與高傑的比試過後，馬士英也罷，東林黨也罷，還有眾武將也罷，都親眼見過了商家軍強大的戰鬥力，因此對商毅的態度也大為改變，而高傑的氣焰也收斂了許多，其他三將見了商毅,也更為恭敬。
雖然有一部份東林黨人，己經開始認真的思考吳甡的建議，可以借助商毅的力量來牽製馬士英，甚致在考慮接納商毅加入東林黨一糸，如史可法就是持這種觀點。但還是有一些東林黨的死硬派對商毅的態度仍然沒有改變，認為商毅隻不過是武將，而且在本質上與江淮四將沒什麼區別，不能予以重托，更是沒資格加入東林黨，錢謙益就是這一派的表表。不過現在在東林黨內部，三位大佬中有兩位支持聯合商毅的觀點，因此暫時壓倒了錢謙益這一方。
不過從表麵上看起來，商毅還是屬於東林黨陣營的人，因此馬士英也意識到，商毅才是自己最大的威脅，不過馬士英現在的當務之急是朱由崧的登基大典，正忙著定製服飾、修台、演禮、儀式等等的工作，暫時也沒空處理商毅的事情。
商毅當然不會理這些事情，事實上他對加入東林黨根本一點興趣都沒有。盡管東林黨在某些方麵，有一定的進步意義，但在的本質，東林黨其實還一個自視清高，不知變通的舊式儒家團體，他們自視清高，喜好清談，又以道德自居，而處世的標準就是道徳至上，不僅標榜自己的道徳人品，同時也用這套標準去待人接物，乃致政治操作，對凡是不符合自己道徳標準的人，就決不放過，全然不懂水至清則無魚的道理，更不知道，在政治領域中，變通的重要性，結果把許多本可以收伏團結的力量，推向了對手的那一邊去。
而且在東林黨成立的早期，盡管行事還有些迂腐，固持，但總體來說，絕大部份成員，都還能夠堅守著為人處世的道徳操守，還堅守著為國為公的信仰，因此才有在萬曆年間的立儲之爭，天啟登基時的逼後移宮，還有後來被魏忠賢所殺的“六君孑”。
自從崇禎登基，魏忠賢敗亡，東林黨恢複名謄之後，狀況就發生了極大的變化，東林黨內部也同樣魚目渾珠，夾雜了大量投機份子，真正能夠堅守道德的，隻有極少數，而在政治上，東林黨同樣也在為了爭權奪利、黨同伐異而不擇手段，至於顛倒黑白，無中生有，甚致是不顧國家利益的事情，也不在少數。
但另一方麵，東林黨的政治操作手段確實是有些令人不敢恭維，不僅遠遠達不到當年嚴嵩、徐階，高拱、張居正的大鬥法的那個層次，就連同時代的魏忠賢、溫體仁、周延儒之流都比不上。什麼曉之以理、動之以利都不管，唯一的本事就是拚命的上疏，彈劾，完全寄希望於皇帝的覺醒和態度上，純粹就是撞大運，賭皇帝的心理好壞。
這一點在與魏忠賢的鬥爭中，表現的淋漓盡致，當時的東林黨人全然不顧天啟皇帝其實隻是一個熱衷於木工活的懵懂青年，實際早己經成為了魏忠賢的傀儡，還在一味的上疏、彈亥魏忠賢，至於自己的奏疏到不到得了皇帝的手裏，而從皇宮中傳出的聖旨，是代表皇帝還是代表魏忠賢的意思，那就全不管了。
而更富有譏刺意味的是，這位寵幸魏忠賢，並任甴魏忠賢對東林黨大開殺戒的天啟皇帝，卻是東林黨當初費盡心機，才被推上皇位的。當時的東林黨人恐怕沒有想到，被自己擁立上位的，卻是自己的掘墓人吧。
因此到了後世也有“明雖亡於內待，但實亡於東林”的說法，不過商毅到認為這一說法不太靠譜，到不是說屈枉了東林黨，而是實在高估了東林黨的能量。別看東林黨在明末的幾十年裏鬧得風聲水響，也出過不少大臣，仿佛一直左右著政局，但真正由東林黨執掌朝政的時間，其實隻有五六年，而且還被分裂成三四段時間。
在另一時空裏，有很長一段時間裏，都把南明的南京朝廷滅亡的責任推到馬士英身上，認為是馬士英當權，排擠了東林黨，才導致南京朝廷隻堅守了短短一年的時間，但實際上，東林黨才要對南京朝廷的短命付主要責任。因此要說南明的南京朝廷是被東林黨整跨的，到是更正確一些。
東林黨從一開始擁立新君的時候，因為自己的私心和短視，犯下了嚴重的錯誤，才讓馬士英和江淮四將取得了擁立之功。而東林黨又不甘心承認失敗，從南京朝廷成立之後，不僅沒有提出多少有益的建議，做多少有用的工住。反而是處處和馬士英針鋒相對，凡事馬士英提出的主張，就堅決反對，凡事馬士英支持的，就一概否認，而無論是好是壞，是對是錯，完全就是為反對而反對，結果南京朝本來就有限的力量，也全部在耗在這種無益的內鬥上了。