這次爪哇危機中最大的輸家自然是荷蘭，而這次失敗也促使荷蘭政府痛下決心，大力的發展海軍，加強戰鬥力，以保護自己的海外利益。
不過這些都是以後的事情了，雖然簽定了【巴達維亞條約】，但人民軍並沒有馬上離開爪哇，因為現在還有許多善後的事情需要處理，因此雙方約定，人民軍將還在爪哇停留一個月的時間，處理其他的事情。
首先當然是荷蘭殖政府的賠款，650萬英磅也不是一個數字，即使是荷蘭殖民政府，也不是一下子就能拿出來的，因此還需要一段時間來籌集。而且殖民軍隊的俘虜還被人民軍收押著，賠款不交付是不會輕易釋放的。
不僅是殖民軍隊的俘虜，人民軍還俘虜了約2500各土著士兵，而對這些俘虜的處理，穿越者和張秩君等爪哇華人代表協商之後，決定通知各部落，可以將這些俘虜贖回去，當然爪哇的土著部落也都不富裕，拿不出多少錢來，但可以用物品來交換，爪哇還是有不少土特產，都可以在中國國內買出好價錢。
不過就是這樣，除了少數在部落中有一定地位的人之外，還是有2000多俘虜都沒有被各部落贖走，結果最後人民軍決定，將這一批俘虜都被安排在張家的農場裏幹活，為期為10年，工錢要比正常人工低一半，並直接交給華東政府的爪哇辦事處。
除了這些之外，還有就是成立華東政府的爪哇辦事處，商行等，當然還有爪哇的華人工會組建，以及在殖民政府裏工作的華人如果推選。實際上爪哇華人對此沒有多少經驗，基本都是由穿越者設計各種組織運行製度，因為是剛剛成立，因躥一批工會的管理人員基本都是由華東政府直接指定，為期為一年，等一切運行都順利之後，再通過製定的程序產生，而張秩君也十分自然的被華東政府指定為工會主席。
而還有一個最重要的事情，就是農場護衛隊的處理。農場護衛隊做為人民軍的輔助力量，在爪哇的戰鬥中也發揮了重要的作用，前後共計招募了1275人，而在曆次的戰鬥中，己陣亡了253人，剩下的1000多人應該怎樣安置，有人就主張將農場護衛隊解散，各人各歸自家。
但穿越者卻堅決反對解散農場護衛隊，而是應該保留下來，作為爪哇華人能夠掌控的一支武裝力量，因為隻有掌握武裝力量，而且農場護衛隊是經曆過戰爭的曆練，有相當的實戰經驗，既使穿越者不在爪哇，對殖民政府仍然可以保持一定的威攝力，當然在名議上仍然可以使用農場護衛隊的名稱，畢竟在爪哇各農場都會有自己的護衛隊，而且人民軍可以提供武器、訓練和指揮。
張秩君對穿越者的建議表示了絕對支持，並且表示張家可以以開墾農場的名議，來安置這支農場護衛隊，並且提供訓練場所和經費，以及農場護衛隊成員的薪酬等。不過穿越者還是決定，對現在農場護衛隊的成員，還是采用自願原則，原意留下來的可以留下，不原留下的也可以退出，而缺額可以另外再招募。
而最終選擇留下來的約有800餘人，因為在戰爭期間，農場護衛隊的成員不僅接受軍事訓練，還也受到一些的思想教育訓練，因此思想覺悟有一定的提高，更明白槍杆子的作用，隻有手裏有槍，才不怕被荷蘭人或土著的欺負。而且人民軍是相當重視強調軍饒榮譽感，這種情緒也影響了農場護衛隊的成員，他們也都以當軍人為榮，這也是絕大多數成員願意留下來的主要原因。
穿越者也對農場護衛隊也進行了重新編製，認為規模可以保持在千人左右，同時任命張國平擔任大隊長， 而護衛隊將分成兩部份，一部份聚集在一處進行訓練，並且還預備給他們裝備擲彈筒和60迫擊炮，由人民軍派人來對他們進行教導和指揮，當然也包括政治教育；另一部份則分散駐紮其他各農場，但隻配備步槍和手槍，並且帶領著其他農場的護衛隊一起進行訓練，然後定期進行輪換，這樣到了需要的時候，可以在短時間內聚集起2-3000的軍隊來，足可以支持一陣。而且這並不限於張家的農場，其他華饒農場如果願意，也可以加入進來，不過要擔負駐農場的護衛隊的費用。