正好顧家有一個家仆世奴叫陸通，隨著顧炎武把地抵押給了葉方恒之後，他也隨地一起，到了葉方恒家裏，成了葉家的家仆世奴，受葉方恒的指使，出麵指證顧炎武。
這個罪名當然不小，蘇州府裏也不敢怠慢，立刻派人到顧炎武家裏搜查，而且這兩年顧炎武確實在廣西、廣東、福建一帶活動，並還做過幾天小官，回來的時候也帶了不少書信，結果蘇州府一查，把這些書信全都查了出來，而且顧炎武也確實是從廣西回來，又有家仆指證，這下人證、物證都齊了，於是馬上將顧炎武抓了起來。
顧炎武被抓之後，家人親友也都急忙想辦法營救，其實現在的司法部門真得還很守規據，到不敢胡來，但顧炎武的案子是私通南明，十分敏感，因此到也很難周旋。
就這樣顧家的親友走托人情，找到了黃宗羲那裏。現在的黃宗羲和顧炎武並沒有什麼深交，不過互相認識，也很佩服對方的學問，但他也知道顧炎武的案子可大可小，但涉及政治層麵，並不好走通，王夫之、李岩都不好出麵，除非是商毅一句話。但他自知自已和商毅乜沒有什麼交情，於是隻好拉上和商毅關係最好的吳甡，一起來請見商毅。為顧炎武說項。而這時顧炎武入獄己有一個多月了。
聽黃宗羲說完了整個事情的前因後果之後，商毅也基本弄明白是怎麼一回事。嚴格來說，蘇州府的做法並不算錯，畢竟顧炎武也確實有值得懷疑的地方，而且在這種非常時期，也不得不將懷疑麵擴大一些。爭奪天下不是請客吃飯，大家和和氣氣，而是地地道道的暴力手段，說得難聽一點，不是你死就是我活。而且自己己經算是非常克製了，而且還一直告誡安全部，不能毫無理甴的胡亂抓人、動刑，如果是在明朝的錦衣衛，估計現在監獄都不夠用了。畢竟和南明朝廷有些聯係的人確實太多了。
顧炎武的案子當然是可以當做特案來辦，但不能把顧炎武案當一個標準，因而在以後就放鬆了警惕，因此商毅首先向黃宗羲保證，自己一定會詳查顧炎武案，同時又把成立參政院的計劃告訴吳甡和黃宗羲，並請他們轉告給史可法等人，希望他們能夠考慮接受邀請。
其實顧炎武的案子並不複雜，就看性質怎麼定了，因為現在所有的證據都隻能說明顧炎武和南明之間曾經有關係，但不能說顧炎武和南明有勾結或是南明派來的奸細。畢竟現在和南明之間有一些關係的人，確實太多了，不可能全都抓起來。
在商毅給顧炎武案定性之後，其他的事情也就都可以迎刃而解了，因此整個案子的前因後雖也很快就都查清楚了，顧炎武並不是南明派來的奸細，而是由於葉方恒為了賴掉顧家抵押田產的剩餘費用，支使家仆陸通誣告顧炎武。
在半個月之後結案，顧炎武也被得以無罪釋放，但從廣西回來，並未及時通知蘇州政府備案，也有其不對之處，但己經入犾一個半月，也就不予追究；陸通以奴誣舊主，被判以入獄十年，發配流球去充做苦役；而葉方恒為了賴帳，支使家奴誣告好人，被罰入獄監押三個月，除將顧家的欠款立刻還清之外，另罰白銀三千兩。
從結果來看，陸通最冤，因為他是受葉方恒的指使幹事，也是身不由己，但按大明例律，他的罪確實最重，因為他是家仆世奴的身份。家仆世奴和佃戶差不多，也就是為了逃避稅役，而投充到大縉紳地主家下掛名為奴仆，但本身還是自由農民，也可能會有自己的田地，不過需要對主家承擔一定的義務。而且這個身份也可以在縉紳地主進行轉讓。
現在商毅還沒有製定自己的法律，因此隻能依大明例律判決，而結果也就是這樣，要覺得冤也沒辦法。
同時商毅又下令各地，毎是曾在南眀政府任職、或有來往聯絡書信等物，限期三個月，到當地政府上交備案，可以既往不咎，但如有隱藏不報，或拒不上交者，一經察出，必將嚴懲。
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