3.拖欠克扣工資。2002年8日《北京青年報》報道，據全國總工會法律顧問關懷先生說，2000年全國共拖欠民工工資366.9億元，2001年的情況更為嚴重。中新網2002年3月5日消息：“四川民工一年有20多億元合法的務動報酬被工頭克扣、侵吞。”據對15省28村的調查，20%左右的民工是就業在建築行業，而這個行業克扣、拖欠工資的現象最為嚴重。一般來說，能夠按月支付工資的隻是一小部分企業。大多數是兩三個月支付一次，或者在工程階段性結束時才支付。在施工期間，往往隻能預借小量的夥食費、零用費。碰到企業遭到特殊變故，有的民工勞動兩三個月甚至一年、幾年連一分錢的工資也拿不到。2002年第12期《瞭望·新聞周刊》報道：“2001年北京市建築行業拖欠民工勞務費大約在40億左右，幾乎沒有一個建築工程不拖欠民工的勞務費。”在一些發達地區的集體性質的鄉鎮企業裏，也存在變相拖欠工資問題，如許多這類企業的工資是半年或一年才支付一次，平時每個月隻發加班費、獎金之類。至於個體私營企業的民工被以種種理由拖欠克扣工資更是屢見不鮮。另外還有一種現象也值得一提：有的企業招收民工，試用期滿後多數不被錄用，又重新招收新的民工，借此少發或不發工資。拖欠克扣民工工資問題已引起中央領導同誌的重視。據新華社報道，2002年2月8日至10日，國務院副總理溫家寶在內蒙古自治區東部貧困地區看望、慰問各族群眾時，“十分關心農牧民外出打工的情況，一些群眾反映打工拿不到工錢，他感到非常焦慮，要求有關部門立即采取措施，製止拖欠農民工資的行為，保護農民的合法權益。”
4.民工中的獨立生產經營者時常受到種種幹擾。因為是遷入者、外來者，民工在當地沒有正式的組織依托和人際網絡保護，因而他們往往被濫罰款、濫收費，受到種種經濟或非經濟侵犯。
5.基本人權得不到保障。按照國家規定，身份證作為證明本人身份的證件，任何個人或單位不得扣押，但不少企業、廠家卻扣押民工的身份證，它們都以“統一保管”為托詞來解釋其不法行為。有的企業還限製民工的人身自由，如下班後不許外出，出廠時搜身。更有甚者，有的企業的老板、監工還對民工拳腳相加，致傷致死民工。
需要強調指出的是，現在侵犯民工合法權益的不光是企業，還有各級各類管理部門。現在對民工的管理真正是“政出多門”，四麵八方都以“有組織”之名將“管理”之手伸向農民工。一個農民外出就業，在流出地要辦“外出務主證”，在就業地要辦“務工證”，還有計劃生育部門的“節育證”或“未婚證”，公安部門的“暫住證”，等等。農民工自己在流動就業生活中體會出來的邏輯是：外出就得受管理，管理就是辦證，辦證就是收費，沒有不收費的證。而且，各種收費無統一的規定標準，對外宣稱是“工本費”，實際是往往高得令人咋舌。一個“外出務工證”可以高到200元，一個計劃生育證明可以索要100元，而且還要年檢，每年都要辦理，每次都要收費。據《行為科學》雜誌報道，廣西某縣，農民進入珠江三角洲一些城市打工，光辦理各種證件和交納各種管理費，就得花去1800元。多年來通行的做法是，不論進城民工找沒找到工作、掙沒掙到錢，都要交納多種多樣的費用。由於廣大民工對此十分不滿，也由於這種做法實在不合理，所以2001年11月，國家計委和財政部聯合發文，宣布要取消外出或外來務工人員的7種費用——暫住費、暫住人口管理費、計劃生育管理費、城市增容費、勞動力調節費、外地務工經商人員管理服務費、外地建築企業管理費。對於民工來說，這實在是一個好消息，可遺憾的是，直到具前許多地方仍在等待觀望，仍沒有取消這些不合理的收費。一般來說，民工對於政府的各種管理、辦證並無不滿，不滿的主要是高收費。許多部門的管理動力在於收費，這不僅無助於幫助民工減少流動的盲目性，減少就業風險，而且加大了他們流動就業的成本。與此同時，也增加了民工直接針對政府的不滿，形成了新的社會矛盾的生長點。更加需要強調指出的是，某些管理部門對民工合法權益的侵犯，不僅表現在對民工亂收費上，還有更為惡劣的：2001年11月14日《人民法院報》報道：一些管理人員把沒有證件的民工視為“盲流”，“一車一車的‘育流’被運到苦力之鄉進行強製勞動。許多無辜百姓被收容、被訛詐，甚至被刑訊、虐待致死。”
為了保護民工的權益，一些輸出地區創造了向輸入地區派出代表或辦事處的做法。如有的省向各地區已經派出了100多個辦事機構，負責協調本地區民工同用人單位之間的關係。在目前的情況下，這種做法確實能夠發揮一定的積極作用。但是，這種做法有兩個問題無法解決：①民工分布十分分散、複雜、多變，流出地區的政府部門根本無法做到哪裏有本地區民工就往哪裏派代表或辦事處。況且，民工以自我組織為主，代表或辦事處也無法全麵掌握他們的情況。②代表或辦事處沒有談判地位，這種人員或組織要履行保護民工權益的職責，協調處理矛盾雙方的關係，沒有法規方麵的依據，更沒有執行法規或合同的手段。如果保護權益僅僅依靠說服、動員、商量，那麼這種人員或組織的作用是十分有限的，有時甚至有可能是形同虛設。因此，解決好這個問題的根本辦法是要盡快走上法製化的道路。