是國務院內部設立的、協助總理辦理專門事項、不具有獨立的行政管理職能的工作機構。其行政首長由總理任免。包括國務院外事辦公室、國務院僑務辦公室、國務院港澳事務辦公室、國務院法製辦公室、國務院經濟體製改革辦公室、國務院研究室、國務院台灣事務辦公室（列入中共中央直屬機構序列）和國務院新聞辦公室（列入中共中央直屬機構序列）。
五、國務院直屬事業單位
包括：新華通訊社、中國科學院、中國社會科學院、中國工程院、國務院發展研究中心、國家行政學院、中國地震局、中國氣象局、中國銀行業監督管理委員會、中國證券監督管理委員會、中國保險監督管理委員會、國家電力監督管理委員會、國有資產監督管理委員會、全國社會保障基金理事會、國家自然科學基金委員會。
六、國務院組成部門管理的國家行政機構
是由國務院組成部門管理的、主管特定業務的、行使行政管理職能的行政機構。包括國家糧食儲備局、國家國內貿易局、國家煤炭工業局、國家機械工業局、國家石油和化學工業局、國家輕工業局、國家紡織工業局、國家建築材料工業局、國家煙草專賣局、國家外國專家局、國家海洋局、國家測繪局、國家郵政局、國家文物局、國家中醫藥管理局、國家外彙管理局。由國務院直屬機構管理的國家行政機構隻有一個，即由海關總署管理的國家出入境檢驗檢疫局。
國務院直屬機構、國務院辦事機構、國務院組成部門管理的國家行政機構的設立、撤銷或合並由國務院機構編製管理機關提出方案，報國務院決定。根據《國務院組織法》的規定，國務院組成部門的調整和設置，由全國人大審議批準。
七、國務院議事協調機構
是承擔跨國務院行政機構的重要業務工作的組織協調任務的行政機構。包括：國家國防動員委員會、國務院中央軍委專門委員會、國家邊防委員會、國務院中央軍委空中交通管製委員會、全國愛國衛生運動委員會、全國綠化委員會、國務院學位委員會、國家防汛抗旱總指揮部、國務院婦女兒童工作協調委員會、全國擁軍優屬擁政愛民工作領導小組、國務院三峽工程建設委員會、國務院殘疾人工作協調委員會、國務院扶貧開發領導小組、國務院關稅稅則委員會、中國國際減災十年委員會、國務院科技教育領導小組、國家履行《禁止化學武器公約》領導小組、國務院軍隊轉業幹部安置工作小組、國家經濟體製改革委員會等。國務院議事協調機構的設立、撤銷或合並，由國務院機構編製管理機關提出方案，報國務院決定。
國務院辦公廳、國務院組成部門、國務院直屬機構、國務院辦事機構，在職能分解基礎上設立司、處兩級內設機構；國務院組成部門管理的國家行政機構根據工作需要可以設立司、處兩級內設機構，也可以隻設處級內設機構。
[10-8]2004年6月23日，國家審計署審計長李金華受國務院委托在全國人大常委會上作審計報告，內容一經報到旋即引起舉國關注，人們所稱的“審計風暴”由此而始。報告指出，國家體育總局挪用中國奧委會專項資金1.31億元興建職工住宅；長江堤防隱蔽工程虛報水下拋石量，多結工程款1000多萬元；淮河流域9縣套取災區群眾建房補助資金1.36億元……3000多字的“審計清單”，曝光8宗工程及征地案件、7宗金融大案、牽涉發改委等十多家中央政府部委局及國家級企業。
[10-9]孫誌剛案
27歲的湖北青年孫誌剛2001年在武漢科技學院藝術設計專業結業，2003年2月24日受聘於廣州達奇服裝有限公司。3月17日晚10時許，孫誌剛因未攜帶任何證件上街，被執行統一清查任務的天河區公安分局黃村街派出所民警帶回詢問，隨後被錯誤的作為三無人員送至天河區公安分局收容待遣所，後轉送廣州市收容遣送中轉站。3月20日淩晨1時13分至30分期間，孫遭同房的8名被收治人員兩度輪番毆打，於當日上午10時20分因大麵積軟組織損傷致創傷性休克死亡。此案的發生，使人們的注意力集中到國務院頒發的《城市流浪乞討人員收容遣送辦法》是否違憲，是否構成對公民人身權利的侵害上。