教育司擔負著陪養後備人材的重要任務，自然不能輕視。按照商毅的要求，八歲以上，十七歲以下的少年，不限男女，都可以免費到學校中學習讀書認字數學。現在以有近四千多名少年入學，女學占寥寥無幾，還不到百名，同時商毅也考慮到在中國古代的農村家庭裏，孩子其實也是家裏的一個勞動力，因此學習的時間隻定為半天，另外半天還可以幫家裏做些事情。
商毅當然不打算把這批少年陪養成隻會讀四書五經、應考科舉的書呆子，但對中國的傳統知識也不能放之不理，因此將學習的內容分為兩部份，中國傳統教育和西方的科學知識。中國傳統教育自然是四書五經，同時還加入一些其他經書，如［史記］［資治通鑒］一類。而西方的科學知識暫時隻有數學和物理課，其他如地曆，天文暫時不考慮，由傳教士們拿出一個初步的教學計劃來再說。
現在學校裏到是有二十幾個秀才在教書，還有二個是舉人，中國傳統教育這方麵到是不缺人手，但西方的科學知識隻能先依靠傳教士了。
出任教育司主事的陳文義是個舉人出身，到是一個地地道道傳統儒生，對商毅推崇的西式數學，物理等教學十分反感。不過這個人還不算是個死腦筋，也沒有那種死守道義的精神，當一個教育司主事，每月可有十八兩銀子的薪水拿，比朝廷給得還高，雖然沒有外水可撈，但這就夠了，在這兵慌馬亂的年月裏，上那兒去找這祥好的差事，致於商毅要求學生學什麼，那就去學唄，反正又不是自己教，都是由那些番僧負責。因此盡管陳文義心裏誹謗，但表麵上卻一點反對的意思都沒有。
同時商毅將入學的少年分為三個年齡層，八至十一歲為初級學員、十一至十四為中級學員，十四至十七為高級學員。針對各年齡層的學生，製定的學習內容也都不同。初級學員和中級學員都是從最基礎的知識開始學起，循序漸進，逐步提高，而中級學員以經開始加入一些軍事教育了，而高級學員則學習識字和基本的數學就行了，並且還要參加一定的軍事訓練，以便到了十八歲之後，就可以補充進軍隊裏來了。其他專業需要，再進行專業知識的陪訓。
當然目前商毅手下就隻有這一所學校，什麼都教，全都混雜在一起，而在未來商毅還考慮要成立專業的軍事學校，專門陪養軍事人材。
巡檢司是負責維護地方治安的部門，按照商毅的想法，從地方民軍中選出三百六十名巡檢士兵，以三十人為一隊，分為十二隊，每隊設隊長一名，臨朐縣和清水縣各設五個巡檢隊，穆陵關隻用兩個。因為商毅時轄區內基本是實行軍管，地方安全有軍隊駐守，基本能夠得到保證。巡檢司的任務隻是解決民間的打架鬥毆，小偷小摸，零散盜賊等問題。因此隻用這三百多人就足夠了。
商毅到是不擔心別的，就是怕自己離開穆陵關之後，巡檢司的主事王仲平借著這個機會假公濟私、漁肉鄉裏，把自己集團以前好不容易才建立起來的名聲和親民的形像給破壞了。因為王仲平過去是沂水縣的巡檢，這類事情恐怕也幹過不少，商毅對原來的官府中人就最不放心，但暫時又找不到合適的人選，畢竟他是幹過巡檢的人，還是有些經驗，也隻能先將就用著。
因此商毅一方麵從製度上限製巡檢司的權力，規定巡檢司隻有抓捕權，而沒有審判權，一但抓到嫌疑人，一率交給行政司來審訊、判決。就是抓捕，也必須得到行政司的批下的抓捕令才能施行抓捕任務，絕對禁止無令胡亂抓人，更禁止巡檢司私自使用刑法。而審判權、民事仲裁權，判決權都屬於行政司管，商毅對周世奇的人品和能力還是放心的。
同時商毅又讓葉瑤瑱嚴密監視王仲平，一但發現他有什麼不妥當的行為，就立刻製止，並且更換。
這兩個部門就這樣建立完成了，而商毅剩下的最後一件事情, 就是穆陵關的規模和城牆重建工程, 是否還要繼續進行下去。
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