而當崇禎登基之後，整編軍隊，設立總參謀部和後勤部，並對官坊進行了全麵的改造，明軍的麵貌終於有了一個很大的改觀。特別是大明開啟了工業化進程之後，大明軍器監打造的各類武器終於有了一定的質量保證。
相反，對於沈陽來說，因為張家口通敵案導致失去了來自山西的精鐵來源之後，便不得不從四海貿易公司和朝鮮進口劣鐵。本就是手工作坊式的沈陽鐵匠鋪，出產的武器鎧甲質量就更是下滑了一個水準。
當雙方的士兵裝備水準差距不大時，士氣、訓練、組織度和後勤供應，就成為了兩隻軍隊較量的核心。訓練、組織度和後勤供應，說到底都是取決於一個國家的社會生產力水準。
建州女真從努爾哈赤時代起，其社會生產力都是極為低下的。隻不過努爾哈赤依靠壟斷了人參、貂皮等遼東特產，才積攢下了大量的財富，為自己的部下裝備了精良的鎧甲和武器。至於訓練和組織度方麵，建州女真雖然已經開始定居，但並沒有放棄漁獵活動。
八旗的基本戰鬥單位牛錄，一開始便是圍獵小隊的意思。也就是說，建州女真因為其落後的社會生產力，反而比大明的農村保持了更多的集體生活。這種自小養成的集體生活習慣，使得建州女真更適宜於軍隊這種組織生活，他們也更容易服從於軍隊的紀律。
而大明這邊推動了農村改造，在北方實施大隊-公社製度之後，同樣也在改變著北方農民的生活習慣。小學-中學的教育體係，工業化的工廠礦場，都正一步一步的把大明百姓納入到一種集體生活當中去。
相比起建州女真的原始集體主義，這種源自工業文明的集體生活顯然更有目的性和組織性。通過了這十年來陸續實施的義務兵役法，野戰軍內部基本已經淘汰了舊軍戶和衛所提供的不合格兵員，取而代之的是大量體格勻稱，老實膽怯的北方農民。
這些吃苦耐勞又服從紀律的士兵，加上陸軍軍官學校培養出來的軍官們，正迅速轉化著大明百姓對於軍隊的刻板印象。駐守義州的第十一野戰軍，更是有著盧象升等一批參加過海外軍事行動的高級將領，他們對於戰爭的熟悉程度，並不弱於嶽托、濟爾哈朗等滿人將帥。
爭奪醫巫閭山各山口要道的戰爭，從另一個角度來說，其實未嚐不可視為初具工業意識的大明軍隊和中世紀最強武力的一次交鋒。
這場戰爭的初期，明軍以臼炮等新式裝備輕易的獲取了清軍的上風。但是隨著嶽托對防禦戰術的調整，明軍前期取得的優勢頓時被削弱了。
不過這種戰場上的變化很快就被明軍的下級軍官們注意到了，他們很快就把這種狀況寫成了書麵文字彙報到閻應元麵前。
閻應元隨即召集了自己的參謀軍官們對此進行了討論，他對著這些參謀們說道：“從目前來看，臼炮和火槍在攻打固定的堡寨作戰中，的確發揮了很大的作用。甚至於對清軍的埋伏作戰裏，臼炮也能發揮意外之功。
但是臼炮還是有著一些缺陷的，比如當堡寨采用黃土覆蓋城牆時，臼炮的殺傷力就會急劇衰減。另外臼炮的射程過近，使得對方同樣可以使用小型火炮阻止我軍把臼炮設置在理想位置上，從而極大的削弱了臼炮的攻擊力。
另外，現在清軍派出了二、三十隻小部隊，深入到了山區的密林地區，從一些人跡罕至的地方越過了山頭，對我軍的後方堡寨和兵站發起了襲擊。
清軍的這些小部隊應當都是獵戶出身，他們極為熟悉山林生活，根據和他們遭遇後活下來的幸存者描述。這些清兵身穿輕甲，身手極為敏捷，在陡峭的懸崖上也能如履平地。