聽完了呂琦的緊急報告，朱由檢臉上原本輕鬆的神情頓時收斂了起來，不過他看起來倒也並不怎麼緊張。
“秦夫人的報告在什麼地方？”朱由檢略略沉默了一會，便開口向呂琦詢問道。
呂琦趕緊把緊緊捏在手中的奏章送到了崇禎的案前。
朱由檢仔細的把秦良玉、尤世威署名的奏章看了一遍，事情果然同呂琦所說的差不多。他隨即又翻看起了，同奏章放在一起的尤世威、徐應元兩人送上來的密折。
尤世威、徐應元兩人抵達重慶後，向一幹被召集來的四川將領宣布了，朝廷要設立西南都督府的決定。隨後，徐應元又宣布了對馬千乘的追封和秦良玉的封侯，及由秦良玉擔任西南都督府左都督，貴州、四川總兵及尤世威擔任其副手的命令。
世襲石砫宣撫使是一個土司職位，雖然馬千乘、秦良玉對朝廷忠心耿耿，又因為饒勇善戰而深得明軍中將士們的欽佩。但是讓一名土司掌握西南兩省軍隊的最高指揮權，這還是大明立國以來的第一次。
在播州、永寧、水西土司相繼叛亂，漢人將領對西南土司最為不信任的時刻，朝廷頒發的這個命令，自然就引起了四川漢人將領的不滿。特別是現任四川總兵侯良柱，他是前任四川總兵官李維新的副手。
永寧土司奢崇明叛亂時，四川兵馬連戰連敗，唯有秦良玉調度有方，連續挫敗叛軍，控製住了時局。因為四川明軍在平叛戰爭中的表現，時任四川總兵官的李維新被秦良玉彈劾，導致他被天啟申斥後不得不去職。
這件事使得四川明軍同秦良玉率領的石柱土司之間產生了間隙，而其弟秦邦屏不久後在陸廣做戰中戰死沙場，也未嚐沒有接應的明軍消極避戰的因素。當侯良柱接任四川總兵官後，隨著平叛戰爭形勢的好轉，就把石柱土司兵給閑置到了後方。
侯良柱並不反對朝廷設立西南都督府的決定，但是他不能接受由秦良玉來擔任西南都督府左都督，領導貴州、四川兩省的軍隊。
一來四川明軍和石柱土司之間存在著舊怨，二來則是侯良柱等一幹明軍將領也實在不能接受，一位女子成為他們的上司。明軍畢竟不是土司兵，男尊女卑的社會觀念在這些明軍將領心裏還是根深蒂固的。
原本遊離在明軍體製之外的石柱土司，願意讓一位女子擔任首領，明軍的將領並不會在意，畢竟這是西南少數民族不開化的表現。但是按照崇禎的命令，石柱土司顯然將會正式進入到明軍的正式編製。
同饒勇善戰的石柱土司兵相比，四川明軍顯然要稍遜一籌，如果再被他們奪去了朝廷的資源，今後豈不是要讓這些明軍將領仰土司之鼻息，這個消息顯然讓四川明軍的將領產生了抵觸情緒。
而四川的文官係統同樣對此感到不滿，西南都督府的成立剝奪了他們對於軍隊的直接支配權力。這不僅讓他們失去了分享平亂戰功的機會，還讓他們在經濟利益上受到了損失。不管是戰時的物資供給，還是戰後對叛亂土司的土地分配，這都存在著極大的經濟利益。
但是在奢安之亂前，四川、貴州除了成都平原地區外，其他地區都是土司力量占據優勢。朝廷主要是依仗著占據了川、黔地區的交通要道和最為平坦肥沃的平地丘陵地帶，把各家土司的地盤給分割開來，才在局部地區占據了優勢。
奢安之亂後，四川、貴州的幾個大城市被叛軍屠戮一空，比如貴陽、重慶基本上就沒多少人幸存下來，因此兩省的縉紳勢力自然大減，隻有成都平原的縉紳躲過了一劫。
奢崇明雖然之後被重整旗鼓的明軍打的連永寧老家都丟了，但是四川的縉紳也無法再如戰前一般牢牢的控製住地方了。
沒有了地方縉紳勢力的支持，四川的文官力量顯然就有些底氣不足了。他們之所以還能壓製住川、黔兩省的地方軍頭，一則是依靠朝廷的威望，二則是依賴於入川的陝軍和忠於朝廷的雲南、四川大土司。
現在朝廷轉而支持四川最強大的石柱土司來對川、黔兩省的軍政進行整頓，這些文官們除了一邊向朝廷中的同僚師友告急，另一方麵便是自動的聯合明軍將領，對西南都督府的成立進行阻擾了。
西南都督府建立後，秦良玉聽從了尤世威和徐應元的建議，沒有對川、黔兩省的明軍同時進行整頓，她一邊向貴州的總兵官許成名示好，表示暫不對貴州明軍的軍製進行變動，又抽調了一部分貴州軍的底層將校進入成都陸軍軍官學校學習，準備大用，獲得了貴州明軍將領的支持。
之後秦良玉命副將秦永成對四川衛所田地及重慶、永寧的土地進行清丈，並責令部分侵占了以上大片土地的將領和官員退回田地，對於有主的土地發還原主，無主土地則一並對衛所軍士、川、陝、石柱軍隊的士兵家屬進行授田。
這一舉動，頓時讓西南都督府和秦良玉本人獲得了底層士兵和當地百姓的支持。但同時也遭受了明軍中上層將領、當地文官、蜀王一脈宗室的痛恨。