不過滿清的山東巡撫方大猷到是比王鼇永機靈得多，在準備守濟南的同時，也做好了逃跑的準備，他不僅派出心腹家人，在濟南城的四門關注守城的情況，隨時向自己報告戰事的進展，同時也早己命人備下了十幾匹快馬，還有短身緊衣，幹糧水壺，以便隨時都可以跑路。
因此商家軍攻開城門的消息也在第一時間傳到了知府衙門，方大猷二話不說，立刻換上了緊襯衣服，帶著十幾名心腹家人出府上馬，棄城而逃，速度之快，令搏爾特也望塵莫及。等童大勇帶領著人馬殺到府衙的時候，這裏早己是人去屋空了。
方大猷逃出了濟南之後，一刻也不敢停留，一路上打馬狂奔，一口氣跑出了一百餘裏，一直跑到了德州，才算收住了腳，趕忙又寫了一份告急文書送到北京，同時又命人去打探商家軍的動靜，準備著如果商家軍繼續追擊過來，就再向倉州跑路。
其實童大勇這次隻帶來了三千多人馬，攻下濟南就是十分免強了，根本無力再追擊方大猷，而且商家軍的目地也不是要占領濟南府，隻是打一場振奮人心的勝仗，這個戰略目地顯然是己經達到了，因此童大勇也不打算追擊，隻是在濟南城中曉諭城中的百姓，清軍還會再打過來，自己的防區並不在濟南，也不可能在濟南久留，如果不想被清軍所掠，最好是遷到登萊地區去定居。
因為商家軍在濟南的名聲很好，因此有不少百姓都願意到商家軍的管轄區裏去安居，於是都紛紛遷移。當然也有少數人不願離開家園，商家軍也不做強求。
而在另一方麵，啇家軍撫平青萊地方的工作也進行的十分順利，付責平定萊州叛亂的第二師第二團，團長叫滕胤玉，他本來是青州的一個百戶，在二年前清軍入關奔襲時加入的商家軍，因為表現出色，現在己經晉升為團長，並也掛了遊擊將軍銜。
這一次萊州的叛亂主要發生在南部的膠州灣沿岸一帶，其中又己靈山衛的情況最為嚴重，聚眾鬧事的張大雅、張千出等人本是靈山衛的軍戶，頗有勇力，平時也聚集了一幫兄弟，趁著現在天下大亂，扯旗舉事，不僅攻占了靈山衛，而且聯合膠州地區的韓繼本，單之賞等人，進攻膠州。
滕胤玉得知了這些情況之後，立刻作出決定，派出一個營的兵力，去駐守膠州，自己則帶著剩下的三個營，直撲靈山衛。
這時張大雅、張千出等人正在攻打膠州，忽然得知靈山衛告急，張大雅和張千出那裏還顧得上攻打膠州，急忙回兵救援靈山衛。而二張的人馬一撒，隻剩下韓繼本和單之賞也是孤掌難鳴，又知道商家軍派兵來增援膠州，因此隻好也撤軍回鄉裏，膠州之圍遂解。
而還沒等張大雅、張千出回兵趕到靈山衛，滕胤玉就己經趁著這時靈山衛空虛，一舉攻下了靈山衛城。並且又在從膠州到靈山衛的必由之路埋伏，伏擊張大雅、張千出的人馬，並且在伏擊戰中擊斃二張。
這一戰既解了膠州之圍，又收象了靈山衛，同時斬殺了張大雅和張千出，頓時也震懾住了萊州府的其他鬧事人等，商家軍在這一帶本來就有威名，現在眾人也知道這威名決不是誇大其辭，因此也都紛紛向滕胤玉請降，不幾天的功夫，膠州的韓繼本，單之賞、即墨的黃宗賢、周六、丘尚佐、王爾璽，平度的翟五和尚、張廣等人都率眾投降商家軍，有人表示願意接受商家軍的改編，也有人打算回鄉務。
而在青州，還不等商家軍出兵，就有不少叛亂人員都主動投降，到了六月底的時候，青州府、萊州府二地的叛亂，也就基本被平息了下來。
周少桓一麵對投降的叛軍也按照商家軍的標準，進行考核訓練；一麵安撫地方百姓，安置近移的居民；同時還要積極準備，迎戰清軍的進攻，也是忙得昏頭轉向，這才知道一方大員可不是那麼好當的。因此在給商毅的彙報公文中，也請商毅盡快派遣一些文職官員來，幫自己處理政務。
商毅在杭州接到了周少桓的告捷之後，也十分高興，一麵派人對周少桓等人嘉獎，並表示自己會盡快派來文職官員幫他；一麵也將捷報傳到南京。
這個時候的杭州，可以說是喜事不斷，連續舉行了幾場婚禮，不過商毅和林鳳舞雖然訂了婚，但到是還沒有急於完婚，成親是商家軍的另外三員大將，第一師長成進、海軍指揮使成鋼、騎兵旅旅長楊武丞三人。其中成進和成鋼兄弟娶的是一對姐妹，就是當初田國丈田弘遇送給商毅的一對雙胞待女，田珍和田珠，而楊武丞娶的是原山東布政司孟宏恭的女兒。