在隨後的三天時間裏，商毅也下令商家軍，向駐守在南京城裏的清軍發動了連續的進攻。
而這時清軍在南京城裏的駐守兵力隻有四萬左右，在兵力上己經不占多少優勢，但火器部隊大半都留在了南京，由其是火銃兵，還有近萬人，另外還有火炮百餘門。因為在此前的戰鬥中，商家軍一直都是保持守勢，而這一次商家軍卻主動進攻過來，因此阿濟格也覺得，這個機會也十分難得，到是可以和商家軍一戰。從前幾天的經驗來看，和商家軍的作戰，最好的辦法還是以火器來對付火器，現在自己也有足夠的火器部隊了，應該可以和商家軍展開正麵戰鬥。
在經過十幾天的反複拉距之後，南京中部城區的建築己被催毀了大半，隻剩一間間殘轅斷壁，依稀還保留著幾分城市的格局，另外還有好幾處街道的大火未滅。街道上滿是碎瓦殘礪，而且百姓的屍體也隨處可見。
這一戰商家軍出動的是李定國的第九師，兵力為一萬左右，而清軍也出動了一萬二千人，包括有五千火銃兵、和二千弓箭手。兩方的兵力大致相當，但因為是在城市中作戰，中重型火炮難以定位瞄準，不過在九師的炮兵團中，有兩個炮兵營無法參戰，因此實際的兵力隻有八千五百人，比清軍要少一些。
在李定國下令進攻之後，八師的兩個步兵團立刻分散成以營為單位，向前突進，而每個營又是以二個連為一組，一個連突前，一個連稍後掩護，並伺機使用小型火炮支援，這樣一共分為十六個小隊，展開麵幾乎覆蓋了整個中部城區。雖然這時城區基本都被催毀，但在廢墟中仍然可以找到許多掩體，因此各營在突進的過程中，各自尋找掩體掩護自己，然後依次前進。
商毅在鼓樓上看得十分清楚，清軍是以火銃兵、弓箭兵和其他士兵合作成縱隊，從街道上向前推進。不過現在清軍的主導思想依然還是逼近商家軍之後，進行近身的作戰，火銃兵和弓箭手隻是為其他士兵提供火力掩護，最終還是依靠近戰來結束戰鬥，因此並沒有像商家軍那樣依賴於掩護。但還是將兵力分散展開，向商家軍這邊逼近過來。
不過經過十幾天的城市戰之後，清軍也積累了不少巷戰的經驗，知道在城市中作戰，不能將兵力紮推，而是要盡力將兵力展開，才能發揮自己在兵力上的優勢，另外厚重的盔甲也影響了士兵們的靈活性，因此清軍的弓箭手和火銃兵也都換上了輕便的皮甲，隻有長槍兵還穿著厚甲，以便在接身作戰的時候取得優勢。至少和十幾天以前相比，清軍的巷戰水平確實有了不小的進步。
這時在戰場上，有些街道上的雙方士兵己經進入了射程，在掩體後麵己經做好了準備的商家軍士兵立刻向清軍開槍射擊，一陣槍聲響起之後，受到打擊的清軍也紛紛尋找掩體後麵躲避，而火銃兵和弓箭手也都開始還擊，重甲步兵也馬上退後，把陣地交給火銃兵和弓箭兵。這時商家軍押後的隊伍也速度趕了上來，利用殘牆的掩護，加入了戰局中。
雙方你來我往，用火槍弓箭互相對射，槍聲也響個不停，確實有幾分近代戰爭的味道了。
但很快清軍就發現，這樣互相對射，對自巳非常不利，因為商家軍是人手一支槍，可以全部投入戰鬥，而清軍有相當一部份兵力不能參與這種對射中，再加上商家軍全是使用的火帽撞擊發射的燧發槍，在射程上比清軍使用的火繩槍要略遠，但射擊速度卻要快了近一倍，而清軍的弓箭射速到是很快，精度也很高，但在射程上卻要短了近一半，因此雙方剛一接觸，清軍就明顯處於下風。
不過因為現在雙方是互相對攻，因此商家軍的火力並不強，而且在經過了最初的打擊之後，清兵也都巳經隱藏好了自已的身形，雖然對商家軍造不成什麼危脅，但清軍的損失也並不大。
但這時清軍的重甲步兵雖然退出了商家軍的一般步槍的射擊距離，但卻仍在線蹚槍的射程之內，每一隊商家軍都有十名狙擊步兵壓陣，這時雖然清軍的火銃兵和弓箭手都找到了掩體躲藏，但最後的重甲步兵卻馬上成為狙擊步兵的獵殺目標。
而且因為重甲步兵的陣形密集，幾乎根本就不需要怎麼樣瞄準，一槍一個。同時有的狙擊步兵還找到致高點，居高臨下的射擊，這樣一來有些躲在掩體後麵的清兵，也在狙擊手的打擊範圍以內。雖然每一隊商家軍所帶的狙擊步兵都不多，但時間長了, 對清軍的打擊還是不小。因為這種隻能挨打，而不能還手的局麵，是非常打擊清軍的士氣。