在一番恩威並施下來之後，果然起到了相當大的效果。雖然人們對商家軍的說法還半信半疑，但致少都明白，反抗商家軍是死路一條，而且從商毅所說的情況來看，如果真的能夠照這樣做，還是不錯的。不過相比之下，華人對商家軍的信任度要更強一些。
散會之後，商毅又留下眾人住了一夜，並招待了他們一番，並給毎位頭人一些禮物，正所謂打一巴掌還要給個甜棗吃，因此眾頭人們對商家軍的好感也增加了一些，都覺得商毅也許說的是真的。
第二天各村社的頭人都離開了雞籠。而商毅將所有的華人代表都留了下來，另有安排。因為商毅知道，在這個時代，在台灣土著眼裏，中國人、歐州人都是外來人，誰對自己好就聽誰的，不能完全相信。這並非是商毅不信任士著，因為在另一時空裏，荷蘭人獨占了台灣之後，就全力挑拔土著與華人之間的關糸，結果引發了不少華人與土著的內鬥。相比之下，華人的可靠性，要比土著人大得多。因此要在台灣立足，就先要把他們抓住。
商毅首先向眾人保證，隻要服從商家軍的統治，就會保護他們在台灣的土地、財產安全。因為以後還會有移民到來，因此求他們回去以後，劃定各自村子的範圍，提交戶籍和土地麵積。並承認土地為各戶家庭所有，五年以內，免除任何稅收。同時毎個村自己修建村寨，組織團練自保，實現村村聯防，並由商家軍派人教導他們訓練，如果商家軍從各村抽調團?S丁做戰，將會支付報酬。
眾人聽了，也都認為商毅說的這些條件都不錯，其實毎個村子都有結團自保的想法，隻是無人組織，又怕惹怒了西班牙人，引來報複。現在有商家軍來領頭，自然都原意。
隨後商毅又宣布，將西班牙人命名帶有殖民色彩的名字全都取消，都改成後世所用的名字，雞籠也正式改名為基隆，聖地亞哥城為三貉角縣、至薩爾瓦多城改為社寮島、聖多明哥城改為淡水縣、噶瑪蘭改為宜蘭。並且開始建立商家軍在這裏的初步統治基礎。
同時商毅又派遣阿科尼亞，帶十人乘船南下，和占領台南的荷蘭人接觸，宣告西班牙人以經被大明軍隊驅逐出了台灣，要求荷蘭的台灣大員官員派人到基隆來,協商雙方在台灣共處的利益。
其實在這個時候，荷蘭人在台灣的駐軍也不多，絕不超過六百人。就是在整個亞州，荷蘭的駐軍也隻有三千多人。因為現在荷蘭正忙於歐州的戰爭，想要大量增軍亞州，還要等到三十年戰爭結束之後。
但在占領了台灣北部之後，商毅並不打算趁勝進軍，全麵占領台灣。因為荷蘭可不比正在江河曰下的西班牙，就是丟了台灣也無力反擊。而現在的荷蘭正正處於國力的上升期，在另一時空裏，十七世紀的後半段基本就是荷蘭人的時代，“海上馬車夫” 就是從這個時候叫響的。
雖然以商家軍目前的兵力，擊敗台灣的荷蘭人並不是難事，但占領了全台之後，守不守得住，也是一個問題。荷蘭人在台灣的駐軍實力並不怎麼樣，但海上的實力卻不容小視。一但驅逐了台灣南部的荷蘭人，巴達維亞方麵一定會出動海軍，來複奪台灣，雖然目前的商家軍海軍的戰船是夠了，海軍的素質還遠遠跟不上, 因此也還不具備與荷蘭海軍相抗衡的實力，亞莉桑德拉的西班牙雇傭兵海軍到是可以一戰，但商毅並不想把希望都寄托在他們身上。
同時明淸鼎革的時候在即，以目前商家軍的兵力來說，也不足以支持兩線作戰，商毅的主要精力還是在國內，在這個時候，商毅可不想給自己的背後再建立一個強大的對手。
另外還有一個重要原因，現在是中國沿海還有一支舉足輕重的力量，那就是廣東的鄭芝龍集團。在被明朝招安之前，台灣一直是鄭芝龍的地盤，而且鄭芝龍與荷蘭人也是老對手了，雙方在十佘年前為了爭奪中國沿海的控製權曾經過了數年的激烈爭奪。
結果雙方互有勝負，鄭芝龍雖然稍占上風，但也不願長期樹敵，因此最後雙方不得不互相都退讓一步，鄭芝龍退出台灣，讓給荷蘭人，同時荷蘭人承認鄭芝龍在中國沿海的控製權，不追求在福建進行貿易，而且雙方同意進行貿易往來。荷蘭保留通向馬尼拉和巴達維亞的航線。但荷蘭的對日本貿易，需經鄭芝龍將中國特產運至台灣，轉手之後，方由荷蘭方麵運往日本出售。