雖然皇帝將他召回了朝堂，但不管是執政的黃立極等人，還是在野的前東林黨人們，都拒絕讓其再次回歸到權力中樞來。被朝中主流勢力邊緣化的崔呈秀，不得不接受了崇禎的提議，接下了得罪天下士紳的土地改革事務。
土地改革事務雖然讓他更為惡名遠播，但是卻也成功的讓橫下一條心的崔呈秀，重新在朝堂上占有了一席之地。不過這也令崔呈秀付出了極大的代價，令其成為了擁有大量土地的縉紳們的眼中釘，被痛恨的程度和當初力主清丈天下田畝的張居正不相上下。
而崔呈秀的惡名太著，也使得他數次想要申請加入科學進步黨，都被對方給婉拒了。到了崇禎十三年，隻要智慧在於中人之上的官員都能夠看得出，不管由誰來接任內閣首輔，如果不能得到科學進步黨或是新東林黨之一的支持，這個首輔的位置也是相當難坐的。
之所以有這樣的結論，就是因為六部職能和中央及地方官府的行政承接改革，使得部門的組織製度終於壓倒了官員個人的聲望和關係，成為了行政權力實施的保障。在這一現象的背後，其實也就意味著組織所擁有的資源徹底壓倒了個人所擁有的資源。
就人類本身而言，想要生存下去就必須要獲得一定的物質資源。所以當一個人想要支配另一個人時，最好的支配方式不在於雙方之間的感情有多深厚，而在於你能否掌握對方所需要的物質資源，人可以背叛自己的感情，但決不能背叛自己的生存基礎。
在崇禎元年之前，天下萬物理論上都是屬於皇帝一人的，包括除了皇帝之外的所有人的生命。在這樣的理論之下，皇帝自然不希望見到官員或是民眾形成一個個小團體，從而威脅到皇權存在的基礎。
畢竟當人群開始集結起來，隨之而來的必定是一定物質資源的集結。在當下的這種農業社會中，物質財富的結餘其實並不多，這種團體形成之後，很容易就能掌握起令地方難以抗衡的勢力，從而形成地方上事實的獨立王國。
因此當明太祖朱元璋奪取天下之後，就開始打壓勳貴集團，這便是因為勳貴集團占據了過多的物質資源，從而形成了對於皇權的威脅。在這樣的政治鬥爭之中，講感情、講功勞都是不現實的，當勳貴集團掌握的物質資源超過了皇帝掌握的物質資源之後，皇帝也就失去了控製勳貴集團的力量，這是基於物質基礎之上的現實。
當然，對於蘇長青這樣的後世靈魂來說，想要解決這樣的矛盾其實並不困難，大力發展生產力，使得自己手中掌握的物質資源遠遠超過其他個人及團體，這種矛盾也就不複存在了，這也是工業社會比農業社會更為穩定的社會基礎。
基於這種工業化思想指導下的六部職能改革，也就形成了更為緊密的聚集物質資源的政府組織機構。同這樣的組織相比，個人所擁有的物質資源是難以比擬的。而同樣，借助於黨派政治去控製這些政府組織機構的科學進步黨和新東林黨，也就擁有了遠超過去那些官員小團體的物質資源。
在這樣的格局之下，即便崔呈秀真的做上了內閣首輔這個位置，他也難以僅僅憑借一個名分去壓製，擁有著控製這樣巨大物質資源的兩個政黨，令兩者完全服從於自己的。所以想要讓皇帝兌現承諾，崔呈秀就必須獲得兩者之一的支持。
對於脫胎於東林黨人的新東林黨來說，他們和崔呈秀本身就存在不共戴天的仇恨，當崔呈秀成為土地改革政策的推動者之後，更是成為了這些大地主代表精英們的眼中釘，他們之間存在著不可化解的仇恨，崔呈秀自然不會自找沒趣的去獲取新東林黨的支持。
於是他便隻剩下了一個選擇，獲得科學進步黨的支持。就名聲上來說，科學進步黨或許略遜新東林黨。但是從實力上來看，科學進步黨卻遠超了新東林黨幾條街。畢竟對於政府部門來說，想要聚攏起大量的物質資源，最好的方式莫過於做事。
你修一條路，就擁有了修建一條路的人力、物力和財力。你修建一條大運河，就擁有了修建一條大運河的各種資源…通過這些資源，也就擁有了支配他人的權力。由是，以工部為據點的科學進步黨，其掌握的物質資源自然遠遠超過了控製禮部這等清水衙門的新東林黨。