商毅現在是山東都司同知，登州守備參將，在穆陵關隻不過是暫時安居。而且他也打算在長江流域一帶重斬建立根據地。因此沒有必要在穆陵關投入更多的資金建設。
但商毅知道，明朝實際隻剩下不到一年的時間，這個結果估計是改變不了，而清軍再進駐北京之後，很快就會打到山東來。雖然商毅準備在南方開僻新的根據地，但也不打算輕易放棄山東之地，因為這裏從水陸兩路來說，對北京的危脅都很大。因此不到萬不得以，是不要放棄的。那怕隻保留一個登州也行。至少在山東半島上可以有一個立足點。
而在這種情況下，穆陵關的地位就顯現了出來，它位於山東中部，連接山東南北，地勢險要，易守難攻，如果能夠和登州互相呼應，並且以穆陵關為據點，在沂蒙山區內進行遊擊和守城戰相給合的作戰方式，都是很不錯的選擇。因此加強穆陵關的防守，也是完全有必要的。
商毅經過了仔細的考慮之後，終於決定，將穆陵關修建成一座純軍事要塞，以後就成為商家軍在山東中部的一個據點。關城的規模到是不用再擴大，但城牆必須重建，到不用太高，有三丈多就可以了，但將釆用歐州的棱形城牆結構，並輔以炮台、崗樓等城防結構相配合。
同時商毅還決定，在關城裏挖四條地道通向城外，一方麵是防止清軍圍城之後，與外界的聯係，取得補充和支援，另一方麵也是萬一真的守不住了，城裏的士兵也有一個可以安全撤退的通道。
其他人當然沒有商毅想得那麼遠，而且他們也不可能想得到，明朝以經沒多久可活了。但對加固穆陵關的城牆都不反對。畢竟這一次對付淸軍的入關奔襲，全靠有穆陵關可守了。因此也都認為，萬一下一次清軍再打過來，穆陵關還是派得上用場的。
但對商毅設計出的棱型結構城牆，眾人又一次被商毅的奇思妙想弄糊塗了。因為中國的城牆，除非是受地形的限製，否則一定都是四四方方的，不明白商毅為什麼要把城牆設計成這麼怪模怪樣。
盡管商毅向眾人詳細解釋，城牆修成棱型結構的優點，但還是有些難以接受，因為唐鎮提出，如果要達到商毅所說的這旦功能，在每麵城牆上修馬麵就行了，沒有必要修成這樣尖尖角角，奇形怪狀的。
商毅當然知道，所謂馬麵，就是一般在大城的城牆都會有幾個如齒輪狀突出的部份，相隔約一射之地，從而對攻城者形成個三方向的打擊。實際也是達到棱型結構城牆的效果。
但和棱型結構城牆相比，馬麵如果修得過小，就起不了多大作用，如果修得過大，則會增加修築城牆的成本，和守城的兵力。最重要的是由於馬麵也是正方形，同樣會給攻城的一方留出一個攻城麵。盡管這個攻城麵不大，但在城上能駐守的兵力也同樣不多，相對也比較容易被攻破。雖然攻下馬麵之後的立足點並不大，守城軍隊也容易的反撲奪回，但畢竟是給攻城部隊留出可趁的漏洞。要知道在戰鬥中，任何一個小小的細節，都是足以致命的。
而棱型結構城牆卻沒有明顯的漏洞，那怕是敵軍隻進攻尖角處，另一側的同伴也一樣能夠支援得上來。因此在重建城牆時，商毅仍然選擇棱型結構的城牆。
其實商毅的解釋並不能完全讓唐鎮等人心服，但基於他們對商毅一慣的相信，還是同意了商毅的意見。而現有的城牆也不拆除, 就在現有城牆的外圍, 開始重新修築, 這樣穆陵關就成了雙城牆結構，防守自然也更加牢固了。
然而就在商毅和工匠們準備勘測地形，確定城牆範圍的時候，催他出兵的公文又送到了穆陵關。而且這一次不僅是來了公文，還有崇禎的聖旨。當然在聖旨裏，崇禎到沒有責怪商毅，而是將他過去的功勞又讚揚了一番，又說現在國事危急，以經到了刻不容緩的地步，因此請商毅盡快出兵。
原來在五月二十九曰，張獻忠攻下了武昌府，住在武昌的楚王朱華奎被張獻忠放入籠中，沉江而死，楚王府的宗室人員也全部被斬殺，據說當時從鸚鵡州到道士洑之間，浮屍蔽江、一片淒慘景象。而楚王府庫藏的上百萬兩金銀，二十萬石糧食，也全歸張獻忠所有。
而在此之前，李自成是在崇禎十五年（1162年）閏十一月從南陽進軍湖廣。將駐守湖北的左良玉打得大敗，引軍退守到九江，根本就不敢向湖北靠近一步。結果隻用了三個多月，李自成就己攻下了襄陽府，荊州府、承天府、漢陽府、德安府、黃州府等地，整個湖廣以北的廣大地區，被這兩位農民軍的大佬一人一半的瓜分。