正文 第五章 家蠶杆狀病毒Bm134基因功能(1 / 3)

第一節 Bm134基因生物信息學分析

一、Bm134的核苷酸和其編碼的氨基酸的序列特征

Bm134(orf134)基因位於BmNPV (T3株)基因組

127342~127671 nt之間,全長330bp,編碼一個含109個氨基酸殘基的蛋白,預測分子量約為12.4kDa,在Bm134基因ATG上遊43nt有杆狀病毒晚期轉錄基序GTAAG。通過GenBank和Swiss Prot預測Bm134的保守區和功能區,沒有發現信號肽和跨膜區,但是有5個蛋白激酶C的磷酸化位點(4~6 aa、30~32 aa、65~67 aa、83~85 aa和87~89 aa),2個酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位點(15~18 aa和44~47 aa)。

二、Bm134的同源性分析

利用Swiss PORT的Blast搜索Bm134的氨基酸序列後發現,Bm134的氨基酸序列相對保守。已經測序的杆狀病毒基因組中有13種杆狀病毒編碼的蛋白有Bm134的同源序列,這些蛋白和Bm134的同源性介於31%~93%之間,其中與AcMNPV的ORF5的同源性最高,達到了93%(圖551)。與IrfaNPV的同源性最低,隻有31%。

第二節 Bm134在BmN細胞中的轉錄、表達和蛋白的定位

一、Bm134的轉錄時相轉錄時相

從感染了BmNPV不同時間的BmN細胞提取總RNA,進行RT PCR。用Bm134特異性引物進行PCR,結果顯示從感染病毒後24小時開始,樣品中出現了一條約為180 bp的條帶,該轉錄本一直持續到感染後72小時。同時,315 bp的ie1的轉錄從感染後3小時開始也檢測到,直到72小時。而193 bp的p10的轉錄直到感染後24小時才檢測到。上述結果表明Bm134可能是一個晚期基因。

氨基酸序列比對用Clustal W和Cenedoc軟件。用3個陰影水平來表示它們之間的同源性高低,黑色表示100%同源,深灰表示80%同源,淺灰表示60%同源。

在感染後的不同時間(0小時、6小時、12小時、24小時、36小時、48小時和72小時)提取總RNA,進行RT PCR。時間點顯示在上,不同基因顯示在左,片段大小顯示在右。

在感染後的不同時間(0小時、6小時、12小時、24小時、36小時、48小時和72小時)提取總RNA,進行qRT PCR。

二、Bm134的表達時相

為了進一步確定蛋白在感染細胞中的表達情況,收取了BmNPV感染的BmN從0小時、6小時、12小時、24小時、36小時、48小時和72小時的細胞樣品,用Bm134多克隆抗體進行Western blot分析,確定了該蛋白在病毒感染細胞中的表達時相。結果發現在感染後24~72小時的細胞中均有一條大小為12.5 kDa的特異蛋白質帶能與Bm134抗體發生特異性反應,而且大小與無His的Bm134蛋白的雜交的結果一致。上述結果表明該蛋白從24小時開始可以檢測到,是一個晚期表達的蛋白。

在感染後的不同時間(0小時、6小時、12小時、24小時、36小時、48小時和72小時)收集細胞樣品進行Western blot雜交,一抗為Bm134多克隆抗體,雜交信號以DAB顯色。M表示蛋白標準分子量。

三、Bm134的亞細胞定位

為了確定Bm134的亞細胞定位,用BmNPV感染BmN細胞,分別在感染後24小時、48小時、72小時收集細胞,用Bm134的抗體和羊抗兔的二抗進行免疫雜交後,用激光共聚焦顯微鏡進行觀察。結果顯示在24小時時熒光主要集中在細胞質中,而在48小時時細胞質和細胞核上均有熒光,到達72小時後幾乎整個細胞都顯熒光。