但錢謙益卻沒有想到，在清廷仿佛是達到了頂峰之後，立刻就開始跌落下來，從此之後諸戰不利，在一年之後，南京也得而複失，在商毅收複南京之前，錢謙益己經被清軍送回北京，在清廷出任禮部尚書。
到這個錢謙益還並沒有反正南歸的意圖，一來是這時的天下大勢，和四百多年以前，金宋對持的時代差不多，中華軍雖然在軍事上占優，但商毅畢竟不是正統，而南方又四分五裂，因此錢謙益認為，這種局麵會維持很長時間，清廷還會稍占優勢。二來這個時侯錢謙益己被清廷任命為禮部尚書，對清廷還抱有不小的幻想，覺得就這樣在清廷為官，也不錯。
隻可惜好景不長，清廷本質還是一個部落朝廷，在政治上非常狹礙，對漢族不僅十分防範，而且也分了三六九等，最受重要的，當然是遼東漢人，其次是在北京投降清廷的漢人，而南方歸降清廷的漢人是最不受重視的，因為在清廷看來，這幫人是在走投無路的情況下才投降清廷，並不直得信任。因此僅僅隻過了四個多月，錢謙益就被清廷免職。一切的夢想也都落了空。
就有這時，隨後商毅在南京稱王，收複長江六省，和清廷呈南北對持，不僅軍力強大，而且政治開明，許多原明官員都己經依附於商毅的麾，大有新興之氣。而清廷在北方的統治因為推行的重滿抑漢的政策，並不很得人心。由於這時錢謙益在北京閑居，反到能夠接近底層社會，對民間的心態也有相當的了解，但這時他己心灰意冷，但也沒有反正南歸的念頭，隻想安安穩穩的了渡殘生算了。
不過錢謙益的愛妾柳如是卻總是力勸錢謙益反正南歸，雖然錢謙益也有所心動，但他也知道自己當年降清之舉有虧大節，不知道南方對自己的態度如何，也確實不敢輕易南歸。
而這時錢謙益是以無官之身在北京閑居，但北京是滿族和遼東漢的天下，而錢謙益的親友、弟子多在南方，並無權勢，也常受滿八旗的欺負，清順治五年（1648年）四月，錢謙益因黃毓祺案被株連，羈囚入獄，後來經柳如是全力奔走營救，請托斡旋，積蓄幾乎消耗一空，錢謙益才得以免禍。而在出獄後，錢謙益清廷被管製在河南汝寧府，而這時錢謙益對清廷己經十分不滿了，終於在暗中遣心腹家人偷回南方，尋找昔曰親人，詢問南京政府是否能夠接納自己，或者幫助自己周旋一下。
錢謙益的家人偷入南京之後，到是找到黃宗羲、方以智、陳慧貞、冒避疆等錢謙益的昔日舊友，他們到是對錢謙益反正南歸非常歡迎，不過黃宗羲雖然表示，如果錢謙益真想南歸，自己到是可以代為周旋。但自己這些東林複社舊人在南京並不得勢，恐怕難有大作用，因此建議錢謙益可以學方以智、陳慧貞、冒避疆這些人，走後宮路線。當然方以智、陳慧貞、冒避疆等人就是通過董小婉和陳圓圓聯糸，取得了商毅的同意之後，才投奔到南京。而柳如是當年也和董小婉、陳圓圓交好，不如讓她出麵，比自己眾人出麵要有效得多。
錢謙益得知以後，也頗為意動，他到是知道，商毅對陳圓圓也頗為寵愛，當初【杭州時報】的事務，就是由陳圓圓在總理付責的。而柳如是一直都在力勸錢謙益南歸，因此也願意潛回南方，幫錢謙益周旋。不過現在南北正是敵對，一個女人想偷偷回到南方，並不容易，隻能慢慢等待時機。
結果這一拖又是大半年的時間，其間又發生北京暴亂、北方反正舉義連續不斷，中華伏波軍摧毀大沽口清軍水師，山東戰役等等事情，清廷的統治竟呈搖搖欲墜之勢。
而錢謙益這時也大為動心，認為清廷己難久矣，自己也應該盡快南歸，正好這時錢謙益找到一個好機會，原來他認識了一個走私商人，可以帶人偷入南方境內。
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