第六條首都醫學發展基金各類研究項目實行“課題製”。課題負責人負責全權管理項目及其課題組，並承擔相關的責任義務和法律民事責任。課題負責人負責製定課題計劃和預算，在批準的計劃任務和預算範圍內，課題負責人享有自主權。為保證課題按計劃執行，課題負責人可以根據課題需要，配置課題組人員和科技資源，可以跨部門、跨單位聘用課題組成員，邀請訪問學者參與課題研究。課題負責人向基金管理是實施機構——基金管理辦公室負責，負責提交年度和終期技術報告和財務報告，並接受其評估和監督管理。
第二章申請條件
第七條凡是納入“總量控製，結構調整”上繳首都醫學發展科研基金的北京地區各類、各級醫療單位的醫務工作者均可以申報。
第八條申請北京醫學衛生科技聯合攻關項目必須具備以下條件：
1.申請項目必須是北京醫學科技“十五規劃”確定的研究領域的應用研究項目。項目的產出必須以滿足廣大居民健康需求為前提，符合成本效益原則，具有廣泛的應用前景。
2.必須是3家或3家以上醫療衛生機構的聯合項目。
3.項目牽頭單位必須在項目專業領域內具有較紮實的醫療、科研、人才培養條件。
4.課題負責人必須具備良好的科研道德修養，組織管理能力和較高的學術水平，年齡不超過60歲。
5.項目研究組成員年齡、知識結構、職能分工合理。
6.項目必須建立有效的運行機製和合作機製。
7.項目目標明確合理；研究內容、方法、技術路線研究周期科學可行。
8.項目預算編製科學合理。
第九條申請北京醫學衛生科技重點支持項目必須具備以下條件：
1.申請項目必須是醫學衛生的應用研究項目，項目的產出必須以滿足廣大居民健康需求為前提，符合成本效益原則，具有廣泛的應用前景。
2.項目申請單位必須在項目專業領域內具有較紮實的醫療、科研、人才培養條件。
3.課題負責人必須具備良好的科研道德修養和較高的學術水平，年齡不超過55歲。
4.項目研究組成員年齡、知識結構、職能分工合理。
5.項目必須建立有效的運行機製。
6.項目目標明確合理；研究內容、方法、技術路線和研究周期科學具體可行。
7.項目預算編製科學合理。
第十條申請北京醫學衛生科技自主創新和普及推廣項目必須具備以下條件：
1.申請項目必須是醫學衛生領域的應用研究項目。項目的產出必須以滿足廣大居民健康需求為前提，符合成本效益原則，具有廣泛的應用前景。
2.在職醫務人員均可申請，特別鼓勵中青年醫生申請。
3.研究項目學術思想新穎、立項依據充分，研究目標明確，內容、方法、技術路線和研究周期具體科學可行。
4.研究項目預算編製科學合理。
第三章申請程序
第十一條項目申請人必須根據不同的申報項目，分別認真填寫《北京醫學衛生科技聯合攻關項目備忘錄》(見附件一)、《北京醫學衛生重點支持項目備忘錄》(見附件二)或《北京醫學衛生科技自主創新和普及推廣項目備忘錄》(見附件三)。
第十二條1.北京醫學衛生科技聯合攻關項目和北京醫學衛生科技重點支持項目，各項目申請書必須有兩名具有高級職稱專家的推薦信(其中一名須是外單位專家)和所在單位學術委員會的評價意見，報送基金管理辦公室。
2.北京醫學衛生科技自主創新和普及推廣項目必須有兩名專家推薦信和所在單位的推薦信。
第十三條每年受理申請書的截止時間為6月15日。
第四章項目立項評審
第十四條1.立項評審工作由基金管理辦公室負責組織實施。
2.具體立項評審辦法分別見：
北京醫學衛生科技聯合攻關項目立項評估辦法
北京醫學衛生科技重點支持項目立項評估辦法
北京醫學衛生科技自主創新和普及推廣項目立項評估辦法
第十五條首都醫學發展基金各類項目的立項評估，由基金管理辦公室委托中介評估機構進行。
第十六條基金管理辦公室根據中介機構的評估報告提出評審意見，報管理委員會批準。
第十七條管理委員會根據評估報告和評審意見，批準項目立項。
第十八條評審采取有效、可行、公正、透明的原則。
第十九條經批準立項的項目，由基金管理辦公室與課題負責人及承擔單位簽署《首都醫學發展科技基金項目備忘錄》，合同書正式文本一式四份，基金管理辦公室兩份、承擔單位科研主管部門和項目負責人各持一份。
聯合攻關項目以及其他合作項目，課題負責人和項目牽頭單位必須同時向基金管理辦公室提交其與分課題負責人以及合作單位簽署的二級合同書，明確相關的權利、義務以及合作方式。
第五章項目評估
第二十條基金管理辦公室按照合同書的內容，委托中介機構，對首都醫學發展科研基金項目進行年度評估考核。
第二十一條課題負責人自合同生效日起的每一年度結束時，向基金管理辦公室提交年度報告(包括技術報告和財務報告)，單位須同時提交單位學術委員會的評價意見。
第二十二條基金管理辦公室依據年度報告和評估考核結果，對執行情況好的項目，按計劃進行後續撥款。對執行情況不好、考核未達到預期目標的項目，要求課題負責人和項目承擔單位限期整改，基金管理辦公室有權對項目暫緩撥款。對整改後仍未達到預期目標的研究項目，報管理委員會批準後，有權撤消立項，並對項目承擔單位和/或課題負責人進行相應處罰。
第二十三條基金管理辦公室每年就首都醫學發展科研基金的評估和考核情況，向管理委員會彙報。
第二十四條項目結束後，課題負責人須提交項目終期技術報告和財務結算報告，由基金管理辦公室委托中介評估機構進行終期評估。
對不能按期完成的項目，課題負責人須向基金管理辦公室提出書麵申請和單位學術委員會書麵意見，基金管理辦公室結合中介評估機構提交的評估報告，決定項目是否延期或終止。
第六章資金的使用和管理
第二十五條1.首都醫學發展科研基金的財務管理審計，執行《首都醫學發展科研基金財務管理辦法》。
2.使用首都醫學發展科研基金北京醫學衛生科技聯合攻關項目、北京醫學衛生重點支持項目和北京醫學衛生科技自主創新和普及推廣項目的資助比例為：
北京醫學衛生科技聯合攻關項目：50%
北京醫學衛生科技重點支持項目：25%
北京醫學衛生科技自主創新和普及推廣項目：20%
評估和監督管理的費用：5%
3.首都醫學發展科研基金每一項目的支持額度為：
北京醫學衛生科技聯合攻關項目：60～100萬/項目
北京醫學衛生科技重點支持項目：20～50萬/項目
北京醫學衛生科技自主創新和普及推廣項目：2～10萬/項目
4.首都醫學發展科研基金對項目建立滾動支持機製，對進展順利、階段產出和終期產出應用前景良好的項目，基金將在項目的進一步深入研究和普及推廣方麵給予滾動支持。
5.鼓勵項目執行單位，立項項目進行資金的匹配支持。
第二十六條1.首都醫學發展科研基金項目資金主要用於項目研究所需的實驗費用、必須的人員勞務、專業培訓，全國性學術會議，合作交流、成果推廣、儀器設備租用、消耗材料，實驗費用，交通辦公等費用。
2.原則上項目基金不支持5萬元以上大型檢測、分析、診斷、治療等醫療研究設備、設施的更新和添置。如所需儀器設備是研究項目必需，所在單位或北京地區機構沒有或不能租借使用，必須報基金管理辦公室批準後，方可購買。
第二十七條項目資金到位後，項目單位和課題負責人按課題製管理的有關規定管理和使用項目經費，保證資金的合理使用，提高資金使用效益。
第二十八條基金管理辦公室委托中介機構(審計機構)，對立項單位的資金使用情況進行年度和終期審計。