三、篩選差異基因
單組差異基因篩選標準ratio控製在1.5倍以上（即ratio≥1.5或ratio≤0.667）。重複1篩選185個差異基因，其中80個上調基因，105個下調基因；重複2篩選102個差異基因，其中55個上調基因，47個下調基因。共同差異基因篩選標準為：2次實驗的平均值（mean）控製在2倍以上（即mean≥2或mean≤0.5），同時2個ratio控製在1.5倍以上（即ratio≥1.5或ratio≤0.667），得到93個差異基因，其中44個上調基因，49個下調基因。
四、GO分析GO分析結果
GO分析（gene ontology，http://www.geneontology.org）是一個跨物種的功能語義數據庫，它包括分子功能（molecular function）分子功能（molecular function）、生物進程（biological process）生物進程（biological process）和細胞組分（cellular component）細胞組分（cellular component）3個方麵，可以不區分物種的注釋基因產物。將93個（2次重複實驗共有）差異表達數據輸入芯片分子功能注釋MAS 係統，進行GO分析，結果見表634。從功能角度挖掘芯片數據信息，發現主要涉及14種生物功能，其中以生物過程、細胞過程、催化活性、新陳代謝、細胞組分、細胞、定位建立、定位方麵的差異基因最多，占有比例分別為14.93%、14.18%、11.19%、9.7%、8.21%、8.21%、5.22%和5.22%。
具體從分子功能方麵分析，具有酶活性（包括水解酶、絲氨酸肽酶、果糖二磷酸醛縮酶活性等）的基因有11個；其次是氧化還原酶活性（oxidoreductase activity）有7個；具有綁定功能（banding）有5個；結構成分（structural constituent）的有4個；轉運蛋白活性（transporter activity）的有2個；其餘功能的各1個。
生物進程方麵，新陳代謝有8個基因；蛋白質水解（proteolysis）有6個基因；電子轉移（electron transport）和蛋白質定位（protein targeting）各有4個基因；轉移（transport）功能的有3個基因；蛋白質生物合成（protein biosynthesis）有2個基因；其他生物進程的基因各1個。
細胞組分方麵，細胞內（intracellular）有4個基因；膜（membrane）有3個基因；核糖體（ribosome）和胞外區（extracellular region）各有2個基因；其他細胞組分的各有1個基因。
五、 Pathway 分析Pathway 分析
用京都大學基因和基因組百科全書數據庫（kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）中的通路數據庫（pathway database）作為選擇功能模塊的來源。將1個KEGG通路中包含的所有基因作為1個功能模塊。這樣分析的意義就是找到不同實驗條件下各通路的表達變化，從而可以找出對各因素有顯著響應的通路。
新陳代謝通路最多總共有4個，其中3個下調，1個上調；果糖和甘露糖代謝（fructose and mannose metabolism）和丙酸代謝（propanoate metabolism）各1個；核糖體和氧化磷酸化（oxidative phosphorylation）通路各2個，且都是下調的基因；戊糖氧化磷酸化（pentose phosphate pathway）和糖酵解（glycolysis/gluconeogenesis）各1個，且都是下調的基因；檸檬酸循環（TCA循環）（citrate cycle）1個，是上調基因。
六、基因芯片差異基因功能分析