就在商毅抓住機會，在杭州大力宣傳清廷惡行的同時，清廷對啇家軍的湖北根據地，發動的第三征剿戰爭，也開始進行了。
這時啇家軍的湖北根據地的地區盡管還是隻占據著黃安、麻城、羅田這三個縣城，但實際的控製麵積，己經大大增加了，可以說現在整個黃州府除了幾個縣城和州城還在淸軍的控製之中以外, 在縣城之外的幾乎所有村莊鄉鎮的地方，幾乎全都投靠了商家軍。而且還向黃州府以外的地區進一步擴張，向西一直到達徳安府境內的白泉河邊，向東到達廬州府的天柱山一帶地區，而向北也翻過大別山，到達汝寧府的商城附近。而在黃州府境內清軍的官員隻敢躲在城裏，根本就不敢走出府州縣城一步。
盡管洪承疇到達南京之後，派貝子尚善到黃州坐鎮，為清軍下一步征剿商家軍做一些準備工作，但尚善到了黃州以後，也曾兩次派兵出擊，想控製住黃州城周邊的地區，但淸軍每一次出擊，都找不到商家軍的影子，但等他們在城外轉了一圈，轉回城中的時候，商家軍就會不知從什麼地方鑽出來，追在淸軍背後攻擊，等清軍轉過身來還擊時，卻又都跑掉。而清軍再追擊時，不是又不見蹤影，就是在某個地方伏擊淸軍。而到了後來，外出巡視的清軍也隻敢在黃州城十裏以內的範圍內活動，再遠的地方，也都不敢去了。
因此尚善吃了幾次虧之後，隻好守在黃州城裏，也不敢輕易出擊，但又派出大量探子，深入商家軍的控製區裏去打探消息，但也是十有**回不來，根據少數僥幸逃回來探子說，在商家軍的控製區內，百姓對商家軍十分擁立，而且是全民動員，一但發現行跡可疑的人，就會立刻上報鄉村的民團，然後進行抓捕察問。因此清軍的探子很難在商家軍的控製區內進行活動，也打探不出太多的消息來。
尚善這才明白，盤據在湖北地區的商家軍確實是不好對付，因此隻好把這些消息都向南京上報，同時也嚴守黃州城，等待著南京發來大軍進剿商家軍。
到了六月，南京終於要對湖北用兵了，各路人馬也都陸續進入了湖北、安徽等地區，尚善在黃州城裏也擦拳磨掌，準備戰鬥。
這一次淸軍的兵力充足，因此對啇家軍的湖北根據地進攻才采取三路出兵，由藍拜和劉良佐為西路，兵力一萬八千人，從徳安府出兵，進入黃安；由阿哈尼堪和劉澤清為東路，兵力兩萬人，從東邊的黃梅、廣濟出擊，進攻羅田縣，兩翼齊飛，以分進合圍之勢，向麻城縣靠隴。
而中路由尚善親自為主將，率領馬光輝、李思忠進逼麻城縣，兵力兩萬，為兩翼的進攻牽製商家軍的主力。由石廷柱帶領七千人馬駐守黃州，並為三路人馬的總接應。
因為按洪承疇和多鐸的想法，麻城縣是商家軍在湖北的治所之地，因此商家軍的主力一定駐守在麻城一帶。而以洪承疇對商毅用兵之道的研究，商家軍慣用分割包圍、逐個擊破的戰術，在這情況下，商家軍一定會集中兵力，隻救援其中一路，以救先擊破清軍的一路，不過一但商家軍救援東西兩路，清軍也就可以立刻找到商家軍的主力，然後集中兵力，圍殲商家軍的主力人馬，然後再深入進行清剿。
在三路的兵力都集結完畢之後，也就都各自開始向各自的目標進軍，而在沿路所過之處，田園、房屋全都燒毀，所遇百姓一率處死，不留活口，也不給任何給商家軍通風報信的機會。同時也是為了震懾黃州府以及周邊地區的百姓，投靠啇家軍的下場。
與此同時在杭州的商毅也知道了清軍對湖北戰區的進攻計劃，因為這時在浙江地區暫時沒有向清軍發動進攻的能力，因此商毅下令駐守揚州的羅遠斌，立刻向廬州府發動進攻，以配合湖北戰區的作戰。如果能夠攻下廬州，打通和湖北戰區的陸地連通當然是好，就算攻不下廬州，也能吸引一部份淸軍的兵力，減輕湖北戰區的壓力。
這時第二軍己有四個師，三個旅，總兵力約為六萬三千人左右，在滁州和和州各駐守了一個旅。再接到了商毅的命令之後，羅遠斌也從揚州出兵，派出兩個師的兵力進攻合肥，派出一個師，加上駐守和州的一個旅，進攻無為州，分別從剿湖兩岸南北兩岸出擊，攻入廬州府境內。
駐守合肥的是泰什哈，得知商家軍出兵進攻廬州之後，一麵聚集人馬守城，一麵派人向駐守鳳陽府的譚泰救朮。譚泰也不敢怠慢，趕忙調動兵力，増援廬州府。但等援軍趕到合肥之後，商家軍的南路軍己經攻下了無為州，因此清軍隻能退守到廬江駐守。