因此商毅來到這個時代，一直都對東林黨敬而遠之，現在他既不想參與南京的內鬥，也不想和東林黨拉上關糸。之所以選擇和吳甡合作，是因為吳甡是這個時候的東林黨中少有的頭腦清醒，並知道處事變通的人，而且商毅還再三聲明，自己是和吳甡個人合作，但與整個東林黨都無關。
當然現在東林黨也沒空來理商毅，他們的注意力都放在朱由崧登基這一大事上，當然真正關心的，其實還是自各在新朝廷中的地位和勢力。因為朱由崧登基以成定局，那麼就盡可能多的在朝廷中，由其是在內閣中安插人手，執掌朝政，也不失為是一個補救的辦法。但馬士英自然也不會放棄自己的權利，雖然他是擁立朱由崧繼位的首席功臣，但如果不能入閣理事，那麼一切就都成了浮雲。
明朝的內閣製度首創於永樂年間，正式形成於宣德年間，一直到在正德年間，才逐漸成熟完善，因此盡管在後來明朝出現了兩個二十多年不上朝理事的皇帝，但依然沒有大亂，內閣是起了相當大的作用。內閣的人選，一直沒有定數，最多的時候有七人，最少隻有一個，但在正徳之後的大多數時間裏，一般都保持在四到五人之間，而圍繞著新朝的內閣成員的人選，又展開了新一輪激烈的爭吵。
而這一次出風頭的，是上一次擁立朱由崧為帝時，被給事中李沾之搶了先的誠意伯劉孔昭。在史可法宣布推薦內閣戍員之後，劉孔昭首先出列，居然推薦自己入閣。這一下頓時上下大嘩，史可法也被弄哭笑不得，隻好道：“勳臣入閣辦事，本朝尚無先例。”
劉孔昭馬上接了一句：“即我不可，馬瑤草（馬士英字瑤草）有何不可？” 其實劉孔昭也知道，自己是肯定入不了內閣，自薦不過是個幌子，重點是推薦馬士英入閣，這樣一來，自己在馬士英心裏的地位，也就大不一樣了。
眾人見他推出了馬士英，一來是懼怕馬士英的勢力，二來也怕劉孔昭再發驃，因此也隻好默認了下來。隨後東林黨趕忙出動，推出了史可法、吳牲、薑日廣、王鐸四名人選，五名內閣成員就這樣定了下來。
就在崇禎五月十五日，朱由崧在武英殿正式繼位，改元弘光，明年既為弘光元年。
任命史可法為東閣大學士、禮部尚書、內閣首輔，並加太子太保；馬士英為東閣大學士、兵部尚書兼鳳陽總督，右都禦史、內閣次輔；吳甡為戶部尚書、左都禦史、東閣大學士；詹事府詹事薑曰廣為禮部左侍郎，與原南京禮部尚書王鐸也同兼東閣大學士，三人也都入閣理事。
同時又以張慎言為吏部尚書，劉宗周為都察院左都禦史，高弘圖戶部左侍郎，升呂大器吏部左侍郎，李沾太常少卿，郭維經應天府丞，起徐石麟都察院左都禦史，張國維兵部尚書協理戎政，黃道周、何楷、張有譽、王心一、何應瑞、高倬、解學龍、賀世壽、黃宗羲等人，也都得到了啟用。
在內廷方麵，王徳化雖然沒有像另一時空一樣投降清朝，但在弘光朝中，靠著商毅也有捧回遺詔玉璽之功，仍然出任司禮監掌印太監，還是實現了在這個位置上的帽子戲法。當然他也許還有機會來一次連下四城。內廷的另一個重要位置，司禮監秉筆太監，則甴在朱甴崧登基中立下大功的太監盧九徳出任，同時他還付責掌管錦衣衛。沈揚、劉知用、趙從夫等錦衣衛人員，也都各複原職，每個人還都加封了虛銜。
而另一位重要的內廷人員，南京的鎮守太監韓讚周，則因為沒有位置，而被擠出了南京，接替鄭敬高，出任江蘇織造太監。
總體來看，東林黨和馬黨基本都達到了自己的目標，東林黨不僅搶到了最有價值的內閣首輔位置，而且在五名內閣成員占了三席，同時朝中近半重要的官職也都被東林黨占據，可以算是弘光朝廷的第一大勢力。
但馬士英盡管沒有取得內閣首輔的位置，但也如願以償的進入內閣，而且還是內閣次輔，也為以後奪權，打下了一個好的基礎。
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