GO分析表明93個差異基因中，有51個有完整注釋（24個上調、27個下調）。具體在分子功能方麵，11個基因（6個上調、5個下調）具有酶活性；7個基因（4個上調、3個下調）有氧化還原酶活性；5個基因（4個上調、1個下調）具有綁定功能；4個基因（全部是下調）是結構成分；2個基因（1個上調、1個下調）有運輸活性；1個基因（上調）有催化活性；1個基因（上調）有連接活性； 1個基因（下調）有轉移酶活性；1個基因（上調）有同向轉運活性。生物進程方麵，8個基因（6個上調、2個下調）有新陳代謝功能；6個基因（3個上調、3個下調）有蛋白質水解功能；4個基因（1個上調、3個下調）有電子轉移功能；4個基因（全部是下調）有蛋白質定位功能；3個基因（1個上調、2個下調）有轉移功能；2個基因（全部是下調）有蛋白質生物合成功能；其他生物進程的基因各1個。細胞組分方麵，細胞內有4個基因（2個上調、2個下調）；膜有3個基因（2個上調、1個下調）；核糖體有2個基因（全部為下調），胞外區有2個基因（全部為上調）；其他細胞組分的各1個。這表明病毒入侵家蠶後引起機體一係列錯綜複雜的生理、生化變化，暗示了家蠶抗NPV是個錯綜複雜的過程。
用Pathway 分析表明涉及的通路總共有13個，其中新陳代謝通路有4個
基因（3個下調、1個上調）。新陳代謝指生物體與外界環境之間的物質和能量交換以及生物體內物質和能量的轉變過程。所有代謝形式都需要氧化還原反應的參與，反應主要是將電子從還原性的供體分子（如有機分子、水、氨、硫化氫、亞鐵離子等）轉移到受體分子（如氧氣、硝酸鹽、硫酸鹽等）。這表明感性品係受病毒侵染後由於病毒的大量複製，導致家蠶內環境係統的紊亂，發生能量的變化。核糖體通路有2個且都是下調基因，核糖體是細胞內一種核糖核蛋白顆粒（ribonucleoprotein particle）核糖核蛋白顆粒（ribonucleoprotein particle），主要由RNA和蛋白質構成，其唯一功能是按照mRNA的指令將氨基酸合成蛋白質多肽鏈，是細胞內蛋白質合成的分子機器。這表明在病毒侵入感性品係家蠶早期（12小時），隨著病毒在體內的大量複製，家蠶細胞受到刺激，導致大量蛋白的合成。此外氧化磷酸化（oxidative phosphorylation）氧化磷酸化（oxidative phosphorylation）通路也有2個，都是下調基因。氧化磷酸化是指在活細胞中伴隨著呼吸鏈的氧化作用所發生的能量轉換和ATP的形成過程，這個變化同新陳代謝的變化趨勢是一致的。這些都表明了隨著病毒在家蠶體內大量複製，家蠶體內的能量代謝大大增加。
第三節 基因芯片部分差異基因的驗證
一、RT PCR定性檢測抗性相關基因
從93個差異基因中挑選了14個基因，其中用9個上調基因、5個下調基因做 RT PCR，使用TIF看家基因作為參照。9個芯片篩選出的上調基因中SW16045、SW06161在抗性品係中表達量大於感性品係；SW12688和SW04344電泳條帶亮度差不多，需要進行進一步驗證；SW16085、SW06319、SW15346、SW09130和SW06212中BC8表達量大於NB、306。5個芯片篩選出的下調基因中，SW17811、SW07033、SW15596和SW21007在感性品係中表達量大於抗性品係；SW08356規律不明顯，需進一步驗證。
二、 抗性相關基因QRT PCR表達量比較
通過RT PCR分析了14個差異基因，鑒定出2個抗性相關上調基因和3個下調基因。為了定量地分析這些基因的表達量，根據RT PCR結果我們從14個基因中挑選10個基因（7個上調基因、3個下調基因）做qRT PCR。
7個上調基因中SW16045、SW16085、SW16061、SW12688和SW04344在抗性品係NB、BC8中表達量感性高於306，鑒定為抗性相關上調基因；SW15346和SW09130在BC8表達量高於NB、306； 3個下調基因SW21007、SW17811和SW07033在感性306高於抗性品係NB、BC8，鑒定為抗性相關下調基因。