清軍入關後，鑒於八旗兵力不足以穩固政權，加之為了對付農民起義軍和南明政權，朝廷不得不依靠明朝的降官降將。而在明朝降將中，以吳三桂、尚可喜、耿仲明三人替清朝出力最多，功勞最大。
天下平定後，吳三桂被封為平西王駐守雲南，尚可喜被封為平南王駐守廣東，耿精忠（耿仲明之孫）被封為靖南王駐守福建，這樣便形成了三藩。
三位藩主在所鎮守的省份權力遠遠超過了其他督撫大員，可以掌控當地的軍隊、稅賦等。三藩之中又以吳三桂兵力最為雄厚，屬於清軍中的精銳部隊。此外，由於吳三桂功高兵強，其舊部幾乎遍及各省，僅在各地充任總兵的就有幾十人。
三藩權傾天下，幾乎所有人都知道。但他們起初還隻是擁兵自重，並沒有反叛朝廷的意圖。尤其是吳三桂，當時已經六十多歲了，更沒有奪取清朝江山的企圖。不過地方權力過重是曆代王朝所不能容忍的。康熙皇帝親政以後，就著意要消除三藩的隱患。
康熙十二年（1673），尚可喜主動提出撤藩，要求到遼東養老。吳、耿兩藩迫於形勢，也主動要求撤藩。
康熙認為撤藩的機會來了，便召集大臣討論此事，想不到遭到了多數朝臣的反對，認為這樣會逼三藩造反。
但康熙帝年輕氣勝，哪裏能聽得進這些意見。他堅持說：“吳三桂等人早就想造反了，無論撤不撤藩，他們都會造反的。如果早撤藩，他們就早造反，那樣危害還比較小。如果晚撤藩的話，危害肯定就大了。”於是康熙下令撤藩，讓吳三桂、尚可喜、耿精忠都回到山海關外養老去。
從後來的事實看，康熙帝的這一決策是錯誤的。因為吳三桂、耿精忠請求撤藩，並非本意。他們做出樣子之後，還希望朝廷能夠挽留。如果此時康熙加以挽留，那吳三桂等人就不會造反。再過上幾年，等吳三桂一死，三藩沒有了主心骨，自然成不了氣候。而康熙此舉卻硬生生地把一個不想造反的吳三桂給逼反了，致使戰禍蔓延達八年之久。
得知康熙撤藩旨意後，吳三桂大失所望，為了保住既得利益，他公開舉起了叛旗，同時相約平南、靖南二藩及各地故舊將吏，還邀台灣的鄭經響應。三藩之亂由此爆發。
三藩之亂爆發後，戰火迅速蔓延到雲南、貴州、湖南、湖北等地。吳三桂的軍隊迅速占領雲貴和湖南，兵鋒直抵長江南岸，廣西的孫延齡，四川的羅森、鄭蛟麟、吳之茂，福建的耿精忠，台灣的鄭經，陝西的王輔臣，廣東的尚之信等許多將領都參加了叛亂。一時間，南方六省失陷，清軍顧此失彼，狼狽不堪。
然而，在大好的形勢下，吳三桂卻錯失良機。他屯兵於長江南岸，沒有及時派軍隊過江北上，還企圖與康熙談判，搞劃江而治。吳三桂的猶豫給康熙皇帝帶來了寶貴的備戰時間，他迅速調集軍隊，穩住了陣腳。
此後不久，叛軍內部又起了內訌，鄭經和耿精忠為了爭奪地盤而大打出手。耿精忠和尚之信等人又重新向清朝投降。各地叛亂逐漸平息後，清軍開始集中兵力對付叛軍主力——吳三桂的軍隊。
叛軍的處境日益艱難。康熙十七年（1686），為了維係人心，防止諸將解體，年已七十四歲的吳三桂在衡州稱帝，國號大周。但此舉也不能改變其困境。吳三桂死後，他的孫子吳世璠繼承帝位。但吳世璠年齡很小，根本無力維係諸將，叛軍開始瓦解。
到康熙二十年（1689）底，清軍已經進入雲南，圍攻省城昆明。曆經半年多的圍困後，昆明城終於被破。吳世璠走投無路，自殺身亡。剩下的叛軍將領，或自殺，或投降。曆時八年、蔓延十個省的三藩之亂終於被平定。
三藩之亂的平定，穩固了滿清政局，避免了國家的分裂，有利於多民族統一國家的鞏固和發展，同時專製主義中央集權製度得到加強，提高了抗禦外敵的能力。此後，清朝內地沒有再發生大規模的戰亂，社會經濟開始穩步發展，“康乾盛世”也由此開端。
【博聞館】
台灣鄭氏政權與三藩之亂
鄭成功收複台灣後不久便病死了，他的兒子鄭經承襲了他的地位，接管了軍隊，占據台灣。1673年，吳三桂起兵反清，約請鄭經響應。鄭經答應出兵，並渡海在福建登陸。不久，鄭經為了爭奪地盤而與耿精忠產生衝突，耿精忠兩麵受敵，隻得降清。此後，鄭經也獨木難支，逐漸被清軍趕出東南沿海，再次退往台灣。清政府為解決台灣問題，多次與鄭經進行談判，但都沒有成功，最終決定使用武力解決台灣問題。1683年，清軍攻入台灣。此時鄭經已死，其子鄭克爽向清投降。清朝在台灣設立台灣府，並駐紮軍隊，加強了國家統一。