貓咪跟人類一樣是經由基因控製的，基因決定了貓咪的外觀及健康狀態，良好的基因可以讓貓咪有更迷人的外表及更好的疾病抵抗力，不良的基因會讓貓咪發生畸形、先天缺陷，或對某些疾病具有感受性（意思就是特別容易感染某些疾病，如黴菌）。
但是所有事情很難麵麵俱到，很多育種者為了讓貓咪有更迷人的外觀，特別挑選特定條件的貓咪來進行配種，或者近親繁殖，雖然這樣的挑選配種可以讓良好的基因保存下來，或者讓良好的基因更加純化，但同時也會使得不良的基因更加純化集中，例如所謂的一線波斯，讓貓咪的臉更扁更美，但相對地也使得鼻淚管更加扭曲，使得齒列更加不整齊，也使得鼻孔更加狹窄，對黴菌的感受性更強，所以這類扁臉貓特別容易發生鼻淚管阻塞、咬合不正、上呼吸道感染、皮黴菌病及呼吸窘迫所繼發的心血管疾病。
如何在純種化與健康上取得平衡，一直是令專業育種者頭痛的問題，如果你隻是一般的愛貓族，配種時應以健康考量為主，以下的幾種狀況是在考量配種前必須注意的。
近親繁殖
雖然近親繁殖能讓好的基因保留下來且更純化，但相對地也會使得不良的基因禍延子孫，而且很多人也無法接受這樣的亂倫行為，近親繁殖容易產下畸形的胎兒及有先天缺陷的後代，這是已被證實的理論，特別是那些不斷地近親繁殖所產生的後代。
遺傳性疾病
有些疾病會通過基因而遺傳給後代，如果事先知情卻仍進行繁殖育種，不論是在道德上或優生學上都是不被允許的，因為這樣會產生更多病態的族群，使得繁殖出來的後代一輩子為疾病所苦，如果將這樣的後代出售，也是不道德且有損商譽的。
髖關節發育不良
這樣的疾病對大型犬而言是耳熟能詳的疾病，但貓咪也有發生的可能，但因為貓咪的體重有限，所以髖關節發育不良的症狀並不會特別明顯，大多會於老年之後才發生嚴重的跛行症狀，因此，貓咪可以在決定育種前進行X光照影來判斷有無髖關節發育不良的可能。
膝關節脫臼
這樣的疾病是小型犬常見的遺傳性缺陷，如馬爾濟斯、博美犬、吉娃娃及迷你貴賓犬等，對貓咪而言並不常見。貓咪若發生後肢跛行的症狀，會隨著年齡的增長而逐漸惡化，醫師可以經由膝關節的觸診來診斷，一旦確診後就必須考慮進行外科手術，也不應以這樣的貓咪來進行育種。
毛囊蟲
這是犬隻常見的遺傳性皮膚病，貓咪並不常見，但可能會因為長期施用類固醇而誘發毛囊蟲大量增殖，目前仍相信毛囊蟲為遺傳性疾病，所以也不應作為育種之用。
肥大性心肌病
很多小動物心髒病學者認為肥大性心肌病有家族遺傳性，發病的貓咪可能會有突發性後軀癱瘓、喘息、黏膜蒼白、發紺或突然死亡，對貓咪而言是一種死亡率高且所費不貲的疾病。
隱睾
貓咪如果超過6月齡睾丸仍未進入陰囊，就是所謂的隱睾。這樣的缺陷也是有家族遺傳性的，留滯在皮下或腹腔內的睾丸可能會因為長期處於高溫的狀態下而誘發癌化病變，最好能在年輕時就進行手術將隱睾取出。