朝鮮與建奴的往來引起了明朝的警惕，大臣徐光啟奏稱：“鮮、奴之交已合”，建議派官員“監護其國”。李琿聞訊又驚又怕，連忙遣使至北京“辯誣”。
但是，當時的朝鮮是1個深受儒學影響的國度，李琿在建奴和宗主之間的遊離，以及在政治上過於殘酷的改革，使受儒家思想影響的朝鮮大臣、王室成員受到覬覦王位的其他貴族蠱惑，使李琿處於眾叛親離的境地。
朝鮮舉國上下都感激於宗主明朝的“再造之恩”，不能容忍對天朝不忠的事情出現。天啟3年春天，在李琿左右任事的親侄綾陽君李倧見李琿身患疾病，於是令心腹陪臣建議將西人黨的平山節度使李貴教練兵馬5人調入京城“防禦”。
3月十2日，朝鮮發生宮廷政變。
李貴、李適、金自點等人在仁穆王後和新崛起的南人黨勢力的協助下，召集軍隊在綾陽君的別墅內會合。
當晚，被李琿殺了兒子，並打入冷宮仁穆王後，讓人在慶雲宮內舉火為號，李倧率領李貴等人以救火為號打入慶雲宮，發動宮廷政變，將李琿綁縛，押到仁穆王後麵前接受訓斥，然後宣布廢黜其王位，李琿也被用石灰弄瞎雙目，與兒子一起被囚禁起來。
明朝是1個根深蒂固的崇尚綱常倫理的政權，與朝鮮一直沿襲著傳統宗藩關係。朝鮮人擅自發動政變廢除1個合法且與明有交的宗藩君主，絕對是一件忤逆不道的大事，是明朝所不能接受的。
負責節製登萊、東江和朝鮮的登萊巡撫袁可立第1個9表示了明確的反對意見：“看得廢立之事，2百年來所未有者，1朝傳聞，豈不駭異。”
袁可立立刻上疏明天啟皇帝：“李琿襲爵外藩已十5年，於茲矣，倧即係親派，則該國之臣也。君臣既有定分，冠履豈容倒置。即琿果不道，亦宜聽大妃具奏，待中國更置。奚至以臣篡君，以侄廢伯，李倧之心不但無琿，且無中國，所當聲罪致討，以振王綱。”
於是，朝鮮人再次嚇尿了。
別說袁可立，光1個在朝鮮駐紮部隊的毛文龍，就能將李倧收拾了。
6月初朝鮮使者團隊來登州拜見袁可立，袁可立懶得搭理這些目無綱紀倫常，無視宗主權威的叛徒，直接下令不見。還讓人收繳朝鮮船隊的兵器，開具收條封存起來。
可朝廷此時要和建奴幹1架，需要朝鮮輔助毛文龍，這個事是由袁可立負責的，他又不想搭理這些人，9帶著來見齊王，想聽聽齊王的意思。
是承認這個殘害伯父，篡位的李倧，還是從朝鮮宗室選擇1個繼承王位。
這種事情歸朝廷禮部、鴻臚寺管理，但即將開戰，齊王的意思，也可以代表朝廷的意思，除非齊王被人殺了。別說齊王，朝鮮此時歸袁可立管，他意見也能決定朝鮮的王位歸屬。
曆史上也因為兵力捉襟見肘，袁可立考慮後做出處置意見，可以承認李倧的王位，但必須等朝廷下詔書赦免他的罪過後，再派人教育教育他，才能當這個王。
這是特殊情況特殊辦理，如果沒有建奴在旁，明朝絕對狠狠收拾1下朝鮮。
可袁可立的仁慈和高遠立場並沒有給他帶來好處，曆史上的5年後，朝鮮君臣依舊將袁可立的處置辦法懷恨在心，在清廷開館延修《明史》之際派出專使來中國進行“辯冤”，在清朝康熙皇帝麵前大告前朝袁可立的禦狀，並交結、說服清朝高官讓其改寫前史。
表示，如果不改寫的話就連朝鮮這個和中國在文化上1脈相承的屬國對後世子孫也不好交待，畢竟這是李倧1係的黑曆史，不從《明史》上抹除，不利於他這1係的統治……
用朝鮮國王李焞自己的話說，他康熙十5年的奏疏是為了卻先王的宿憾，為祖先洗雪冤屈，請求在編修《明史》時按照他的意思記錄這段曆史，替自己的祖先“正名”，並宣示天下。