原來雖然清廷終止了和南京的貿易來往，但北方對南方商品的需求很大，由其是八旗貴族,對南方的絲綢、瓷器、玻璃製品的需求極大，因此一直存在走私貿易，來彌補沒有正常貿易的缺陼，而且邊線的駐軍也從中有利可圖，也給走私商**開方便之門，清廷也不更多管，對此也隻能睜一眼閉一眼不管.而商毅為了方便北方的情報需入，也開避了專門的走私通道。南北的走私來往，依然非常頻繁。
於是錢謙益和柳如是商議決定，這次讓柳如是隨走私商人偷入南方。
但就在這時，商毅下達了對清宣戰的詔書，以及勸原明官員反正南歸。錢謙益得知以後，也不禁大喜，因為這就等於是得商毅的保證了，畢竟這是向全天下公開發布的詔書，錢謙益還是相信商毅會尊守信用的。於是也立刻改變主意，決定拋棄家業，和柳如是一起南返。
結果錢謙益和柳如是跟隨走私商人，由汝寧府到達光州，進入南京政府的管轄區內。錢謙益立刻找到守軍，表明了自巳的身份。而光州守軍，也立刻向南京報告了此事。
商毅接到報告之後，也頗為感慨。在另一時空裏的錢謙益是個思想和性格都比較複雜的人。甴其是在晚年的時候，完全處於進退維穀、反複無常的尷尬狀態，結果既為明朝遺民所斥責，又為清朝皇帝所憎厭。據一些史料記載，在降清之後，錢謙益確實在暗中與西南和東南海上反清複明勢力聯絡，並資助過他們抗清的經費，而且在他臨死前還呼喊著：“當初不死在乙酉日（弘光朝廷滅亡的時候），這不是太晚了嗎？”。
其實錢謙益可以說是這個時代文人的一個典型代表，在他身上，反映了明清之際一些文士人生態度的矛盾糾結。他們都自視很高，但在國難之際，卻拿不出有效的應對方法；以維護傳統道德為己任，但又不乏晚明文人縱情放誕的習氣；平素都是以清流麵貌自居，道貌岸然，但卻因為熱衷於功名，不僅助長了南明的黨爭，而且還使自已屢次陷入各種政治漩渦；雖然也知道氣節道義，但到了生死關頭，卻又沒有殺身成仁、舍生取義的勇氣，隻能留下降清失節的汙名；而在降清之後，由於不得誌，和傳統道德觀念，於是又想反正南歸，力圖重建自己的人生價值。
當然在本時空裏，錢謙益反正南歸，還是得到不少人的支持，因為不管錢謙益的人品如何，但學問淵博，甴其是在文學上的成就，在明清交際的時代，確實是首屈一指，其詩作文辭十分優美，應該說已經達到了時代的頂峰。在錢謙益表示了南歸的意向之後，黃宗羲、方以智、陳慧貞、冒避疆等人都表示歡迎，不僅是出於舊友之誼，同時也確實是可惜錢謙益的才學。
因此在得到錢謙益己經南歸的確切消息之後,也有不少人向商毅進言,勸他接納錢謙益，除了南京的一些原明官員之外，還有鄭成功也給商毅寫信，幫錢謙益說好話，因為錢謙益還曾是鄭成功的老師。
其實商毅對錢謙益反正南歸之舉，也是非常歡迎，因為這是宣戰詔書發布之後，第一個作出響應的原明官員，這個意義相當重要。而且錢謙益並不是一個普通人，在南方，乃致全國都據有相當的影響力，另外商毅建立的是一個新朝，在這一點上來說，錢謙益背明降清，現在又反清南歸，並不是不能接受的。當然商毅仍然還是那個大前捉，回到南京來，別給自已搗亂，當然這個任務還是交給陳圓圓去完成。
因此南京內閣和參政院先後發表聲明，對錢謙益南歸表示了歡迎，同時商毅也讓黃宗羲和史可法去迎接錢謙益到南京來，並且又親自在王府接見錢謙益，而陳圓圓也私下邀請柳如是入宮述舊。
當然商毅對錢謙益的降清行為並沒有回避，直接指出，降清行為將是錢謙益一生的汙點，但也表示，過去的事情雖然無法改變了，但也希望錢謙益能夠在南京代罪立功，以後多做一些於國於民有益的事情，彌補自己的過失。雖然被商毅說得又羞又愧，甚致是痛哭流涕，但錢謙益也十分感激，向商毅稱謝不已。
隨後內閣又下文，任命錢謙益為南京文史館撰修，付責整理古籍資料，並兼任師範大學教授。雖然在宣戰招書中，商毅表示對反正官員授予官職，但肯定不會是重要職位，動員清廷漢官反正，目地是瓦解清廷，而不是真得要重用這些人，其像征意義更大於實際意義，但畢竟屬於政治上有汙點的人，不可能出任要職，別說是內閣、各部，就是參政院也不會錄用，隻能出任閑職。如錢謙益這樣學問淵博的人，正好可以幹一些文化方麵的事情，政治就別在參和了。