而至此，西班牙人在台灣的勢力也全部都被商家軍接收。離商家軍踏上台灣的土地，僅僅隻有三天時間。
隨後商毅下令，通知商家軍管轄地區內的各華人，當地土著，到雞籠城來參加會議。
台灣土著在後世統稱為高山族，實際可以細分為泰雅、賽夏、布農、鄒族、魯凱、排灣、卑南、阿美、達悟邵族等十餘個族群。台灣土著是以社為居住單位，大體相當於村、寨一類。一個社少則一千餘人，多則有五六千人。
在台灣東北倍圍繞雞籠和淡水一帶，可大體劃分為三個區域：淡水河流域、雞籠東北角一帶以及蘭陽平原。基本上相當於後世的新北市、台北市、基隆市、桃園縣、宜蘭縣等地，總麵積約為二千七百多平方公裏。根據西班牙人的資料，在淡水河流域的土著人主要有武勝灣社、基馬遜社、圭柔社、八裏坌社、北投社、裏族社等；雞籠東北角的土著人主要有三貂社、金包裏社等社；位於東部沿海的蘭陽平原上則分布著哆囉滿社、葛瑪蘭等社。總計人口約有四萬佘人。另外在這些區域內定居的華人也超過了七千。形成了十餘個大小華人群落。
經過了十幾年的共同生活之後，華人與台灣的土著基本能夠相處融合，一來目前台灣還是地廣人稀，土地並不緊張，土著以漁獵為生，而華人從事耕作，雙方並沒有太多利害沖突，相反還能夠互補。而另一方麵也是因為中國人的性格溫和，凡事以和貴，習慣於靠自己的勞動來換取財畗，而不像歐州人那麼野蠻凶殘，掠奪成性。而且華人還經常與土著交換商品，用糧食、鹽、糖一類物品換取獸皮，金、銀礦產等物，因此一般土著對漢人都比較友好，而且也非常倚重他們。
幾天之後，附近二十多土著村社以及九個華人村子裏的頭領人等都聚集到雞籠城，在露天集會一起。
商毅首先向眾人著重申明，台灣自古以來，就是中國的土地，不容外人侵占。並且又表明，自己是大明的浙江總係，代表大明朝廷，進駐台灣，驅逐西班牙人。而且從此以後，將在台灣長期駐軍，保衛中國的領土。
這番話對土著的觸動並不算太大，但來的幾十名華人的代表卻都頗為興奮，畢竟是受自己祖**隊的保護，誰心裏也都踏實一些。而且有些人對商家軍還有些耳聞，知道一些商家軍的事跡, 因此也更為安心了。
而接著商毅又下令，將俘虜的噶瑪蘭抵抗的西班牙士兵一百一十七人和土著兵二百四十一人都押上來，當眾宣布他們的罪行：侵占中國的土地，頑固抵抗，西班牙士兵為主犯，全部都執行槍決，而土著兵為從犯，罰做苦力十年。而且當場眾人的麵，馬上就進行槍決。
幾輪槍決之後，一百一十七名西班牙士兵全都倒地身亡，也在場給所有人都帶來了不小的震動，既高興但又害怕，因為西班牙人對自己勢力內的華人及土著完全就是以武力征服，而且對他們壓迫得十分厲害，毎個村社都要向他們交納大量物品，並且還要派出大量人力，幫助西班牙人進行建城，修路，建碼頭等等工作。因此華人和土著對西班牙人都十分痛恨，看到商家軍處決西班牙人，自然都很高興，至少也覺的是出了一口氣。
但他們也都清楚西班牙人的武力，他們仗著有先進的武器，過去往往一百名士兵就能打敗一個村社。但就是這樣一支軍隊卻被商家軍徹底打敗，而且商家軍也使用西班牙軍同樣的武器，由其是那些土著看了，心裏也不免有些害怕起來。
好在商毅隨後又馬上說明，保證商家軍不會向西班牙人那樣，壓迫眾人。同時又宣布，廢除西班人製定的一切進供、稅收。並且希望華人和土著人能夠各安生業，和平相處，公平交易。但必須服從商家軍的命令，和用人差遣，當然商家軍會提供相應的報酬。同時也告訴眾人，以後如果有反抗商家軍統治的，不尊守商家軍的命令，那就和這些西班牙士兵、土著兵是同樣下場。
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