多囊腎
發病貓大多數會在4歲之前就出現慢性腎衰竭的相關症狀，腎髒會出現持續增大的水囊腫，壓迫到腎髒實質部，造成機械性的傷害或局部缺血性壞死，而且大多數是雙側腎髒都會發生，目前並無治療方式可以消除或抑製水囊腫，是一種治療無望的疾病，貓咪最後會因為尿毒而死亡；獸醫師可以經由超聲波掃描在早期發現多囊腎，或者在水囊腫已造成腎髒變形時，通過觸診而得知。近來已有研究進行血液檢查來在早期探知多囊腎的基因，此一檢查的準確度若被證實，專業的育種者應該對種貓進行篩檢，呈現陽性者，就不作為配種之用，這樣便可以減少悲劇發生。
蘇格蘭折耳貓內生軟骨瘤病
蘇格蘭折耳貓本身就是一種突變品種，其基因中存在許多不穩定性，在某些國家更是明文規定折耳貓不可以跟折耳貓進行育種，因為會有太多可怕的先天缺陷及畸形發生，最常見的就是內生軟骨瘤病，特征包括短尾、掌骨、蹠骨與趾骨過短、骨頭融合、外生骨贅，在1歲時就可能出現嚴重的跛行症狀。
傳染性疾病
很多小貓的傳染病是經由母貓傳染的，如果母貓存在著某些傳染病或者帶原，所生下的小貓幾乎無一幸免，站在優生學的立場，這樣的母貓在未治愈之前，是不適合育種的。
皮黴菌病、耳疥蟲、疥癬
母貓若已感染這些疾病，生下來的小貓會經由接觸而被傳染，若要避免新生小貓被傳染，就必須在出生後立即與母貓隔離，完全由人工撫育。
白血病、艾滋病、弓漿蟲
這些可怕的疾病有時並不會影響到母貓懷孕，卻可能會傳染給新生小貓，讓這些小貓從一生下來就背負著可怕的疾病威脅。
上呼吸道感染
很多母貓在小時候已感染過上呼吸道疾病（卡裏西病毒、皰疹病毒、披衣菌等），有為數不少的感染貓於症狀緩解後會形成帶原的狀態（本身症狀輕微，但會持續排放出病毒或病原），在遇到緊迫狀態如懷孕、泌乳、環境轉換、天氣轉換時，就會出現輕微流淚及打噴嚏症狀，而這些眼、口、鼻的分泌物內含有大量的病毒或病原，可能讓新生小貓被感染而發病。
品種
如果不是專業的育種者，並不建議進行貓咪繁殖，因為你不一定能讓所有生下的小貓都有美好的歸宿，而且也需考量自己的能力及知識是否足以處理懷孕、生產、哺乳過程中所產生的問題。如果你堅持要讓愛貓進行育種，或許品種就是必須考量的問題，因為這牽涉到小貓是否容易出售或送出。
若你的愛貓屬於特定品種，如金吉拉、喜馬拉雅貓、美國短毛貓等，最好能進行純種的繁殖，因為不同品種間交配所產下來的後代，也就是所謂的混血貓，在外觀上是很難預期的，其市場經濟價值較低，或許有些人會硬把它歸類到某個品種而出售，但一遇到行家就不攻自破了，對於商譽影響巨大。