而中華軍也迅速在馬尼拉城裏展開隊伍, 一麵追擊西班牙士兵, 一麵逐步逐步占領馬尼拉城。
這時整個馬尼拉城裏己是一遍大亂，到處都是槍聲、爆炸聲，西班牙士兵，土著兵、馬尼拉城裏的居民都像沒頭的蒼蠅一樣，在城裏四處亂跑，因為誰也沒有想到，號稱固若金湯的馬尼拉城竟然隻用了兩天的時間，就被中華軍給攻破了，確切的說，中華軍開始正式的攻城，實際隻用了一天的時間。因此誰都沒有做好逃跑撤離的準備，而現在中華軍攻入馬尼拉城之後，這才都著了慌，有些人趕忙七手八腳的收拾東西，也有人幹脆什厶都不拿，衝出了家門，尋路逃跑，結果互相推擠踐踏，還有一些人被誤殺。當然也有少數人趁火打劫，悶聲發財。
馬尼拉城的城市規模本來就不大，不一會兒查孔就帶人退到城市中心的十字路處，菲律賓總督府和奧古斯丁大教堂在這裏各占一個尖角。這時在查孔身邊聚集了兩百多名西班牙士兵，而且邦班牙部的酋長阿諾基三世也帶著一百多名護衛隊，和他們彙合在一起。
而幾經顛波之後，昏迷的大主教也終於酲來，幾個人立刻聚在一起商議，下一步該怎麼辦，阿諾基三世建議，馬尼拉城是守不住了，因此不如先退到邦班牙部去，然後再另想其他的辦法。
事到如今也沒有其他的路可走了，因此查孔和弗朗西斯科也隻好決定，先到邦班牙部去暫躲一時，然後再做打算。
就在這時，從斜刺裏忽然殺出一支中華軍，一下子將他們的隊伍給衝亂了，弗朗西斯科和阿諾基三世在一起，趕忙向另一個城方的方向逃去，而查孔卻被這支中華軍給擋住，殺不出去，被打得退進了總督府裏拒守。但這時中華軍己經基本控製住馬尼拉城，於是將總督府給團團圍住。
查孔抵擋了一會，也知道現在大勢已去，因此隻好舉手投降。而這時大主教卻在阿諾基三世的保護下，終於從馬尼拉城裏逃了出去，到邦班牙部去暫時躲避。
到下午三時左右，馬尼拉城裏的戰鬥基本結束，中華軍己經完全控製了馬尼拉城， 商毅接到消息之後，才帶領著眾人進駐馬尼拉城，這座像征著西班牙在馬尼拉的殖民統治的城市，也正式迎來了他的新主人。
這時中華軍的士兵正在清理著城市裏的屍體和血跡，搜查有沒有漏網的西班牙人，並且查封庫房，等著有人束清點。不過總督府己經率先清理出來，做為中華軍在馬尼拉的臨時指揮部，商毅和中華軍的主要將領都入住到總督裏，阿科尼亞住進了對麵的奧古斯了大教堂裏。而張庚秋等其他主要的華人成員住進總督府傍邊的基他房屋裏。因為現在馬尼拉的居民己經全部都被抓捕起來，集中關押，所有的房屋也都空置了下來。
到了晚上，戰果也統計出來，這一戰中華軍隻陣亡了一百八十七名士兵，另有二百一十三人受傷，而打死了西班牙士兵五百七十五人，待從兵三百二十七人，土著兵兩千三百四十六人，城中居民死亡六百六十九人，其中有一百三十二人是西班牙人。俘虜西班牙士兵四百三十三人，其中軍官有十二人，包括總督查孔和摩萊爾上校。待從兵二百八十二人，土著兵一千二百七十五人。城中居民二千八百五十二人，包括西班牙一千二百四十四人。另外還有傳教士五十七人。但在死亡人員和俘虜中，並沒有發現大主教弗朗西科。
另外還繳獲火槍四百餘支，火炮五門，刀槍武器等三千餘件，還有二十六匹安達盧西亞馬。糧食約有兩千餘石不過在馬尼拉城中搜找出來大量的金銀，不過種類繁多，各國的金銀幣，金錠銀錠也有，而且居然還發現數百枚中華寶幣。
將金銥全部測算成重量之後，黃金有八萬四千八百餘兩，白銀有一百一十七萬五千餘兩，另外還發現了不少貴重物品，粗略估算，大約價值中華寶幣三百萬圓左右。而其中居然有四分之一的錢財，是在奧古斯丁大教堂裏發現的，這還不算教堂裏裝飾的金銀製品，看來馬尼拉的洋和尚也屬於先富起來的那一批人。
商毅也不禁大為高興，雖然說在攻下聖地亞哥堡之後，奪到了十幾艘戰船，造船廠，都價值不菲，但這些並非真金白銀，而在搜找到這批錢財之後，這一次海外作戰，又是一次賺得盆滿缽滿的戰鬥。回去以後，對內閣也有交待了。而且西班牙人在菲律賓地區殖民八十餘年的積累財富，果然不是一個小數字啊。可惜這就是家門口的風水寶地，在另一時空裏的中國，居然拱手讓給了他人。