現階段，適合農村社會、經濟發展的企業組織形式主要是各種類型的農村合作經濟組織和有限責任公司。
一、農村合作經濟組織
農村專業合作經濟組織作為一種適用於現代農業的企業組織形式，它是由從事專業生產經營的農戶在自願互利的基礎上組織起來，以增加農戶收入為目的並為農業生產提供社會化服務的一種經濟組織形式。許多大學生村官創業都采取了這種組織形式。例如，在北京市大興區創業的村官陳墨和胡建黨創立的愛農星食用菌專業合作社。其特點是：①它是農民根據自身的經濟要求自主建立起來的，農民出入組織遵循自願原則；②組織是一種新型企業，即勞動者聯合約定共營企業，旨在增加農民收入；③組織主要是為成員提供農資和技術，傳遞信息，代表成員談判，代理加工和銷售產品等社會化服務。
專業合作經濟組織根據服務功能和運行方式的不同可分為專業協會、專業合作社和股份合作企業。專業協會是從事專業生產的農民圍繞某一專業產品的購銷、技術服務、開展活動的社團性組織，不以盈利為目的；專業合作社是農民按照合作製原則通過入股方式建立的生產銷售一體化的經濟組織，對外追求盈利；股份合作企業是由從事專業生產的農民共同投資興辦的經濟實體，組織以追求經營利潤為目標。因此，合作經濟是雙麵的：一是社員共同體，二是企業。
（一）設立農民專業合作經濟組織的原則
合作社作為一種世界現象，在其長期發展的實踐中，逐步形成了一套合作社運行所共同遵循的基本原則。這就是源於英國羅奇代爾公平先鋒社提出的“行為規則與組織要點”原則基礎上，為後來世界合作社運動發展所演變並最終得到公認的“合作社原則”。
1.自願與社員資格開放原則 合作社是人們自願聯合的組織，合作社作為“人的聯合”包括加入基層合作社的“自然人”（個人）的聯合和加入聯合社等其他層次合作社的“法人”的聯合。這種“人的聯合”是自願的，入社不能強迫。合作社堅持入社自願、退社自由，合作社對所有能夠利用合作社服務和願意承擔社員義務的人開放，沒有性別、社會、種族、政治和宗教的歧視。
2.民主控製原則 合作社是由社員管理的民主組織，合作社的方針和重大事項由社員積極參與決定。在合作社內，民主包含權利和責任兩個方麵。在合作社內發展民主精神是合作社永恒的任務。合作社選舉產生的代表（含管理人員）都要對社員負責，因為合作社屬於社員。社員管理合作社的民主形式，在基層合作社是實行社員一人一票的投票權，其他層次的合作社組織上也要實行民主管理，投票權由其章程規定。許多第二級、第三級合作社采取比例投票製度，以反映各成員社的不同規模與承諾，兼顧不同的利益。
3.社員的經濟參與原則 社員要公平地入股，並民主管理合作社的資本。但是，入股隻是作為社員身份的一個條件，若分紅則要受到限製。這就是說社員必須向他們的合作社投資，但合作社的宗旨是為社員服務，合作社的資本從屬於這個宗旨，入股隻是取得社員資格，獲得合作社的服務、享受對社員優惠的條件，不是以獲取股金分紅為目的。因此，入股要采取公平的方式，如果實行股金分紅，對分紅額也要有所限製。合作社投資的最終決策權必須屬於社員。合作盈餘的分配，一是用於不可分割的公積金，以進一步發展合作社；二是按社員與合作社的交易量分紅（惠顧分紅）；三是用於社員（代表）大會決定的其他活動。社員既有權利又有義務決定合作社盈餘如何分配。不可分割的公積金，是社員的集體成果，因此社員擁有其所有權。
4.自治和獨立原則 合作社是由社員管理的自主自助組織，合作社若與其他組織（包括政府）達成協議，或從其他渠道募集資金，必須做到保證社員民主管理，並保持合作社的自主性。世界上所有地方的合作社都受到其與政府關係的影響。政府通過立法、稅收和其他經濟、社會政策促進或阻礙合作社的發展，合作社必須同政府積極發展公開的、明確的關係，盡可能保持其獨立於政府部門的自治組織的地位。同時，合作社無論同私營企業達成何種聯合經營的協議，都必須充分保持合作社的獨立性。
5.教育、培訓和信息服務原則 在合作社內部，合作社要為成員、選舉的代表、經理和員工提供教育和培訓，以更好地推動合作社發展。教育旨在灌輸合作社思想，增長合作社知識和相關技能，以有效地履行其責任。在社會上，合作社要麵向公眾特別是年輕人和“輿論名流”，包括政治家、公務員、新聞媒體和教育界等。合作社是公共組織，要定期向社員、公眾和政府提供其業務信息。社員有權獲取合作社的信息，了解合作社的情況，以參與合作社的決策。合作社要鼓勵其領導人與社員之間的有效的雙向溝通，使合作社的服務更好地滿足社員的經濟與社會的需求。
6.合作社之間的合作原則 合作社通過地方的、全國的、區域的和國際的合作社之間的合作，為社員提供最有效的服務，並促進合作社的發展。合作社要充分發揮其優勢，必須加強合作社之間的合作，重視建立在合作社支持係統中的組織和活動。
7.關心社區發展原則 合作社在滿足社員需求的同時，要推動所在社區的持續發展，包括經濟的、社會的、文化的發展和環境保護。這是合作社的社會責任和優良傳統。但是，合作社以什麼形式，用多大力量促進社區發展，要由社員決定。
（二）設立農民專業合作經濟組織的程序
合作社具有組織資產的專用性，也就是說，合作社是為經濟實力比較薄弱的群體尋求幫助的組織經。聯合的目的是在私人產權的基礎上，促進社員的經營和產業條件的改善，實現社員自身的經濟利益。因而合作社的組建過程具有如下的重要特色：組建過程（手續）不能太複雜，不允許以籌措大規模啟動資本為理由，籌建的費用不能太高（如公證費不能太高）；盡可能明確合作社的業務範圍，以及對外代表合作社的法人資格等。一般的程序是，由合乎法律規定數量的發起人發起成立，製定合作社章程，召開社員大會，然後向法律規定的機關登記即可。具體程序如下：
1.進行可行性分析 進行可行性分析是設立農民專業合作組織的基礎。要對本地區、本行業農民群眾專業合作的需求狀況進行認真調查研究，確定所要設立的合作組織的經營範圍。根據農業部下發的《農民專業合作社示範章程（試行）》（征求意見稿）的規定，各農民專業合作經濟組織可根據實際情況，選擇以下若幹內容作為本組織的業務範圍：提供本組織成員在生產和生活方麵所需的資金；對成員進行技術指導和服務，引進新技術、新品種，舉辦技術培訓、示範，開展技術交流，組織內外經濟技術協作；采購和供應成員所需的生產資料和生活資料；從事農產品的運輸、加工、貯藏和銷售業務；對外簽訂合同，開展與經濟部門、科研單位及其他經濟組織的合作；向成員提供有關經濟、技術信息；本組織需要的其他業務。
2.明確發起人 發起人就是發起並創辦農民專業合作經濟組織的人。在農民專業合作經濟組織的設立準備階段，發起人對外代表設立中的組織。發起人可以是自然人，也可以是法人。包括龍頭企業、社區合作經濟組織、各級政府及其他經濟組織。自然人作為發起人的，必須具備以下條件：堅持黨的路線、方針、政策，政治素質好；在業務領域內有較大的影響力；未受剝奪政治權利和刑事處罰的；具有完全民事行為能力。
3.起草農民專業合作經濟組織章程和細則 合作社章程是一個合作社最重要的法律文件，是申請有關部門注冊的主要文本。在農民專業合作經濟組織的設立過程中，章程的製定是一項比較複雜的工作。章程的起草工作由發起人負責，合作社章程的主要內容包括：合作社所在場址，合作社目標，經營區域，營業期限，合作社的權利和限製，社員的權利義務及分配問題的原則規定。
與合作章程相比，合作社的組織細則的規定要詳細和具體得多，是合作社經營管理的準則。它一般分幾章、由若幹條款組成，其主要內容包括：社員（取得或失去會員資格的條件，確定社員的權利和義務，股金或股票轉讓的限製）、社員大會（確定召集社員大會的條款）、董事和董事會領導（資格和任期）、董事的職責、董事會領導和經理的職責、執行委員會和其他委員會的職責、關於社員證書、關於成本經營與惠顧者資本（合作社收入的處理和分配）、關於合作社解散和社員財產等。按要求，細則的製定必須與相關法律保持一致，並在大多數社員同意下可以修改和補充。
4.吸收社員 要按照國家的有關規定，本著自願的原則，在本地區或者本行業吸收合作社社員。凡是認同本合作社章程、交納入社股金的農戶和農業生產經營組織都可以成為本合作社社員。
5.召開成立大會 當社員人數和入社股金達到社章所規定的數額以後，就可以召開成立大會。由全體社員民主選舉合作社的理事會、監事會，討論通過合作社的各項規章製度。
6.登記注冊 依法進行登記，取得法人資格。
（三）國內農民專業合作經濟組織的治理結構
農民專業合作經濟組織的治理結構應主要由權力機構社員大會或者社員代表大會、理事會和監事會組成。
1.社員大會或者社員代表大會 社員大會是合作社的最高權力機構。社員人數超過50人的，可以設置社員代表大會行使社員大會的職權。專業合作經濟組織章程一般規定，社員代表大會的代表，由社員民主選舉產生，代表人數不應少於社員人數的1/5，有每屆任期的年限，並可連選連任。社員代表大會一般每年召開2次，遇有特殊情況可以提前或延期召開，如理事會認為必要時；監事會建議時；1/5以上社員或1/3以上社員代表提出。社員代表大會的召開，必須有2/3以上的代表出席，會議必須有半數以上代表通過方為有效。