什麼的，也就等於是煆煉身體了，因此兩家人在孝陵裏住了幾天之後，覺得這樣的生活也不錯，用不著爭權奪利，提心吊膽。
而那些一起被送到南京的紹武、永安兩個朝廷的其他主要大臣，則都送到南京郊外的一家勞改農場裏，和抓到的俘虜們進行勞動改造，其中還一些他們認識的士兵，當毎天從事一些簡單的農活，但在農場裏到是可以自由活動，而且還給他們提供一些書籍和【中華時報】。
這樣的處理結果，到這些大臣們有些意外，有不少大臣在來南京之前，是都懷著必死的決心，也有幾個人甚致還準備在見到商毅之後，大罵他幾句，也有人寫好了遺詩，在受刑前作慷慨激昂將的念出來，總之都巳經做好了盡忠取義的準備。
當然也有一部份人心裏在盤算，傳聞商毅素來禮賢下士，愛材如命，會不會來招攬自己，那麼自己也應該注意火候分寸，差不多的時候，就裝出被感動的樣子來，投到南京政府中去。有些人還在演練自己在被感動的時候，應該是什麼樣子，說什麼話，是作對天長歎狀，還是淚流滿麵，是該說“真聖眀之主也” 還是說“非臣不忠，實在是勢不可違”。
但誰也沒有想到，那知到了南京之後，商毅壓根就沒理自己，直接仍到農場裏進行勞動改造。每個人都在這種不知所措的心態中，開始了自己的新生活。
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