商毅接到南京的這一係列決議之後 ，也隻能苦笑。他當然淸楚，雖然這些決議表麵上是馬士英做出的，但在背後恐怕都有玄皇教指使的影子。
玄皇教當然不會怕史可法回京入閣，但對商毅卻充滿了警惕，商毅手裏不僅有兵，有地盤，又極能用兵，還有很強的施政能力，由其是在商毅取得了守衛淮河防線的勝利之後，聲望幾乎己經達到頂峰，整個南方的有識之士幾乎都視商毅為抵抗清軍南侵的唯一希望了。
現在淸軍的進攻受挫，對南方的危脅也大大減少，因此在玄皇教眼裏，商毅己經取代了清軍，成為玄皇教眼中的最大的危脅。說句難聽的話，如果商毅也學左良玉那樣舉兵，從浙江殺入南京，恐怕要不了十天時間。
因此玄皇教主也招集教內的幾名長老商議決定，借這個機會，把黃得功和劉良佐這兩部人馬留在南京附近，一方麵找機會慢慢吞並這兩部人馬，把他們收為自己的私軍，另一方麵也讓商毅去和清軍硬拚，好坐山觀虎鬥。讓他們拚個兩敗俱傷之後，再坐收漁人之利。
不過玄皇教還是釆納了商毅的另一個建議，招降李自成的大順軍，讓李自成的大軍駐守湖北，幫助南京朝廷，守住長江中遊。當然玄皇教也知道，招降李自成當然是一件冒天下大不違的事情，因此也按照商毅的建議，這些事情都是以馬士英的名議去做，讓老馬去承擔這個罵名，在必要的時候，還可以把馬士英給犧牲掉，反正在玄皇教看來，現在馬士英的作用也隻是一枚棋子。
雖然商毅這次被玄皇教擺了一道，但現在也沒有別的應對辦法，好在他一直都沒有對明軍抱以多大的指望，而且也從來都沒有在鳳陽死守淮河一線的打算，在取得了第一階段的勝利之後，也更堅定了他的這種想法，就算黃得功和劉良佐返回了江北。如果清軍真的再出動大軍進攻，商毅還是會適當放棄鳳陽，退守到揚州一線，利用江淮這一帶廣闊的地區，並不拘泥於一城一地的得失，而是在局部戰場集中優勢兵力，以運動戰殲滅清軍的有生力量，慢慢的和清軍周旋。隻不好現在給自己實施這些戰術，減少了一些接應點，增加了一些困難。
因此商毅還是下令李岩，讓他派弟弟李牟先到南京，接受南京朝廷的委任，領取詔書，然後趕到湖廣，去尋找李自成。
這時李自成的處境己經相當難過。在清軍攻占了西北之後，大順軍分東西兩路向湖廣撤退，東路軍是由李自成、劉宗敏、田見秀等大順軍的主要將領率領，為大順軍南下的主力人馬，士兵連同家屬共計有三十餘萬，而且又攜帶了大量的財物輜重，因此行動十分緩慢，又遭到阿濟格的窮追猛打，在鄧州、承天、德安等地均遭到清軍的追擊，雙方連續接戰數次，大順軍均告失利。不過李自成到是且戰且退，終於在弘光元年（1645年）三月下旬，到達了襄陽府。
而西路的大順軍就遇到了一些麻煩，這一路的主將是李過和高一功，他們原本是駐守延安、榆林的人馬，李自成棄守西安之後，原來大順軍在西北地區的原明朝歸附將領左瓖、牛成虎等都先後向清朝投降，清軍己經切斷了他們與李自成直接彙合南下的路線，因此李過和高一功隻好改由陝西漢中入蜀，順長江東下湖北，在和李自軍合兵。
但迭時鎮守漢中地區的大順軍賀珍、羅岱、黨孟安、郭登先四將卻已變節降清，以武力阻擊李過、高一功等部大順軍過境。經過一翻激烈的戰鬥之後，李過、高一功等部才衝破了賀珍等人的防區，由漢中南下四川太平、東鄉、達州、夔州等處，然後順江東下，而抵達湖廣荊州地區的時間，己是下半年的事了。
因此現在到達湖廣的，隻有大順軍的東路軍。不過雖然在一路上遭遇到了清軍的猛烈追擊，但這時李自戍還有從西安、河南帶來的大順軍還有十三萬餘人馬，而原先在部署湖廣地區襄陽、承天、德安、荊州四府的兵員還有七萬餘眾，也被李自成調集隨營，合計約有近二十萬。另外大順軍的主要人員劉宗敏、田見秀、劉芳亮、牛金星、宋獻策等人都還在，而且大順軍在湖廣四府經營了近兩年，統治基礎也比較穩固，可以說大順軍仍有當然強大的力量。
不過湖廣四府的地域狹小，回旋餘地不大，而且在背後還有明軍，不能做為抵抗清軍的基礎，因此李自成和眾將商議，決定搶在清軍南下之前，先奪取南京為根本，然後再抵抗清軍。並派田見秀為先鋒，從沔陽州的沙湖一帶渡過長江，並在荊河口擊敗左良玉部將馬進忠、王允成部，攻占了武昌府，而這一戰也是導致左良玉出兵東犯的直接原因。