幸好是宋獻策多了一個心眼，一見勢不妙，趕忙就逃了。他到底是跟了李自成征戰多年，腿腳十分利索，因此文士們到底沒有追上他，結果宋獻策連南京城都沒有進，就逃回到了武昌，並且把這次的經過又添油加醋的對李自成說了一遍。
於是李自成也趕忙招集自已手下的文官武將商議對策，大順軍和南明本來就缺少信任的基礎，當時聯手實在是因為當時的形勢所迫，因此聽了宋獻策的話之後，大順軍上下都沒有懷疑，基本都認為南明是要對大順軍下手了。盡管後來史可法得到了信息，派人來安撫李自成，但也沒人肯相信南明了。
現在大順軍如果繼續留在武昌，就會陷入明清兩軍的夾擊中，因此必須離開，但武昌的北方、西方都是清軍，顯然是走不通的，而東方就是南明，雖然現在駐守南京以西的是劉良佐和黃得功，大順軍打他們到不成問題，但這兩人一但不敵自己，南明一定會調商毅出戰，在大順軍看來，商毅和南明當然也是一起的，東方顯然也不能去了。那麼大順軍唯一的選擇就是放棄武昌，渡過長江向湖廣南部逃竄，必要的時候還可以逃入廣西境內。
決定好了撤離的路線之後，李自成也馬上行動起來。在從關中逃入湖廣境內的時候，大順軍的總兵力超過了二十萬，在守衛武昌的時候，大順軍到是和清軍連拚了數場，損失不小，但現在依然還有約十五萬左右的人馬，加上士兵的家屬，共計超過三十萬的人員。想到一下孑就撤走，也不容易。
但好在是雖然和南明聯手，但李自成一直都不放心，隨時都有撤退的打算，車馬船等工具都準備好了不少，同時也悄悄的派出一支人馬，駐守在江南的紙坊鎮，以被不測之用。因此動作也很快，首先命令士兵的家屬、輜重分為兩路，一路從武昌渡江，在紙坊鎮駐紮；另一路在黃州渡江，在大冶駐紮，兩路人馬都到鹹寧聚集，然後南下。
同時李自成又命大將田見秀率三萬大軍，渡江之後分兵駐守金口鎮和嘉漁，保護過江人馬的側翼，而另一員大將劉宗敏，領軍三萬攻取九江，擋住南明的人馬。
本來史可法布置的防守計劃十分周密，對大順軍的南下、東進都有預備。但南京這一開始鬥爭，就什麼也忘了，結果從武昌直到安慶一帶的長江兩岸的守備十分空虛，而且武昌和黃州本就是李自成的防區，因此在十一月二十日，大順軍首先從武昌過江，十一月二十三曰，大順軍從黃州開始渡江，開始向南轉移。而在十八日劉宗敏率領人馬十分輕鬆的就攻取了九江，
到了十一月二十四日，大順軍開始南移，劉宗敏攻取九江的消息也傳到了南京，立刻滿朝引起了滿朝的震驚。因為誰也沒有想到，南京朝廷還沒有議論出來，到底對李自成釆用怎樣的態度，而李自成就己經先發製人，率先采取了行動。
不過這一下暫時處於下風的倒順派終於找到了足夠的翻盤理由，李自成這不是主動進攻九江了嗎？說明他根本就靠不住，自己以前的主張當然也就是正確的。因此一連三天，反對派的大臣們都在朝堂上抓住這個理由不放，拚命展開攻擊。同時也有不少官員都改變了立場，改為支持反對派。在朝廷程麵上，卻是立刻呈現出了一邊倒的局麵。
局勢發展到這一步，史可法和吳甡也都是有口難辯了，因為兩人一直都是持與李自成聯合的觀點，但現在李自成主要撕破了雙方的聯合，攻占了九江，那麼這個責任當然是應該由他們來付。
盡管兩人心裏不服氣，因為分明就是反對派逼反的李自成，但到頭來這責任卻是自已的，未免也太不公平了吧。但官場的規矩就是這樣，不公平也沒有辦法。盡管在民間還是以支持他們的人據多，但明朝從來就不是以民間的支持來決定朝政的。
而且就在這時，內閣的另外兩名始終保持中立的成員錢謙益也終於表明了自己的態度，加入到倒順派中去了。錢謙益是現在的東林黨領袖之一，可是份量十足的人物，他的轉向，也帶動了一大批官員轉向，史可法和吳甡也知道大勢已去，不可挽回，於是雙雙都提出了辭呈。
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