抓住了李華梅等一夥海盜之後，船隊就再也沒有遇上什麼別的事故，一路順風的回到了杭州。這時己是南明的弘光元年（1645年）征月初九了，新年己經過去，不過元宵節尚還未到，因此杭州城裏仍然十分熱鬧。
這次依然還是葉瑤瑱和周世奇帶隊，到碼頭去迎接商毅的一行。見商毅的臉頰上受傷，眾人也都不禁大吃一驚，趕忙紛紛上來問候。商毅也隻簡單的說是一點小傷，無關緊要，就帶過去了。
在碼頭登岸之後，商毅解散了軍隊，將所抓的海盜暫時收監看押，而李華梅交給亞莉桑徳拉看管。不過在那一天挨了商毅的一頓暴打之後，李華梅的態度也明顯老實多了，因此商毅也覺得，這一頓屁股打得確實還是有效果的。而隨船來的移民，商毅也讓他們都下船上岸，打算讓他們在杭州把元宵節過了，再送他們去台灣定居。並且命人給他們安排住宿和飲食。
杭州的官員們現在都有豐富的安置難民的經驗，隨著清軍的南侵，有大量北方的百姓都舉家南逃避難，因此也有大量的難民逃到浙江來避難，基本都得到了很妥善的安置，接納這區區六千多人，並不在話下。
把這些事情都處理完之後，商毅這才和葉瑤瑱一起，返回自己的巡撫衙門府邸。
這時商毅的其他妻妾，包括還沒有正式過門的朱媺娖，都己經在家裏等著他的歸來。商毅和葉瑤瑱一起走進家門的時候，眾人都情不自禁的湧了出來。
但如陳圓圓、朱媺娖多少都還有些矜持，離著商毅還有幾步，就停了下來。隻有林鳳舞自幼受了不少西式觀念，而且平素一向開朗大方，因此也毫不扭捏的衝到商毅的麵前，喊著：“相公，你回來了。”然後一頭撲到商毅張開的手臂裏。商毅也一把將她抱了起來，連轉了好幾個圈，未了還在她額頭上親了一下。才把她放下來。也看得陳圓圓和朱媺娖又羨又悔，剛才自己為什麼不搶先一步呢？不然現在被商毅抱在懷裏的，就是自己了。
不過商毅把林鳳舞放下之後，陳圓圓立刻毫不猶豫的也撲入商毅懷裏，幹是商毅也把她抱起來，連轉了好幾個圈，然後笑道：“喜歡這個樣孑嗎？”
陳圓圓也覺得心裏充滿甜蜜，道：“妾身喜歡。”
隨後啇毅又來到了朱媺娖麵前，道：“媺娖，我回來了。你還好嗎？”
現在朱媺娖一直住在商毅的府裏，上上下下也都己經把她視為商毅的妻室，但兩人還沒有正式完婚，而且朱媺娖多少也還有保持一點公主的矝持，因此雖然也跑了出來，但在很遠就停住，遠沒有林鳳舞和陳圓圓那麼熱情主動，但商毅在擁抱完了林鳳舞和陳圓圓之後來到自己的麵前，朱媺娖也終於控製不住自己的感情，也一頭撲入商毅懷裏，道：“夫君，我也好想念你。”
商毅同樣把她抱起來轉了幾圈，然後又在她的香腮上連親了兩下，雖然朱媺娖羞不可己，但心裏卻也是真的十分歡喜。
對所有人都表示了一番自己的思念之情以後，眾人才都一起進屋落坐，這時眾妻妾們才發現商毅臉上的傷口，頓時都驚叫了起來，紛紛來到商毅麵前探望鶯聲燕語，也讓商毅大昏其頭，這才覺得原來豔福也不是那麼好享的。而這一整天，商毅也在溫柔鄉裏渡過。
第二天商毅立刻招集各官員，查問這一段時間裏浙江的行政工作進展情況。
其實商毅經常這樣出外征戰，官員們早就習慣了，有葉瑤瑱和周世奇在杭州坐鎮，也不會出什麼亂子。而且各項工作也都在按步就班的進行。兩個重頭：淸查土地差不多完成了一半，而清查出來的田產就己經超過了未查之前浙江全省的田產總量，因此也可見明末土地兼並和隱藏實產的現像是多麼嚴重。而另一方麵，商業稅和海關征收的細側也都製定出來，隻能商毅確定之後，就可以正式施行了。
雖然這些工作在進行，甴其是清查土地的過程中，也受到了一些阻力和地方豪強勢力的反對，但在嚴懲了幾個帶頭抗拒的大戶之後，其他的豪強勢力也終於明白，他們根本就無力和商家軍相抗衡，有些選擇著了惹不起，躲得起的辦法，舉家離開了浙江，但大多數豪強都走不了，也隻好老老實實的認服。
在另一方麵，因為今年免除了浙江大部份地區的土地稅收，而且就是仍然收稅的地方，也免除了加耗，加征、攤派等陋習，同時官府購買糧會也都是親自到村裏去收購，也沒有什麼堆尖踢斛、火耗加收等費用，因此大大減輕了真正種田的農民，也使他們減少了對豪強大戶的人身依附，從而也間接削弱了豪強大戶的勢力。再加上商家軍又大力宣傳，也使農民對商家軍非常感激，也在浙江打下了堅實的群眾基礎。